说法一：焚死说
燕王朱棣发动靖难之役(“清君侧，靖国难”)，打了四年之久。燕军攻入南京后，皇宫火起，遍寻建文帝不着，后有人从瓦砾堆中拖出两具尸体，有人说是建文帝。即，建文帝被烧死了。我们来看看史料，《明史》有记：“谷王橞及李景隆叛，纳燕兵，都城陷。宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申葬之。”说燕王朱棣派宦官从火中将皇帝、皇后的尸体找出，八天后安葬。这是距当时两百年后的清雍正年间《明史》所记载的，那么明朝人世怎么说的呢?据《明太宗实录》有云：“上望见宫中烟起，急遣中使往救助。至已不及，中使出其尸于火，还白上。上哭曰：果然若是痴呆耶。吾来，为扶翼尔为善，尔竟不谅，而遽至此乎!备礼葬建文君，遣官致祭，辍朝三日。”看到皇宫有烟冒起，派宦官救火，到那已来不及了，“上”是成祖朱棣哭了，说你怎么这么傻，我就是来帮助你做好事的，为何不解我心呢?过了八天，安葬了建文帝，朱棣还为此辍朝三日以示哀悼。这是明朝人说的，很多学者认为实录不实。原因是：既然葬了建文帝，那坟墓在哪儿?天子安葬，岂能没有痕迹?因此，“焚死说”不可靠!
说法二：归来说
明万历皇帝有一次问内阁首辅大臣张居正，听说建文帝有出亡一事。张居正乃饱学之士，他回答说：“此事国史无考”。你看，连明朝人都搞不清楚，更别说后来人了。还有人说，建文帝回来了。明英宗正统五年，公元1440年，有一个和尚年90岁，从云南来到广西思恩府，到了大堂上说我就是建文帝。这个知府一听很害怕，赶快报告宫里，并把这个自称建文君的和尚送到北京的皇宫里(当时的首都已经从南京迁到北京了)。结果经审问，这个人说了实话，他说他已90岁了，如果建文君活到现在也不过是五六十岁，你怎么90岁了，没有这么大岁数。再一问，这个人是河南钧州人，叫做杨应祥。后来，就将这个杨应祥了事，真是一出闹剧。
说法三：逊国出亡说
燕军攻入南京，宫中火起，建文君没被焚死，而是从地道逃了。民间传说，说建文帝的逃跑是“逊国”，就是让国。这也是燕王朱棣为自己讨个说辞。他们不愿意说朱棣是篡位，而是建文帝不当了，那么朱棣自然当了。我想这种说辞显然都是后来编出来的，朱棣明明是篡夺皇位，怎么出来逊国呢?是很多人对于建文帝抱有同情心，又不敢直接指责朱棣的夺权，因此就出了让国逊位说。后来，建文帝就湖南、湖北、云南、四川、广西、福建到处云游了!这传的有模有样，并有诗为证。
如：四川永庆寺，“杖锡来游岁月深，山云水月傍闲吟。尘心消尽无些子，不受人间物色侵”。
再如：在广西曾写下这首诗，“牢落西南四十秋，萧萧白发已盈头。乾坤有恨家何在?汉江无情水自流。长乐宫中云气散，朝元阁上雨声收。新浦细柳年年绿，野老吞声哭未休”。
都是在怀念一些宫廷生活，几十年在外云游这些情景。因为有在外面云游的传说，所以朱允炆在他所云游的各地留下了很多遗迹。
说法四：逃亡海外说
燕军攻入南京，建文帝非常紧张，不知所措。这时，一个叫做王钺的太监向他汇报，说太祖死的时候留下一样东西，收藏在奉先殿，并嘱咐：不到万分危急的时候不能打开。于是，他们把东西拿出来——一个铁匣子，表面刷着红油漆。马上打开一看，里头有三张度牒(就是和尚的身份证，可通关出行)，白金十锭，还有三套和尚袍。朱允炆一行三人就全剃了光头，换上和尚袍。趁暮色，从皇宫地道逃出宫外。后来听说，他们逃到海外了。燕王朱棣称帝后，一直在寻访建文帝的下落，有种说法，说成祖朱棣派三宝太监郑和官面说下西洋做外贸，内里则是暗中寻访朱允炆的下落。
后来，听说建文帝老年又回到了宫中，原来服侍过他的太监认出了建文帝。并在宫中终老!
明末清初有一本很著名的历史书叫做《罪惟录》，作者叫查继佐，他在书里面列举了有关建文帝谜踪的23种说法。他在文后说了一句话，他说23种说法难道就没有一个是对的吗?他说，没有!如果有的话，只应该有一种说法才对，正因为有23种说法，所以都不对。
为什么建文帝的传说会这么复杂呢?首先就是本来就没弄清楚。再有一点，就是大家对于建文帝抱有同情态度，希望他不死!特别是朱棣当了皇帝以后，采取了非常残暴的对于政治反对派的镇压，人们更怀念建文帝当政的时候实行的宽仁政策，所以就造出了他的种种传说。我们说建文帝是生是死，他的下落一定会有一个正确答案，但是历史学家目前还没有找到一个可信的答案。
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