《孤舟》中周知非亲手杀死区昕萍的原因是复杂而多维的，涉及到情感、信仰、战争与牺牲等多个层面。
首先，从情感层面来看，周知非与区昕萍之间有着深厚的感情纽带。他们曾经是彼此的爱人，共同经历过生活的起伏和革命的艰辛。然而，在那个动荡的年代，他们的理想和信仰让他们走上了不同的道路。区昕萍为了自己的信仰和理想，选择了继续战斗，而周知非则被迫成为了行刑者。这种情感上的纠葛和内心的挣扎，使得周知非在面对区昕萍时倍感痛苦和无奈。
其次，从信仰和理想的层面来看，周知非和区昕萍都是坚定的革命者。他们都有着对国家和人民的深厚感情，以及对于革命事业的执着追求。然而，在战争的残酷环境下，他们不得不面对生死抉择和艰难的牺牲。区昕萍选择用自己的生命为同胞争取生还的希望，而周知非则被迫成为了执行枪决的人。这种信仰和理想的冲突，使得他们在战场上成为了对立面。
最后，从战争与牺牲的层面来看，周知非亲手杀死区昕萍也是出于战略考虑和大局观念。在当时的情况下，周知非可能认为只有通过处决区昕萍才能保护更多的人免受牵连和伤害。同时，他也希望通过这种方式来迷惑敌人并传递重要信息。因此，在那个时刻做出这样的决定可能是他认为最好的选择。
总之，《孤舟》中周知非亲手杀死区昕萍的原因是复杂而多维的，涉及到情感、信仰、战争与牺牲等多个层面。这一情节展现了人性的复杂性和历史的残酷性同时也引发了观众对于爱情、信仰和牺牲等主题的思考和讨论。
