在1856年6月份，太平军西征取得了辉煌的胜利，杨秀清也因此被胜利冲昏了头脑，权力越来越恶性的膨胀，急于废除洪自立。在8月份，杨秀清召洪秀全到东王府，逼迫他封自己为“万岁”，使领导人之间的矛盾迅速激化。于是洪秀全召唤韦昌辉、石达开等人速回。在9月1日，韦昌辉带领3000精兵包围了东王府，将杨秀清以及他的所有家人都杀了。在4日，韦昌辉诱杀在天京的东王的部下各级人员以及他们的家属5000人。东王部属起兵反抗，双方展开了血战，历时两个多月，双方一共被杀二、三万人，太平天国中许多中上层干部都死于这场自相残杀的内乱之中。
9月中旬时候，石达开回到天京，对韦昌辉的滥杀无辜感到十分的不满，极力的反对他，并且要求天王严惩韦昌辉。于是韦昌辉有起了杀心，要杀害石达开，石达开逃往了安庆，韦昌辉就将石达开留在天京的家人全部杀死。石达开在安庆召集了4万军队，想要讨伐韦昌辉，同时洪秀全和朝内将士也认清了韦昌辉的真面目，便诛杀韦昌辉。在11月2日，韦昌辉被杀，他的首级被送往安徽石达开营中验收，燕王秦日纲以及陈承瑢不久也被处死，天京事变暂告一段落。
在天京事变后，天平天国内的人心开始涣散，军事形势也出现了逆转，清军逐渐在各种战事中取得胜利，太平天国的控制范围也越来越小，即使后来太平军攻下江浙一带，它的形式也是一直处于下风。在天京事变中，北王韦昌辉去世后，翼王石达开开始执政，而天王洪秀全开始重用其他兄弟来牵制石达开，激发石达开在1857年时带领军队出走，更加令太平天国雪山加霜。
除此之外，太平天国初期的政制，在天京事变以及翼王出走后已经名存实亡。后期的太平天国，天王虽然掌握实权，但是当时的政府已经较为混乱，这加速了太平天国的灭亡。
在天京事变中，东王杨秀清、北王韦昌辉先后被杀，翼王石达开也出走败亡。天京事变严重地削弱了太平天国的领导和军事力量，成为了太平天国由盛转衰的重要转折点。但是天京事变并没有损伤太平天国的实力，这主要表现在军事力量上。而精神和思想方面的损失才是最严重的。
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