后金暂时离开北京，祖大寿接到袁崇焕手书后于崇祯三年正月初四统兵西援。崇祯有功夫处理袁崇焕的案子了。崇祯对于袁崇焕的案子，同时做了两手。一手是在北京，展开对袁崇焕案的调查、审讯，一手在在辽东，密令孙承宗稳住祖大寿等辽军将士。
孙承宗二次督辽，感到既熟悉又陌生。首次督辽，头尾四年，辽东的山川形势、风土人情，重来依旧，不同的是辽军人事，颇有风月无情人暗换之感。天启年间，孙承宗督师辽东时，袁崇焕先是山石道后为宁前道，还是中层干部，当时头面人物是马世龙，还有前后三位辽东巡抚。祖大寿，何可纲等还是参将、守备等中下级军官，孙承宗虽然略知其名，但终究不当回事。，由于地位悬殊，祖何等人平时见孙一面都很难。
天启六年正月，孙承宗离开辽东还不到半年，袁崇焕宁远一战成名，立授辽东巡抚，陡然间成为时局的中心人物，他所统领的宁远系也随着袁崇焕地位的迅速抬升而急速膨胀，短短三四年间，祖大寿、何可纲等已经升为总兵、副将，跨入高级将领行列，尤其是祖大寿，崇祯元年袁崇焕督师辽东时，成为仅有的两员总兵之一，挂征辽先锋将军印，镇守锦州，从此锦州成为祖大寿的老营，直到十三年后被清军围困不得已而出降。己巳之变，赵率教战死、袁崇焕被逮，祖大寿自然而然的成为十万辽军的领军人物，孙承宗受命安抚辽东实际上也就是安抚祖大寿。
孙承宗二次来到山海关，对待祖大寿等辽将特别客气，平易近人，轻易不摆架子，嘘寒问暖，关怀备至，使得祖大寿等对孙承宗的戒备之心逐渐消除。孙承宗虽然受命恢复失地，但并不一味催促祖大寿等刻日进兵，而是静待时机成熟。老谋深算的孙阁老深知此时如果稍有急躁，就有可能激得祖大寿等对朝廷彻底绝望，认为崇祯是借孙承宗之手消灭辽军，从而铤而走险，使得前功尽弃。
因此，孙承宗在山海关上，表面显得闲静从容，经常招来祖大寿、何可纲、徐敷奏等在衙门或城楼上饮酒谈心。一有捷报，不论大小，孙承宗总是大张旗鼓的进行表彰，照例先是由祖大寿等上报斩首之数，然后孙承宗高坐大堂，命人将所斩首级一一呈上(现在看来非常残忍，在当时却是平常之事)由道臣、中军等逐个仔细查验，然后照实发放赏金花红。
按照规定，斩一级赏银五十两，可是限于当时财力，往往不能如数发给，一般给现银十两，有时只有二、三两，其余打欠条，等日后再给，或者赏给红布。颁赏之时，鼓乐大作，一派喜庆之气。有一次颁赏之时，一名小校嫌赏银太薄(不给银子，只给红布) ，说他不稀罕这红布。孙承宗大怒说“这是朝廷封赏，尔竟敢恃功嫌薄”祖大寿在一旁，赶紧将这名大胆的小校轰了下去，搞得全场气氛尴尬。
崇祯三年三月初的一天，孙承宗正在衙门和茅元仪、徐敷奏、周文郁三名副将闲坐，午后忽然有兵部差官捧着圣旨而来，从督师衙门中门而进。孙承宗急忙向西跪下行五拜三叩大礼接旨，兵部差官并未打开宣读，而是直接交到孙承宗手中，孙承宗展开看完就揣到怀中，然后又向西磕头拜谢。差官见圣旨已经送到，匆匆告辞而出。
差官走后，孙承宗带有几分神秘的向三位副将说“圣上密旨宣谕，孙某以衰朽之年，何以仰答万一”，三副将听了，虽不知其中奥妙，但本能的被孙阁老圣眷之隆唬得一愣一愣的。
孙承宗接着以感激又带敬佩的口气说道“其中意在言外，相与商榷，犹如家人父子，然无非灭虏至意，必借群策群力，方能仰答圣恩。”说到此处，顿了一顿，神情若有所思，又说“此密旨出自圣衷，诸臣皆不知晓，似此缜密，真豪杰圣主也!”究竟是何密旨，能让满朝文武俱不知晓，单单传给孙承宗呢?答案只有一个，就是密旨的内容和袁崇焕有关，应该是崇祯把他对袁崇焕的态度给孙承宗有所交底，而从孙承宗不把密旨内容向辽将传达来看，这个态度绝不是宽恕。
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