211年，吴大帝孙权在石头山金邑旧地筑石头城。229年在此建都，名“建业”，都城周长约11公里，开始了南京的都城史。晋灭吴后，于太康三年(282年)改建业为“建邺”。建兴元年(313年)，为避司马邺之讳，改为“建康”。五胡乱华，西晋灭亡，中原士族衣冠南渡，建武元年(317年)司马睿以建康为都建立东晋(317～420年)，南京从此成为正统中华文化的中心。东晋以后，宋(420～479年)、齐(479～502年)、梁(502～557年)、陈(557～589年)相继在此建都，史称南朝。南朝与此前的吴、晋合称“六朝”。 南京城西北濒临长江，东有“龙盘”紫金山，西有“虎踞”清凉山，北有玄武湖，南有雨花台，山水环抱，形势极为险要。
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关于南京的风水，当年蜀国军师诸葛亮顺江而下时，看到金陵古城，不禁失声惊叫：“钟山龙蟠，石头虎踞，真乃帝王之宅也!”东晋大臣王导也曾说：“建康，古之金陵。”然而，十分奇怪的是，这座王气旺盛的古城，定都于此的六个王朝，却都短命，东吴69年，东晋102年，南朝宋59年，齐23年，梁55年，陈32年。后来，明初定都于此，一世而终，仅仅50余年。太平天国建都南京，维持了9年;有人认为，楚王埋金以镇王气，风水没了;有人认为，是秦始皇斩断地脉，断了龙气。这是怎么一回事呢?
春秋战国时期，南京城还没有成为城的时候，先是吴王的属地，后来被越王占领。接着，楚王又赶走越王，驻军江边的狮子山。有一次，楚王巡视自己的疆土，登上狮子山，环望四周，看到此处风景雄丽，喜悦之情油然而生。可是突然，楚王的脸色由晴转阴。大臣们忙问原因，楚王烦躁地说：“这地方风景虽好，但王气太盛!”大臣们表示要想法子解决这个问题，不能让这里再出帝王，于是征集解决这个问题的办法。有一巫师来应征，设计了一个方案，即在狮子山上埋一批黄金，用黄金镇压此地的王气，可保不再出帝王，此乃黄金“镇王气”。楚王同意后，大臣们马上操办在狮子山顶挖坑砌砖，埋下一批黄金。
按皇家习惯，一般地上的建筑物称为宫，地下的建筑物称为陵，埋金子的地方自然就叫“金陵”了。这个地方最早的名字就是叫“金陵邑”，“邑”是比“州”级别低点，比“县”级别高点的军事重镇的建制。从此，这个地方就有了金陵的名字。
还有一种说法是秦始皇斩断地脉，断了龙气。
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公元前210年，秦始皇出巡金陵。秦始皇深深被这里虎踞龙盘的气势所吸引。但是，陪同左右的是方士常生、仙导却沉默寡言。秦始皇问：“金陵形胜，气象万千，两位何故沉默寡言?”两位方士忧心忡忡地对秦始皇说：“金陵地形险要，气势磅礴，乃龙脉地势，王气极旺，若不采取对策，五百年后会有天子坐镇!”
秦始皇大惊失色，他自认为自己是始皇帝，自己的子子孙孙永为天下一统的皇帝，怎能容忍金陵有别的天子出现?于是赶紧询问对策。两位方士指着不远处的方山说：“方山地处金陵东南，你看，方山顶部平坦如官印，人称天印山。天印，自然是上天赏赐的官印，决定了金陵之地的王气兴衰和吉祥命运。断了方山龙脉，就是阻隔了金陵的王气。再引淮水贯穿金陵，通达长江，让这条秦淮河冲尽王气，陛下就可以高枕无忧，皇帝之位千年万世、万万世了!”
秦始皇见金陵城北的狮子山、马鞍山气势宏伟，于是命令将此两座山也断了山脉，并将金陵改称为秣陵。秣陵意为饲马的草料场。在秦始皇的命令下，大量军士开始了行动，方山被截断，淮水也贯穿了南京城。
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当然，这两种说法只是传说。南京之所以没有出现定都于此的强大王朝，还有更为深刻的地理、经济、人文的原因。 从地理上来说，南京依山傍水，虎踞龙盘，易守难攻。在此处建都的天子们，一开始就着眼于“守成求稳”，缺乏攻略开拓，问鼎中原的进取雄心。而且南京处于整个中国的东南一隅，一道长江“天堑”把它与辽阔的北中国隔断，最易于偏安苟且。
从经济上来说，江南向来为鱼米之乡，富庶的经济条件反给统治者提供了加速腐败的温床，使“后主”们沉醉于“车如流水马如龙，花月正春风”的“上苑”。除了地理、经济等外部因素外，定都南京的几个王朝，都没有问鼎中原、统一中国的决心和实力。也许正是这种种原因，使得六朝短命而亡。
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