曹操闻听华佗医术精湛，征召他到许昌为自己看病。曹操常犯头风眩晕病，经华佗针刺治疗有所好转。《三国志》对此的记载是，"佗针鬲，随手而差。"后来，随着政务和军务的日益繁忙，曹操的"头风"病加重了，于是，他想让华佗专门为他治疗"头风"病，做自己的侍医。
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但是华佗却不愿意。他借口妻子有病，告假回家，不再到曹操那里去了。曹操非常愤怒，派人到华佗家里去调查。曹操对派去的人说：如果华佗的妻子果然有病，就送给他小豆四十斛;要是没有病，就把他逮捕来办罪。
传说华佗被逮捕送到曹操那里以后，曹操仍旧请他治病。他给曹操诊断了以后，对曹操说："此近难济，恒事攻治，可延岁月。"意思是说，你的病在短期内很难彻底治好，即使长期治疗，也只能苟延岁月。
而要全部治好，使之不再重犯则需要先饮"麻沸散"，麻痹脑部，然后用利斧砍开脑袋，取出"风涎"，这样才可能去掉病根。多疑的曹操以为华佗是要借机杀他，为关羽报仇，于是命令将华佗杀害。
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被关进牢狱以后，华佗知道曹操不会放过他的，于是抑制住悲愤的心情，逐字逐句地整理他的三卷医学著作-《青囊经》，希望把自己的医术流传下去。这三卷著作整理好以后，华佗把它交给牢头，牢头不敢接受。在极度失望之下，华佗把它掷在火盆里烧掉。
牢头这时候才觉得可惜，慌忙去抢，只抢出一卷，据说这一卷是关于医治兽病的记载。华佗没有留下专门著作。这是我国医学的一个重大损失。
但是，华佗之死责任果真全在曹操吗?华佗真的没有任何过失吗?
《三国演义》中有一节"治风疾神医身死，传遗命奸雄数终"，描写了华佗被曹操杀害的情形。
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《三国演义》虽然是文学作品，其中有着大量的虚构成分，但是，华佗因为要给曹操"开颅医病"而被曹操杀害确是不争的历史事实。受《三国演义》的影响，今天的许多史学家大都认为，华佗不仅医术高明，而且医德高尚，时刻心系天下百姓的疾苦，不肯服侍权贵。华佗真是这样一个人吗?
在中国古代社会里，"万般皆下品，唯有读书高"和"学而优则仕"是众多读书人的信条。
华佗所生活的东汉末期，社会上读书做官的热潮已经达到顶点，公卿大多数是熟悉经术者，汉顺帝时太学生多达3万人，学儒读经成为社会风尚，而医药技术虽为上至帝王、下至百姓所需，但却为士大夫所轻视，医生的社会地位不高。
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