清入关前，从无传位遗诏当上皇帝的皇太极开始，这种激烈的斗争直到乾隆以后才逐渐减弱，爱新觉罗亲族之间的恩怨在玉牒中也有所反映，典型表现就是“不入玉牒”。张虹说：“在每次清玉牒编修的序言中，都有关于哪些犯罪族人不入玉牒的说明，《清实录》中对这些情况也有很多记述。 ”
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早期不入玉牒的代表人物就是多尔衮，这位为清一统天下立下汗马功劳的宗室，生前和死后境遇天壤之别，而且由于他本身又是清宫三大疑案之一“庄妃下嫁”的男主角，所以在清史中也是重要传奇人物之一。多尔衮指挥清军入关，先后受封叔父摄政王、皇叔父摄政王、皇父摄政王，死后不仅被剥夺亲王封号，甚至被掘坟扬灰。所以在早期清玉牒中，努尔哈赤第十三子与第十五子紧密相连，压根就不提有第十四子。
直到乾隆四十三年为多尔衮恢复亲王称号和宗室身份后，才在乾隆五十二年以后的玉牒中重新出现努尔哈赤第十四子。佟悦说：“我们查看了‘庄妃下嫁’的消息主要流传者，多是反清复明人士，所以有这样的说法，不排除当时明人在故意泼黑清统治者。 ”散布“庄妃下嫁”的代表人物是反清人士张煌言，他在反清斗争中一口气写了10首诗对清宫这段悬案进行冷嘲热讽。
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现在找到事实真相的可能性越来越小了，不过翻看史料，多尔衮戎马一生的最大受益者是顺治，然而，他对这位亲叔叔的恨实在耐人寻味，给弄清真相增加了更多的变数。至于清入关前后有多少爱新觉罗族人因为获罪被逐出玉牒，《康熙朝实录》有这样的记述：“查革退宗室内除原任和硕睿亲王多尔衮无嗣，无庸议外，其原任贝勒莽古尔泰、德格类，和硕英亲王阿济格……子孙共二百一十六人俱应给以红带，记黄档内，纂修玉牒时一并载入。又宗室阿尔通阿之子孙四人，现入觉罗红档，无庸另议，应将阿尔通阿之名补入黄档内，增载玉牒。其觉罗勒尔森、昂阿拉、吴丹等之子孙共二十九人，俱应给以紫带，记红档内，亦俟纂修玉牒时一并载入。 ”
被逐出玉牒的还包括康熙年间参与夺嫡，后来被逼改名的阿其那和塞思黑。张虹说：“玉牒中当然看不到这样的名字，这两个名字满语意思也不是部分学者认为的‘猪’‘狗’。简单分析，雍正即使再生气也不会让自己的亲兄弟改成这样的名字，不仅有辱自身，也是对他们的父亲康熙大不敬。 ”
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对他们后人的态度，到了乾隆年间也有了变化，《清实录》中记载：“从前阿其那、塞思黑不孝不忠，思乱宗社获罪，皇祖我皇考万不得已止令削籍离宗”，遵从康熙“若屏除宗牒之外，恐将来日久，则与庶民无异”的考虑，也采取康熙五十二年的做法，“将阿其那、塞思黑之子孙，给予红带，收入玉牒。 ”当然，此后仍有犯罪爱新觉罗族人“不入玉牒”，不过再没有谋逆之类大罪。
记录在案有嘉庆年间的一例，《清实录》里这样记述：“又谕：刑部奏审明魁敏、窝什布图钦、图敏等私习西洋教，业经反复开导，该犯等仍坚不出教，请将魁敏等发往伊犁充当折磨差使等语，图钦、图敏俱系苏努曾孙。雍正年间，苏努因犯罪黜革宗室降为红带子，是该二犯本属罪人子孙，理宜安分守法，乃敢私习洋教，经该部再三开导，犹复始终执迷不悔，情殊可恶。图钦、图敏著革去红带子，并于玉牒末除名。 ”在这个案件中，获罪宗室成员被彻底除名。时过境迁，当争斗变成前尘往事，恩怨随同主人公化作飞灰之后，与当初的恩恩怨怨相比，后世爱新觉罗族人似乎更在意的是祖上都有哪些人，做过什么事。
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