西晋王朝原本极有可能成为秦汉帝国的继承者，成为又一个强盛大一统王朝。但是，由于西晋制度本身和其他许多复杂因素，这个王朝注定是泥塑巨人。“八王之乱”、五胡乱华，将刚建立起的中央王朝的权威完全颠覆，随后晋室旁系琅娜王司马睿崛起。
说到司马睿崛起，很多人肯定知道“王与马共天下”这句话。这句话说的是琅琊王氏强大的社会资源对晋室南渡，以及东晋王朝的建立有着不可替代的作用。司马睿与王导的合作还体现了王与马的先后顺序，王在前，马在后。司马睿得以在江东建立王朝，与王导的支持是分不开的，这样的一种模式，也奠定了东晋一朝的基调，即门阀大族始终凌驾皇权之上，门阀士族的权力往往胜过皇权。
司马懿苦心经营，在世的时候把士族门阀玩得团团转，但是他的后世子孙还是要被士族门阀控制!王导背后的琅琊王氏代表着当时的北方南渡士族，更关键的因素是王导在江南为司马睿游说诸大族，使得当时还寂寂无名的他能够得到江东大族的支持。
除了南渡和江东大族之外，在当时的东晋政治格局中，还有一种不可忽视的政治力量，就是流民集团。当时的流民主要是因为北方战乱和外族入侵而产生的，滞留于江淮之间的流民，逐渐发展成为流民武装，他们固然与北方的异族统治势不两立，与司马睿建立的王朝也并不和谐。
流民武装集团的领袖，也就是流民帅大多处于一种“中间状态”，在南北之间成为缓冲，虽然暂时使得北方军事力量难以南下，但这种军事力量的存在毕竟是司马睿朝廷所不能容忍的。对于流民武装，司马睿朝廷是极为防范的，譬如历史上有名的中流击水的祖逖，司马睿根本容不下他，竟“逆用”之为徐州刺史，让他回到江北;苏峻过江之后，也被遣返至江北驻守。
司马睿排斥流民武装的策略虽然不无道理，但由此亦可见司马睿之缺乏雄才远见。这些流民帅滞留江北既不可能与胡人为伍，则必然会在当地形成一种不稳定的势力，东晋王朝无力将他们整合到自己的统治集团中来，那么后来的变乱就是理所当然的了。
司马睿最初靠的是南渡大族和江东大族，自己本身没有什么实力，后来确实也想摆脱对大族的依赖，故而玩了一些权谋。司马睿肯定不如曾祖父司马懿那么厉害，没有那种手段，最后激起动乱，先是王敦之乱，再是苏峻为祸。司马睿过江时本无多少实力，虽有法统上的依据，但在乱世，这种政治资源是必须依靠强大的实力来支撑的。而王敦之乱和苏峻为祸从事实上使东晋王朝感到必须在大族之外寻找新的力量支持，原先被东晋朝廷排斥的流民武装成为他们所需要倚重的力量。
在众多流民武装中，最后真正崛起的是“北府兵”。北府兵的建制要从淝水之战前开始，当时前秦在北方已经取得统一，因此南下是必然趋势。东晋为此作战备，势必要大大强化已经为朝廷所用的流民武装，将其变为一支强大的拱卫京师的力量。根据《晋书·刘牢之传》记载：
太元初，谢玄北镇广陵，时苻坚方盛，玄多募劲勇，牢之与东海何谦、琅琊诸葛侃、乐安高衡、东平刘轨、西河田洛及晋陵孙无终等以骁勇应选。玄以牢之为参军，领精锐为前锋，百战百胜，号为“北府兵”，敌人畏之。
按照这个说法，北府兵的创立者是谢玄，也是淝水之战的东晋主帅。谢玄出身陈郡谢氏，是与琅琊王氏比肩的南渡大族，由他出任主帅，既有士族身份，又兼顾流民背景。所以，北府兵建立之后，很多流民帅前来投奔，譬如日后猛将刘牢之。
何谓北府呢?很多人都认为北府就是京口，就是今天的镇江。如《资治通鉴》卷一百二晋海西公太和四年胡三省注：“晋都建康，以京口为北府，历阳为西府，姑孰为南州”。又卷一百四晋孝武帝太元二年胡注：“晋人谓京口为北府。谢玄破俱难等，始兼领徐州。号北府兵者，史终言之”。太元二年(377年)王蕴为徐州刺史，镇京口;谢玄为兖州刺史，镇广陵，徐兖二州遂分两镇。注意，这里的徐州、兖州是东晋政府设置的侨郡，也就是为了安置北方流民，而在南方设置的北方地名的州县。
太元四年，谢玄为兖州兼领徐州刺史。所以，是广陵和京口曾称北府，故谢玄在广陵和京口招募徐兖二州劲勇而组织的新军，历史上称为“北府兵”，广陵和京口因此而成为北府兵两大根据地。后来，王恭、刘牢之等北府将领常镇京口，刘裕亦从京口起兵讨灭桓玄，掌握了北府兵权，京口地位之显要日益俱增，以致后人皆称京口为北府。
北府兵之起，对内可稳定政局，对外则能抗击强敌，正是有了这样的部队，依靠长江、淮河的地利优势才能以少胜多击败前秦军队，而淝水之战也使得北府兵的声望达到了鼎盛。但是，淝水之战以后，北府兵发生很大变动。先是在太元十二年( 387年)，谢玄被解除兵权， 以司马恬、 王恭先后代之，北府兵集团军阀化，成为大族斗争的工具。
北府兵集团几经波折，直到原北府兵参军刘裕崛起。 元兴三年( 404年)，原北府军 参军 刘裕率余部在京口起兵反抗已经僭越称帝的桓玄，并将其处死。从此之后，北府兵就成为刘裕集团的武力支柱，也成为他操控东晋朝廷，最后夺取政权的工具。
说来也让人唏嘘，司马懿老谋深算，费尽心思夺取魏国江山，没想到后代流落江东，竟然被流民出身的军人控制着。流民武装为主的北府兵从东晋王朝的捍卫者，变成东晋门阀的军阀武装，再到后来成为摧毁东晋王朝的力量，其背后原因究竟是什么呢?
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