明太祖朱元璋有二十六个儿子，他因自己出身卑微，当上皇帝后，生怕那些开国元勋“尾大不掉”，将长子立为太子，九子、二十六子早死，其余二十三个儿子都封王建藩。燕王朱棣、晋王朱?、宁王朱权等率兵驻守北方，抵御蒙古;周王朱、齐王朱榑等驻于内地各省，监督地方官吏。朱元璋规定，如遇奸臣专权，藩王可以声讨奸臣，甚至可以发兵“清君侧”。他的本意是企图用皇室亲戚来维护皇权，殊不知事与愿违。
皇位理应由朱允炆的父亲朱标继承，朱标作为长子，早就被立为太子。可惜他英年早逝，死于洪武二十五年(1392年)，朱元璋按照嫡长子继承的原则，把长孙朱允炆立为皇储。
洪武三十一年(1398年)朱元璋病逝，长孙朱允炆即位。出生于洪武十年(1377年)的朱允炆，此时已是一个英姿勃发的青年了，书生气十足而又温文尔雅，却缺少祖父与叔父们雄才大略的草莽习气。他在位仅仅四年，就被叔父——燕王朱棣赶下台，祸根是他的祖父朱元璋种下的。
朱元璋给儿子们封王建藩，并授予他们“清君侧”特权的做法，同样出身卑微的刘邦也采用过。刘邦建立汉朝后，立即分封同姓诸侯王，作为刘家天下的屏障。出乎意料的是，那些同姓诸侯王野心勃勃，与中央分庭抗礼。汉景帝接受晁错的“削藩”主张，引来了藩王的反叛——吴楚七国之乱，他们的借口就是“请诛晁错，以清君侧”。
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历史常有惊人的相似之处。建文帝即位后，那些分封于边疆及内地的藩王们，根本不把这个年轻的侄皇帝放在眼里，他们个个拥兵自重。建文帝时时感受到有着皇叔身份的藩王们的威胁，不得不与亲信大臣齐泰、黄子澄、方孝孺商量削夺藩王的权力。藩王们当然不会坐以待毙，势力最大的燕王朱棣率先发难，其借口就是援引“祖训”：如遇奸臣擅权，藩王可以发兵声讨，以“清君侧”。
于是，建文元年(1399年)七月朱棣在他的封地起兵，发动了“靖难之役”，借口是“清君侧”，其实是以声讨齐泰、黄子澄为名，矛头直指建文帝。建文四年，燕王朱棣攻下当时的首都南京，建文帝下落不明，一说焚死，一说逃亡，究竟如何，众说纷纭，这就是建文帝生死之谜的由来。
燕王朱棣为了夺取帝位，必须宣称建文帝已经死亡，否则他就不可能称帝。他在装模作样地多次拒绝大臣们的“劝进”之后，终于登上了梦寐以求的皇帝宝座。这样的做法未免有篡位的嫌疑，要摆脱嫌疑，首先必须否定建文帝的合法性。因此他既不给建文帝应有的谥号，也不承认建文的年号，把建文四年改称洪武三十五年，表示他不是继承建文帝的帝位，而是直接继承太祖高皇帝的帝位。就这样，他成为明朝的第三代皇帝——明成祖，第二年(1403年)改元为永乐元年。
明成祖朱棣为了粉饰夺取帝位的合法性，指使臣下掩盖历史真相，销毁建文时期的政府档案，禁止关于这一事件的一切记叙。光有掩盖还不够，必须篡改历史。于是，这场政变被描绘成这样：建文四年六月，“靖难”的军队打到南京金川门，“建文君欲出迎，左右悉散，惟内侍数人而已，乃叹曰：‘我何面目相见耶!’遂阖宫*”。史家的春秋笔法已经显露无遗，对朱允炆既不称惠帝，也不称建文帝，而径直改称“建文君”，以表示他并不是帝位的合法继承人;因为无脸见人，才畏罪自杀。燕王朱棣则显得高风亮节，捐弃前嫌，立即派遣太监前往救援，无奈来不及，太监把“建文君”的尸体从火中找出，报告燕王，燕王哭着说：果然如此痴呆?我来是为了帮助你做好皇帝，你竟浑然不觉，而走上绝路!这分明是史官的粉饰之言。
假如建文帝不“自焚”，也必死无疑。事实上朱棣上台后，对建文帝的亲信大臣如齐泰、黄子澄、方孝孺等，展开了一场又一场大屠杀，被人称为“瓜蔓抄”。其残酷的程度可与乃父朱元璋惩处胡惟庸、蓝玉党案相媲美。
明末文坛领袖钱谦益的《有学集》中有一篇《建文年谱序》，这样写道：他在史局(国史馆)工作三十余年，博览群书，唯独对于“建文逊国”(官方对于朱棣夺取帝位的一种标准宣传口径)一事，搞不清楚，而伤心落泪。原因有三：一是《实录》无征，二是传闻异辞，三是伪史杂出。因此他称赞赵士喆所编《建文年谱》，荟萃诸家记录，再现真相，感人至深，“读未终卷，泪流臆而涕渍纸”。可见从明初到明末，始终有人在探求建文帝的生死之谜。
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就连明成祖朱棣自己也不相信建文帝真的死了。《明史·胡传》记载，朱棣怀疑建文帝逃亡，派遣户科都给事中胡，以寻访仙人张邋遢(张三丰)为名，暗中侦查建文帝的踪迹。
胡在外十四年之久，回朝后，把打听到的民间隐秘与传闻，向皇帝报告，终于使他的怀疑冰释。《明史·胡传》如此写道：“先，(胡)未至，传言建文帝蹈海去，帝分遣内臣(太监)郑和数辈，浮海下西洋。至是，疑始释。”
你看，朱棣如果相信建文帝已经自焚而死，何必如此兴师动众呢?明清史专家孟森在《建文逊国事考》中说：如果建文帝已经自焚而死，“何必疑于人言，分遣胡、郑和辈海内海外，遍行大索，大索至二十余年之久?”
