各地明皇室上层人物被诛杀净尽，只有崇祯之子朱慈焕侥幸活了下来，并且活到了七十多岁。
朱慈焕幼时被封为永王，在成大长人的皇子中排行第三。明朝灭亡那年，他刚刚十二岁，和两个哥哥一起被李自成军俘获，又一起被李自成挟裹出北京城南下。
李自成兵败后，朱慈焕开始了乱世飘零。他乞讨到了一户王姓乡绅家。乡绅见他气质特别，“细询根由”。没有城府的朱慈焕透露了自己的身份。王乡绅是故明官员，见皇子沦落到如此地步，不禁“执手悲泣”，冒着风险收留了他，给他改名王士元，与自己的儿子一起读书。
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五年之后，王乡绅病故，王家不愿意继续收留他，他只好流浪到江南当了和尚。后来浙江余姚一位胡乡绅到庙里游玩，见二十出头的朱慈焕容貌清秀，气质不俗，又满腹诗书，十分健谈（几十年后，蓬莱人李力远遇到朱慈焕，称其“丰标秀整，议论风生……学渊博，且工手谈，精音律”，可见朱是一个非常有才华的人）。胡乡绅极为欣赏，劝他还俗，还把自己的女儿嫁给了他。于是朱慈焕落户浙江，也算是成家立业了。结婚后，朱慈焕以教书为业。岳父去世后，随着生儿育女，家累日重，他不得不四处寻找教席，还经常向一些地方绅士打秋风，勉强维持生活。他一生小心翼翼，安分守法，哪里风声紧，他就赶紧带着一大家逃亡，几十年间流动于大江南北，历尽艰辛。虽然一辈子受尽委屈劳累，不过毕竟活过了古稀之年，生了三个儿子两个女儿，又有了孙子，也总算儿孙满堂。特别是到了晚年，赶上康熙盛世，政治局面日益安定。康熙为了争取民心，六次拜谒明皇陵，行三跪九叩之礼。特别是康熙三十八年（1699年），皇帝拜了明孝陵后，还向大臣表示要查访一个明皇室后裔，来管理明孝陵：
朕意欲访察明代后裔，授以职衔，俾其世守祀事。古者夏殷之后，周封之于杞宋……尔等与九卿会议俱奏。
虽然朱慈焕不敢出头去接受康熙皇帝的这个好意，但是皇帝对故明的态度如此“亲善”，他认为自己这辈子可以善终了。
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不料，在康熙四十七年（1708年），大祸发生。这一年四月，他正和东家在书房下棋，突然闯入一队官兵，将他锁拿。
回忆起来，事发的根由是自己几年前的一次口风不严。按理说，环境如此险恶，朱慈焕应该守口如瓶才对。但是，人总是有倾诉的欲望，特别是一个前朝皇子，如今却落为到处打秋风讨饭吃的可怜教书先生，自己身份如此巨大的落差，让他心里难免产生巨大的不平衡感。到了晚年，朱慈焕觉得自己可以松一口气了，所以有一次酒后向一位交往很久的老友透露了一点自己的“秘密”。世上没有不透风的墙。这个有爆炸力的消息很快传了出去。浙江东部有一位志在反清复明的念一和尚，听说这个消息，就在康熙四十五年（1706年）打起了朱慈焕的旗号，在大岚山起事。朱慈焕闻讯大惊，立刻带着一个儿子由浙江逃到山东，没想到两年之后还是被抓了。在抓他之前，官员曾到余姚他的家中搜查。他家中还“有一妻二子三女一媳”，闻听官兵来捕，气势汹汹，知道大事不好，除了一个儿子外，其他六个人“皆投缳，六命俱尽”。
审讯结果证明他是清白的。虽然念一和尚打着他的旗号，但其实从来没有直接联系上他。官员们当庭让念一和尚来与朱慈焕对质，“及提先生对质，又云不相识”，证明两个人根本不认识。
朱慈焕为自己的辩护也是极为有力的。他说：“吾数十年来改易姓名，冀避祸耳……吾今年七十五岁，血气已衰，须发皆白，乃不反于三晋变乱之时，而反于清宁无事之日乎？且所谓谋反者，必占据城池，积草屯粮，招军买马，打造盔甲，吾曾有一于此乎？”
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审问官员也觉得朱慈焕所供有理，将审问结果上报给康熙。几年前皇帝还说过要访查一位明朝后代来当官，这个朱慈焕看起来是最佳人选，所以官员对他很礼貌，给他好吃好喝，就等着皇帝下处理决定。
不料，事实证明，康熙皇帝所说的“查访明朝后裔”，其实是叶公好龙。如今，真的“朱三太子”落网，他大喜过望。虽然康熙一生都以“宽大仁慈”闻名，对手又是一个七十五岁手无寸铁的可怜老人，他却绝不放过。皇帝发下谕旨：“朱三即王士元，著凌迟处死。伊子……俱着立斩。”
逃亡一生须发皆白的朱慈焕，被押上了刑场，眼看着两个儿子被斩首后，自己又被一刀刀凌迟。至此，崇祯的子孙被彻底消灭，真正是白茫茫一片，真干净。
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