几乎所有满洲人都恐惧痘症，身为皇帝的顺治也不例外，这种病即便是成人得上也有可能致命，为此，皇帝特地在皇宫中设立了神坛供奉痘神娘娘。但往往怕什么来什么，顺治皇帝也不幸得上了这种病症。
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当顺治皇帝染病的消息传出宫后，汤若望非常揪心，立刻进宫，要求觐见陛下。顺治帝听闻后非常感动，他下谕旨告诉汤若望，他的身体实在不允许他有任何走动，但汤的忠顺令他感动，他视汤为玛法（译者注：满语中玛法的意思是爷爷），所以有机会一定召他觐见。汤请内臣向皇上转奏，神爱世人，圣上的病已经十分危急了，他恳请皇帝可以认真读一遍他送去的《福音书》，书上记载着天国与人释罪后可得永生。顺治帝听从了汤的建议，亲自阅读了《福音书》，之后他发出感慨：汤是真正忠于他、关怀他的人啊！但是他罪重错繁，这样的人是没有颜面前去天国的。如果他这次可以痊愈，一定会接受洗礼信奉汤所信奉的宗教，但是现在身患重病，是没有办法做这件事的。
在那个时候，皇帝还没有正式地册封太子，于是身为皇帝母亲的皇太后就开始催促顺治帝尽快了结此事。顺治帝对人选的问题还未选定，他认为自己的一位兄弟十分适合，但皇太后与众亲王均反对这个决定，坚持让他从皇子中擢选。皇帝举棋不定，便派人找到汤若望询问他的看法，汤赞同了皇太后的意见，也同时赞同皇太后选择的那位皇子。就这样，皇帝在太后及众臣的劝促下，放弃了原定的一位年长皇子，转而选择一位庶出的年幼皇子为太子，其时该皇子年纪不足七岁。而这位皇太子正是未来的康熙大帝，中国最伟大的皇帝之一，而汤的这一良策虽是人生最后一次，但也是最伟大的一次，为国家做出了不可磨灭的贡献，有四人在之后被任命为新帝的辅政大臣——索尼、苏克萨哈、遏必隆以及鳌拜。顺治帝在立下太子后，也就是公元1661年2月5日或6日驾崩，同样也是病倒后仅仅三天，享年二十二岁。
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在先帝丧殡后，举行了新帝登基的仪仗。百官在仪式上向康熙帝效忠，汤也不例外。但他同时也在大殿上当着所有人的面宣读了天主的信仰，之后他便参加了典礼，不只是代表自己，也代表天主。他这看似癫狂的举动给新帝和太皇太后还有皇太后都留下了深刻印象。太皇太后甚至邀请汤为新帝祈祷，同时也下谕旨让汤的教友们也为新帝祈祷。
四位辅政大臣在新帝登基伊始就表现出优秀的作为，他们将宫中近四千名太监革职，仅留下1000人作为日常服侍。并下令，如有太监干政，一律严惩。而先帝生前结识的僧侣也不得不离开宫中，同时辅政大臣们也解散了先帝的嫔妃。
汤接连拜访了四位辅政大臣，尽管苏克萨哈并不待见天主教的信仰，但四人却并没有为难汤若望，以非常友好地气氛结束了拜访。大臣们请汤若望坐在身旁，并一致认为应让他继续做新帝的顾问，也就是太傅。在之后的日子中，汤与四位大臣保持了良好的关系，也屡次接受辅政大臣的表彰。
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而汤受到敬重的原因，不仅是由于他的为人，还因为他的才能。他曾发明了一种技术，成功地解决了当时的一个难题。当时，京城附近发掘出五口铜钟，大多是明朝时期的，十分巨大。新帝刚登基不久，决定将这五口中最大、也是最精美的一个吊到高楼上，但是因为太重，什么办法都不奏效。后来，汤设计了一种起重机，成功地将这口巨钟吊至楼上。这口巨钟纹饰精细，铭文长达万余字，重达十二万斤。汤的这一壮举，赢得所有人的尊敬。在四个月后，发生了一起事故，钟楼失火了，大钟也同时受损。但过了两年后，汤又用他的机器将另一口钟吊到修复的楼上。据传教士南怀仁说，这些钟起码有两万五千多德国磅，比欧洲人公认的德国艾府城巨钟还要大得多。
太皇太后此时是清朝的实际掌控者，她称汤为“义父”，对汤抱有善意的好感，经常赏赐给他礼物，而在御宴时，太皇太后也时常将自己的食物分于汤，以示特别的恩惠。直到1664年，汤的地位一直不曾变动。
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