即使明成祖朱棣的子孙后代也认为建文帝的下落是个谜。明神宗朱翊钧就是一例。他即位伊始，曾下诏为被杀的建文朝大臣建祠庙祭祀，并颁布《苗裔恤录》，对他们的后裔给予抚恤。看来他对被明成祖赶下台的建文帝颇有一点追怀敬仰之情。
万历二年十月十七日，他在文华殿与内阁大学士们谈起建文帝的事，提出了一个思虑已久的问题：听说建文帝逃亡，不知真伪如何?再次提出了明朝的第一号无头公案。内阁首辅张居正如实回答：我朝的国史没有记载这件事，听前朝故老相传，说靖难之师进入南京城，建文帝化装逃亡。到了正统年间，有一个老和尚在云南驿站壁上题诗一首，有“沦落江湖数十秋”之句。御史召见此人询问，老僧坐地不跪，说：我想叶落归根。查验后才知道是建文帝。张居正的这一说法，记载在《明神宗实录》，与祝允明《野记》所说大体相同，可见在明中晚期，关于建文帝的下落已经不再忌讳，事实的真相逐渐明朗。看来，明人野史关于建文帝逃亡生涯的记载，并非向壁虚构。不妨将其始末简单勾勒如下。
建文四年六月，建文帝得知南京金川门失守，长吁短叹，想自杀以谢国人。翰林院编修程济说，不如出走流亡。少监王钺跪在地上提醒皇上，高皇帝升天之前，留下一个宝匣，并且交代说，如有大难，可以打开。
众人一起赶到奉先殿左侧，打开这个红色宝匣，但见里面有度牒三张，分别写着“应文”、“应能”、“应贤”，里面还有袈裟、僧帽、僧鞋、剃刀，以及银元宝十锭。第一张“应文”度牒写着：“应文从鬼门出，其余人等从水关御沟而行，薄暮时分在神乐观的西房会合。”程济立即为皇上剃去头发，换上袈裟、僧帽、僧鞋。吴王教授杨应能表示愿意剃度，随帝流亡;监察御史叶希贤毅然说，臣名贤，无疑就是“应贤”，也剃度改装随从。当时在殿上的五六十人痛哭流涕，都表示要随从流亡。建文帝说，这么多人一起行动，势必引起怀疑，决定由九人陪他前往鬼门，在神乐观乘船至太平门。少顷，杨应能、叶希贤等十三人赶来。一行二十二人开始了流亡生涯。
建文帝交代，今后互相以师弟称呼，不必拘泥君臣之礼。兵部侍郎廖平建议，随从不必多，更不可多，挑选没有家室之累又有膂力五人足够，其余遥为应援。当场决定杨应能、叶希贤称为比丘，程济称为道人，这三人左右不离建文帝;其余六人往来道路，运送衣食。
第一站来到吴江县的史彬家中。八月十六日，建文帝与两位比丘、一位道人同行，其余人等星散。十月，来到襄阳的廖平家。获悉跟踪者也已到此，大家商议后便决定前往云南。明成祖派遣户科都给事中胡前往西南地区，打着探寻道教宗师张三丰(即张邋遢)的幌子，其实是为了侦查建文帝的下落。消息传来，建文帝决定遁迹深山。
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永乐八年三月，工部尚书严震以出使安南(即今越南)的名义，至云南秘密探访建文帝的踪迹。某一天，严震偶然在云南道中遇到建文帝，两人相对而泣。建文帝问他：你准备怎么处置我?严震回答：皇上请便，臣自有办法。夜间，严震自缢于驿站。建文帝见踪迹暴露，再次躲进白龙山。长期的野外生活，使得他身心疲惫，颜色憔悴，面容枯槁。到了夏天，又患上痢疾，但因害怕被发现，不敢出山觅食、求医，狼狈到了极点。这时史彬等三人赶来，境况顿时改善。几天后，三人离别，抱头痛哭一场。建文帝交代，今后不必再来，一则道路艰险，二则关津盘查严密。
