1460年7月10日，双方在北安普顿发生第二次战斗。战斗中又是沃里克伯爵率军打败了兰开斯特军队，随军的亨利六世再次被抓住。这两次胜利冲昏了约克公爵的头脑，他未与亲信贵族磋商就提出了王位要求，迫使亨利六世宣布他为摄政和王位继承人，这就意味着亨利六世的幼子失去了王位继承权。王后玛格利特闻讯大怒，她从苏格兰借到一支人马，集合了追随兰开斯特家族的军队，在约克公爵的领地骚乱。
约克公爵匆忙凑合一支几百人的队伍，前去征剿，由于轻敌冒进，被包围在威克菲尔德城。12月30日，在内外夹攻下的约克军四散逃跑，约克公爵及其次子爱德蒙被杀死，约克公爵的首级还被悬挂在约克城上示众，并扣上纸糊的王冠，用以讥讽。但约克公爵19岁的长子爱德华于1461年2月26日进入伦敦。3月4日，他在沃里克伯爵和伦敦上层市民的支持下自立为王，称爱德华四世。他知道玛格利特决不肯罢休，遂在一些大城市召集到一支部队，向北进发，去打玛格利特。1461年3月29日，双方在约克城附近展开决战。
兰开斯特军队有2.2万余人，远远超过了约克军。当时兰开斯特军队处于逆风之中，扑面的风雪打得他们睁不开眼楮，射出的箭也发挥不出威力。而约克军队则借强劲的风力增加了发射弓箭的射程，并蜂拥冲上山坡，使兰开斯特军队损失惨重。兰开斯特军队为扭转被动的防守局面，决定向山下的敌人发动反攻，双方一直激战到傍晚，仍然难分胜负。这时，约克军队的后续部队赶到，这支生力军向兰开斯特军队未设屏障的一侧发动进攻。兰开斯特军队抵挡不住，被迫退溃。约克军队一直追杀到深夜。玛格利特带着亨利六世和少数随从仓皇逃亡苏格兰。这次战役的胜利使爱德华四世的王位暂时得以巩固。
1465年，亨利六世再次被俘，被囚禁在伦敦塔中，玛格利特只好携幼子逃往法国。玫瑰战争中这几次大战役，都使用当时特有的战法，即双方骑士乘马或徒步进行单个分散的搏斗。通过交战，双方共损失5.5万人以上，半数贵族和几乎全部封建诸侯都死掉了。
在以后的战争过程中，约克派内部矛盾激化起来，最高统治权几度易手，集中表现在爱德华四世和沃里克伯爵的斗争上。爱德华四世趁沃里克不在伦敦之际，召集一支部队离开伦敦北行，他一面镇压北方叛乱，一面迅速扩军。沃里克在爱德华的大军面前不得不逃亡，投靠法王路易十一。
不久，沃里克在路易十一支持下，卷土重来，打回英国。这回轮到爱德华四世逃亡，他逃到尼德兰，依附于他妹夫勃艮第公爵查理。1471年3月12日，爱德华四世利用英国人对沃里克普遍反感的情绪，亲率军队与沃里克在伦敦以北的巴恩特决战。爱德华四世共有9000人的军队，而沃里克却有2万人的军队，由于力量悬殊，爱德华四世决定先发制人，清晨4时许，他率军在浓雾中发起攻击。
沃里克本人被杀，其部下战死者达1000人。接着在5 月4日，爱德华四世又俘获了从南部港口威第斯偷偷登陆的玛格利特王后，将她和她的独生幼子及许多兰开斯特贵族杀死。之后又秘密处死了囚禁的亨利六世。至此，兰开斯特家族被诛杀殆尽，只有远亲里士满伯爵亨利。都铎流亡法国，他声称自己是兰开斯特家族事业的继承人。1471—1483年，英国国内恢复了和平，爱德华四世残暴地惩治了不顺从的大贵族。1483年4月爱德华四世死后，其弟理查登上了王位，他也同样使用残酷和恐怖的手段处决不驯服的大贵族，没收其领地。他的所作所为，反而促使兰开斯特和约克家族都联合在兰开斯特家族的亨利。
都铎周围来反对他。1485年8月，理查同亨利。都铎的5000人的军队激战于英格兰中部的博斯沃尔特。战争的紧要关头，理查军中的斯坦利爵士率部3000人公开倒戈，约克军遂告瓦解，理查三世战死，从而结束了约克家族的统治。出身于族徽为红玫瑰的兰开斯特家族的亨利·都铎结束了玫瑰战争，登上了英国王位，称亨利七世。为缓和政治紧张局势，他同爱德华四世的长女伊丽莎白(约克家族的继承人)结婚后，将原两大家族合为一个家族。
在这次战争中，兰开斯特家族和约克家族同归于尽，大批封建旧贵族在互相残杀中或阵亡或被处决。新兴贵族和资产阶级的力量在战争中迅速增长，并成了都铎王朝新建立的君主专制政体的支柱。从这个意义上说，玫瑰战争是英国专制政体确立之前封建无政府状态的最后一次战争。恩格斯说：“英国由于玫瑰战争消灭了上层贵族而统一起来了。”这对于英国历史发展来说，无疑是一件幸事。
随着政治的统一，各地区的经济联系得到进一步加强，封建农业开始向资本主义农业转变，导致英国农村出现了许多资本主义农场，出现了一批与资本主义密切联系的新贵族，他们把积累起来的资本直接或间接地投入工业，使得英国工业、手工业迅速发展起来。
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