邴原十一岁时父亲去世，家中贫穷，又早早成了孤儿。他家隔壁有学堂，邴原经过学堂旁就哭泣。老师问他说：“小孩子悲伤什么?”邴原说：“孤儿容易伤心，穷人容易感怀。那些学习的人，必定都是父兄都有的人，一是羡慕他们没有成为孤儿，二是羡慕他们能够学习，心里悲伤，因此流泪。”老师也为邴原的话哀伤，说：“想读书，可以啊!”邴原回答说：“没有学费。”老师说：“孩子如果有读书的志向，我白教你，不要学费。”于是邴原就入了学。一个冬天的时间，便将《孝经》与《论语》背诵下来。
邴原年轻时与割席断义的管宁齐名，二人都以节操高尚著称于世，州府下令征召他们出任官职，两人都一样不愿为贪图荣华富贵去做官。黄巾起义爆发后，邴原将家属安置在北海城内，自己避进郁洲山中。当时，孔融任北海国相，举邴原为有道(察举制中的特举科目)。邴原认为黄巾军势力兴盛，于是前往辽东郡，与同郡人刘政都富于勇略雄气。
辽东郡太守公孙度畏惧厌恶刘政，想杀死他，将其全家都拘捕了，刘政得以脱身。公孙度通告各县：“敢有窝藏刘政的人，与刘政同罪。”刘政窘迫危急，前去投奔邴原，邴原把他藏了一个多月，当时避居辽东的东莱人太史慈正要返回中原，邴原于是把刘政托付给了太史慈，然后对公孙度说：“将军前些日子要杀刘政，把他当作自己的祸害，现在刘政已经离去，您的祸害难道不是已经除去了吗?”公孙度说：“是这样。”邴原说：“你所以害怕刘政，是因为他有智谋。现在刘政已经脱身，他的智谋将得到使用，为什么还拘押刘政的家属呢?不如赦免了他们，别又结下一仇怨。”公孙度于是放出了刘政家属，邴原又出资把他们送到刘政家里，使他们都得以返回原郡。邴原在辽东郡，一年内前往归附居住的人有几百家，游学的士人，教授学问的声音，络绎不绝。
后来，邴原得以从辽东返回，曹操征召他为司空掾。建安十三年(208年)，曹操的爱子曹冲突然病逝，曹操伤心欲绝。正好邴原的女儿也在这个时候病死，曹操想要求将曹冲与邴原的女儿合葬。邴原推辞说：“合葬，是不符合礼仪的。邴原之所以追随明公，明公之所以接纳邴原，是因为都能遵守规则制度，决不改变的缘故。如果我这次听从了明公的命令，那就会变得平凡庸俗，明公难道认为这事值得做吗?”曹操于是打消了这个念头。建安十五年(210年)，曹操调邴原为丞相征事。东曹掾崔琰曾在自己推让官职的奏记里说：“征事邴原、议郎张范，都秉赋德行纯正美好，志向行为忠正端方，清廉洁净足可以激励凡俗，坚贞自守足以求取事功，正是所谓龙凤的羽翼，国家的重宝。推举任用他们，将使不讲仁德的人远遁。”曹操出征时，经常留下邴原与张范，与曹丕一同居守。曹操对曹丕说：“有什么事情要多向这二人讨教。”于是，曹丕对邴原与张范执子孙礼。曹丕有次宴请宾客，酒酣之时，曹丕出了道难题：“君主和父亲各自都有疾病，救命的药丸只有一颗，是当救君上呢?还是当救父亲呢?”众说纷纭，自然有许多人愿意在太子面前表露忠心，偏偏邴原一言不发。曹丕问邴原这个药丸究竟该给谁?邴原回答道：“父亲!”曹丕也没有责难他。邴原后代替凉茂为五官将长史，他闭门自守，不是公家事务不出门参与。曹操征讨孙权时，邴原随军出发，不幸于途中病逝。
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