永乐十年三四月间，一直随从建文帝的杨应能、叶希贤相继病逝，建文帝收了一名弟子，赐名“应慧”。永乐十四年六月，建文帝足疾发作，程济进城觅药，才得痊愈。这使建文帝感到危机时时迫近，便口述流亡的经过，由程济笔录，写成《从亡传》，建文帝亲笔写了序言，命程济藏于山岩中。
此后几年，建文帝奔走于云南、贵州、四川之间。永乐十八年十月，在程济的陪同下，建文帝登上了峨嵋山，赋诗一首，其中两句为：“登高不待东翘首，但见云从故国飞。”流露了他此时此地思念故国的复杂心情。永乐二十二年二月，建文帝东行。十月，在旅店遇到史彬。史彬关切地问起道路起居，建文帝说：近来强饭，精爽倍常。于是同史彬下江南，回到吴江史彬家中。
这时史彬的从叔祖史弘从嘉兴赶来，在客堂见到老和尚，问史彬：大师从何而来?史彬不答。史弘把史彬拉出，说：此建文皇帝也。史彬矢口否认，史弘说我曾在东宫见到过，是我的救命恩人。史彬只得如实相告。史弘顿首后，哭泣着询问近况。建文帝说：赖各位从亡者给我衣食，得以周旋于险阻之间。二十年来，战战兢兢，今日想来，可以终老了吧!随后在史弘的陪同下，游览天台山，到宁波渡莲花洋。
匆匆间，成祖死，仁宗即位，不到一年，仁宗死，宣宗即位，十年后英宗即位。皇帝已经更换了好几个。政治环境的变换，是他再现真身的时候了。
正统五年(1430年)，正在广西的建文帝对程济说，我决意东行。建文帝有文才，流亡中经常诗性大发而赋诗，最著名的一首就是：
流落西南四十秋，萧萧白发已盈头。
乾坤有恨家何在?江汉无情水自流。
长乐宫中云气散，朝元阁上雨声收。
新蒲细柳年年绿，野老吞声哭未休。
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人们常说，诗言志。从这些诗中，不难体味到一位流亡皇帝的心灵呼声。巧得很，同寓所的一名和尚，窃得建文帝的诗稿，跑到思恩知州岑瑛那里，大言不惭地说，我就是建文皇帝!岑瑛大为惊骇，马上报告藩司。藩司下令把和尚与建文帝一并逮捕，飞章报告朝廷。当朝皇帝下诏：押解回北京。
皇帝命御史在宫廷中审讯，那和尚称：年九十余，且死，想葬于祖父陵墓旁。御史说：建文君生于洪武十年，现在是正统五年，当六十四岁，何得九十岁?后来查实得知，这和尚名叫杨应祥，钧州白沙里人。报告皇帝后，和尚被判处死刑，下锦衣卫监狱关押。
建文帝此时把实情告诉了御史，御史秘密上报皇帝，皇帝派曾经服侍过建文帝的老太监吴亮探望虚实。建文帝见到吴亮，脱口而出：你难道不是吴亮?吴亮说：不是。建文帝纠正道：我有一天在便殿就餐，吃子鹅，一片肉掉到地上，你手里拿着壶，趴在地上把它吃掉了。还说不是你!吴亮伏地大哭。他知道建文帝左脚趾有黑子，查看后果然，想不到几十年后能够见面，痛哭流涕，不能仰视。
于是，皇帝下令把建文帝迎入宫中西内养老，宫中人都叫他“老佛”。寿终正寝后，葬于西山，不封不树。因为很难给他一个名分，所以成为一座无名墓。
以上是野史根据传闻描绘的一段失落的史事，建文帝生死之谜，在几十年以后，终于有了一个真相大白的结果。
由于建文时期的档案史料已被销毁，《明成祖实录》又充满谎言，已经难以核实其正确性究竟有多少。因此清代学者颇多怀疑，例如万斯同在《明史稿·史例议》中就说：“明代野史之失实，无有如建文逊国一事。”乾隆时正式出版的《明史》，卷四惠帝纪，在写了建文帝焚死之后，又加上“由地道出亡”一段文章，依然是一团迷雾。因此现在要确切考证建文帝的下落，犹如雾里探花，那只好仁者见仁智者见智了。
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