1947年12月26日，法庭开始审讯东条英机。东条英机在任关东军宪兵司令兼警务部部长时，疯狂屠杀中国东北的和平居民和抗日志士，惨遭涂炭的无辜百姓不计其数。1937年近卫文麿组阁后，东条英机力倡尽早对华发动大规模进攻。卢沟桥事变后，他指挥关东军最精锐的“察哈尔兵团”，以闪电战术攻占了承德、张家口及大同等地。在进攻南口镇时，狂轰滥炸，使全镇百姓无一幸免。
东条英机踏着中国人的尸体不断擢升，也愈益疯狂。1940年他担任第二次近卫内阁陆相后，大力扩充日本的细菌部队，拟定并发布了法西斯军人精神教规《战阵训》。1941年10月18日，他担任日本首相后，疯狂叫嚣要“完成中国事变，确立大东亚共荣圈”，并最终发动了太平洋战争。
然而，东条英机却拒不认罪。在5万余字的供词中，他只叙述了自己当首相的4年中有关国家决策动机及军事决策等问题，想方设法回避自己是主要决策者的事实，千方百计推脱责任，否认侵略活动。
东条英机狡辩说：“大东亚共荣圈”不是侵略，日本对外战争是“自卫自存”，是为了“解放东亚民族”。
法官质问道：“杀戮200万以上的中国人，都是出于自卫的考虑吗?”东条英机无言以对。
法官又问：“你是否承认犯有发动战争罪?”
东条英机回答：“这次战争实在是日本的自卫战争!”
“日本为何肆意破坏华盛顿关于限制海军军备的《九国公约》?”
“先打个比方：给10岁的孩子一套合身的衣服，可当他满18岁的时候，衣服绽开了。”
“但有可能将那件衣服缝缝补补使它合身—难道你不认为这样吗?”
“但个子长得太快，孩子的双亲来不及缝补。”
“1942年的‘巴塔安死亡行军’，强迫战俘在酷热的气候中长途跋涉，大批被弄得筋疲力竭的俘虏在‘行军’中遭到毒打、刺杀和枪杀。对此你负有什么责任?”
“按照日本的习惯，执行特定任务的司令官不受东京具体命令的约束，享有相当大的独立性。”
“据我们所知，经日本最高当局批准，强迫战俘在恶劣的条件下用双手修建泰缅铁路，路基两旁遗下成千上万战俘的白骨，是这样的吗?”
“我们没料到会做出这样的事来。按日本人的性格，他们相信无论天上还是地下都不能容忍犯下这种罪行。”
在法庭上，东条英机还极力想摆脱他下令发动太平洋战争的责任。
检察官对此进行了严厉的反驳。检察官把重点引向日本和美国在开战前的谈判上—开战前，日本人为和美国人周旋，制定了两套谈判方案：甲案和乙案。甲案的主要内容是：日军有条件地从中国华南地区撤军，但至少25年内不会从中国华北、内蒙古以及海南岛撤军;日本坚持履行三国同盟条约。乙案作为替代方案，只允诺不在西南太平洋地区实行武力扩张。
1941年11月5日，日本政府发出电报，指示驻美大使，分次向美国提出两个方案，敷衍美国人。据此，11月7日，日本大使向美国递交甲案。14日，美国国务卿赫尔正式拒绝甲案。6天后，日本递交乙案，同样遭美国拒绝。但为取得偷袭的最佳效果，谈判仍旧继续进行。
11月5日发出的电报，证明东条英机是发动太平洋战争的罪魁祸首。东条英机的辩护律师布列尼克认为，日军对珍珠港的攻击“并非偷袭”。检察官反驳说：日本向美国递交最后通牒是在日军偷袭珍珠港1小时20分钟以后。而且，偷袭后日本才播发了天皇裕仁的宣战诏书。
无论东条英机怎样狡辩，远东国际军事法庭最终还是认定了他的罪行。仅在“破坏和平罪”中，他就犯有对华实行侵略战争、对美实行侵略战争、对英实行侵略战争、对荷兰实行侵略战争、对法实行侵略战争、18年间一贯为控制东亚及太平洋进行阴谋活动等6项罪行。判决书指出：“东条在1937年3月任关东军参谋长，自此以后，几乎所有的阴谋活动，他都以首谋者之一而与他人互相勾结。”“他对于日本邻邦的犯罪攻击，负有主要责任。”远东国际军事法庭对28名甲级战犯共提出55项罪状，而对东条英机的指控超过了所有的战犯，除侵略苏联的“诺门坎事件”外，其他54项均有份。
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