晚清的灭亡与近代中国的衰落，慈禧确实难辞其咎，但她与光绪之间的关系，却未必有那么多的阴谋和算计。
作为一国最尊贵的皇太后，慈禧即便没有任何人提醒，她也能深深体会到自己在同治教育问题上的失败，所以她领养光绪之后，暗自下决心不能在同一个问题上犯两次错误。为了培养光绪，慈禧请了全国最好的老师，对他进行最严格的道德品质教育、文化熏陶，慈禧立志要将光绪培养成一代明君，守住大清万年基业。
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光绪的童年教育应该说是清朝历代皇帝中最好的，他的知识素养也是这些皇帝中最棒的。到了1886年，十年苦读使光绪有了很大提升，一个优秀君主已经露出了迹象。这一年，51岁的慈禧找到光绪的生身父亲和军机大臣一起商量，争取让光绪早点儿亲政。慈禧的理由很简单：一是皇儿长大了，二是自己也想歇歇了。
慈禧的建议起初并没有获得相关各方认同，然而各种各样的劝说并没有改变她的想法。几经周折，年轻的光绪终于在1887年开始亲政，慈禧在各方殷切要求下答应以后继续为光绪拿拿主意，不过帝国的日常事务处置权还是逐步向光绪转移。
慈禧在这个事情上做得光明磊落，清廷的各种官方文件对此有着详尽记载，然而到了1898年秋天，或许因为“戊戌六君子喋血菜市口”之事，慈禧再度出院训政，各种传言便开始出现，甚至认为慈禧先前撤帘归政并不真诚。这显然是不对的，因为，假如慈禧不想让出权力，她可以有无数理由和种种手段。
然而，大清国的政治现实并没有满足慈禧的期待。光绪亲政没几年，甲午战争爆发，维新运动开始了，为了大清国整体利益，慈禧不得不再次出山，帮助光绪料理国家大事。
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光绪不仅自幼体弱多病，更重要的是，作为皇帝，他没有完成而且永远无法完成大位传承。光绪的病情大约从1898年秋天逐步恶化，但经过宫廷御医、天下名医精心呵护治疗，光绪竟然在那个没有血液透析医疗条件下活了十年之久，这本身就是一个奇迹。而如果没有慈禧的支持和授意，这个奇迹也很难发生。
谁也没有想到，1908年秋，当政治改革到了最吃紧的关头，年仅38岁的光绪病倒了，而且很快一命呜呼。关于光绪的死因，清代正史和医学专家的结论大体都是正常死亡。
历史巧合之处在于，光绪发病的前一段时间，慈禧也因吃了一点不合适的东西拉肚子，闹了好长一段时间。拉肚子在很多时候不会致人死亡，这是对的。蹊跷之处还在于，慈禧拉肚子既然已经很长时间了，如果光绪不死亡，慈禧大概也不至于突然不治。光绪的死亡对73岁的慈禧打击太大了，生命垂危中的老太太越想越伤心，越想越觉得自己一生太命苦，所有希望均成泡影，所以她在光绪英年早逝不到一天的时间，自己也一命呜呼了。
这个解释来自清代官方正式文件和清宫档案，大意是说，慈禧得知光绪“大行”后，不禁悲从中来，不能自克，以致病情加剧，遂致死亡。
这个解释合乎人道合乎人情，合乎历史合乎逻辑，唯一不合乎的是中国人最习惯最愿意接受的阴谋：一个并非亲生的儿子，慈禧怎么可能为他做到这个份上呢?
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更被广为接受的是一个阴谋论的说法，这个说法的起源是康有为。流亡美国的他在光绪逝世第二天就致电美国总统，要求美国政府不要承认新皇帝，因为光绪是被慈禧谋杀的。这个说法没有根据，况且远在海外的他如何能够得出这样确凿无疑的结论?美国政府没有把他当回事儿，但是一百年后，康有为却找到了许多知音。
人们不愿意相信清宫档案中的记载，反而相信康有为一厢情愿的栽赃，慈禧太后也从此被钉在了历史的耻辱柱上。
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