慈禧一直在临死前，脑子都十分清楚，这个《清史稿》有记载，《慈禧光绪病逝记实》也有记载，当慈禧安排溥仪进宫之时，她就知道光绪已经不可能复出了，因为她已经决定了痛下毒手。所以慈禧毒杀光绪，不可能是在神智昏乱情况下做出的，毒杀光绪，是她经过深思熟虑过的决定。
慈禧和光绪的关系为何到了非杀不可的地步?慈禧毒杀光绪，应该出自于以下理由：
1、身后不留仇敌
慈禧手段的毒辣，这个不需要浪费文字举证、说明，因为这个人人都相信。以慈禧狠毒霸道的心性，如果她确信光绪对自己十分仇视，那么仅这一条就足够让她在临死前动杀心了。而光绪恨不恨慈禧，几乎不需要思考就能回答。
慈禧发动政变，中止了光绪寄予厚望的维新变法，，并将光绪帝幽禁起来，这一幽禁就是十年，这十年，不论是在肉体上还是在精神上的折磨，对光绪都是刻骨难忘的，何况在这十年之中，慈禧并不是让他安安宁宁的在幽禁之处消磨时间，慈禧有的是折磨光绪的办法。送给光绪的饭菜多是发馊的，瀛台的窗户纸是烂的，连光绪盖的被子也破旧污脏。《述庵秘录》上说在光绪去世后，“有人见其病室中陈列极陋，睡—大床，安段北京泥土火炉，裱糊之壁纸破裂霉烂，盖下等百姓家所居也。”光绪还要时不时地被慈禧叫去训斥，尤其在慈禧看戏时，她要叫光绪坐在她的旁边，一边看着戏，慈禧一边拿戏上的人物指桑骂槐，说那个忤逆不孝，应该遭受怎样的折磨，如此等等。
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在幽禁之中，光绪曾被慈禧一掌打落了牙齿(见本书第四章第二节的引文)，光绪在瀛台不能出来，无法与外面联系，慈禧又不许别人去看他，光绪郁闷难遣，就设法用纸条和弟弟载沣交谈，但慈禧连这个也不允许，《述庵秘录》对此有记载：
光绪既被西后之虐禁。不得与臣工交语，其近支土公，亦无敢私谒者。帝乃久喑思语，秘置一小箱于南书房中，私与其弟醇王书，令彼此以书面交换。通信钥匙，则二人各一。外人不得开之。其书面大抵言外间琐屑事。以此笔谈而已。此事后亦为西后所知，怒而禁止。此后并此笔谈之自由，亦剥削矣。
对光绪本人虐待，那还不够，狠毒的慈禧还要整死光绪最心爱的珍妃，害死珍妃，是慈禧所做的最令人痛恨的事情之一。
光绪皇帝有一后二妃，即隆裕皇后，瑾妃、珍妃。隆裕是慈禧的亲侄女，而瑾妃、珍妃俩是同胞姐妹。在这一后二妃中，光绪最为宠爱的是珍妃，珍妃不但长得漂亮，而且性情活泼，兴趣广泛，她喜欢玩，在宫中时而扮成宫女，时而扮成少年，光绪忙碌的时候，她还能协助光绪处理政务。但她的脾气耿直、性格倔强，因看不惯慈禧的所做所为，偶尔有顶撞的言行。慈禧也看不惯珍妃的活泼好动，另外，光绪不怎么爱慈禧的侄女，钟情于珍妃一人，这也让慈禧非常不满，慈禧在戊戌政变幽禁了光绪之后，对珍妃也施以杖责，并撤去簪环，将她幽禁在偏僻的钟粹宫后北三所，下令永不许她再见光绪。但最残忍的是，在八国联军进京，慈禧行将西逃时，竟不许珍妃随行，下令要她跳井殉国。
关于慈禧逼死珍妃，各种记载极多，几乎各种记载都认定是慈禧下令害死珍妃的。《述庵秘录》对此事的记载是：
及拳匪事起，七月念夜召见军机毕，两宫暨后妃易微服将行，慈禧谓珍妃曰：“予将帅尔行，拳匪如蚁，土匪渐起，尔年尚韶稚，倘遭污，莫如死。”时宫中扰攘，内监总管崔某，邃牵珍妃毡裹推诸井。
除此之外，《清稗类钞》中也有珍妃被慈禧赐死的记载。解放后，《故宫周刊》还曾采访过亲眼目睹珍妃被害的太监唐冠卿，唐冠卿也力证是慈禧下令害死了珍妃，执行这个命令的是太监崔玉贵。崔玉贵清亡后，也坦然承认是自己奉慈禧之命推珍妃下井的，他还说：
我不会忘掉那一段事，那是我经历的最惨的最惨的一段往事。回想过去，很佩服二十五岁的珍妃，说出话来比刀子还锋利，死在临头，一点也不打颤，我罪不该死!皇上没让我死!你们爱跑不逃跑，但皇上不应逃跑!这三句话多在理，咽得老太后一句话也回答不上来，只能耍蛮，在冷宫里呆了三年，能说出这样的话，真是了不起。(出自《宫女谈往录》)
崔玉贵觉得珍妃了不起，光绪自然更觉得她如珍如宝，对她的挚爱难以用言语来形容。
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光绪或许能原谅慈禧对自己的十年幽禁，毕竟慈禧作过他名义上的娘，在宫中养大了他，并将他扶上皇位，这些对他的“好处”就和十年的幽禁相抵消，但光绪绝对无法原谅慈禧害死自己心爱的女人。即便是一个普遍男人，在无力保护自己的女人，而让她遭遇横祸时，也是痛心疾首肝肠寸断的，而光绪作为帝王，大清的皇帝，却无法保护自己的女人，恐怕此后每想起此事，光绪的心都在滴血，要说光绪不恨慈禧，天下真的不会有人相信。
珍妃被害时，年仅24岁，正是如花似玉的年龄，却命丧慈禧毒妇之手。在光绪得知珍妃被害时，“悲愤之极，至于战栗”(黄鸿寿：《清史纪事本末》，第67卷)，“悬妃之旧帐于密室，不时徘徊帐前，饮泣而已。”(王树枬《德宗遗事》)这是任何一个正常男人都会有的反映，而对慈禧的仇恨，从此刻起，便永世也不会磨灭。
珍妃死后，为她惋惜的人极多，《光绪帝外传》的作者恽毓鼎就写有《落叶词》哀悼珍妃，其词为：
金井一叶坠，
凄凉瑶殿旁。
残枝未零落，
映日有辉光。
沟水空流恨，
霓裳与断肠。
何如泽畔草，
犹得宿鸳鸯。
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童年、少年时对光绪的严酷和不近人情，戊戌政变对光绪的幽禁，西狩前对珍妃的残害，回銮后仍将光绪羁押在瀛台。凡此种种，光绪怎能不恨她，光绪对她恨得深、恨得持久，恨得咬牙切齿永世难忘，这样才是正常的，而光绪不恨她，在她稍微示以宽松亲善，就把一切的深仇大恨都忘了，这才是不正常的。
不过光绪虽恨慈禧，以光绪磊落的个性，正派的为人，绝不会在慈禧死后对她进行污蔑侮辱，更不会剖棺戮尸，究竟他们自间还有那一层母子名分。但慈禧是个恶毒妇人，自然以她的心肠来衡量别人，她自己干过剖棺戮尸的恶行，怎能不提防别人也这样子来整自己呢。
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