早年经历
弘治七年(1494年)农历九月初一日(9月29日)，朱纨生于狱中，从小生活贫苦。正德十六年(1521)进士。历官景州知州、开州知州。嘉靖初年迁移为南京刑部员外郎。历四川兵备副使，屡迁至广东左布政使。嘉靖二十五年(1546年)擢右副都御史，巡抚南赣。
防卫东南
嘉靖二十六年(1547年)改提督浙、闽海防军务，巡抚浙江，防御倭寇。明朝初年明太祖曾经定制，片板不许入海。当时，倭寇大肆侵扰东南沿海。浙闽海防废坏不堪，战船、哨船十存一二。海盗商人、浙闽豪门势家多与倭寇勾结，假济渡为名，造双桅大船，运载违禁货物。将吏不敢诘。朱纨为官清正，强力敢认，是个难得的贤臣。初到闽浙，朱纨很快发现，所谓的“倭寇”其实并非明朝初年那样的日本海盗。除了极少数被中国人雇来武装押运的日本浪人外，绝大多数都是闽浙沿海靠海外贸易求生的中国人。由于闽浙沿海的人地矛盾十分突出，而宋元以来数百年的海上贸易已经成为东南沿海居民最重要的求生之路。即使在严禁海外贸易的明朝，这种生活方式也没有改变。只要海禁稍有松懈，走私贸易就会蓬勃发展，以至于闽浙沿海几乎家家户户都涉足走私贸易，从而直接或间接的与“倭寇”有关。于是乎，朱纨上任之后，便在沿海厉行保甲连坐制度，并大力整顿海防。闽浙沿海的海禁顿时严厉起来。
大败倭寇
嘉靖二十七年(1548年)四月，他指派都司卢镗率明兵由海门进兵，攻克倭寇巢穴双屿港，活捉日本人稽天和中国海盗许栋等，并筑塞双屿，堵击倭寇。又将捕获之通倭罪犯统统处死。朱纨的行动触犯了闽浙地主豪绅的利益，又因在日本贡使周良的处置问题上，与主客司、福建籍的林懋和发生矛盾，招致闽人官僚仇恨。七月，吏部采御史、闽人周亮及给事中叶镗言，奏改纨为巡视，以弱其权。纨愤而于次年春上疏争之，并陈明国是、正宪体、定纪纲、扼要害、除祸本、重断决六事。嘉靖二十八年(1549年)三月，俘获海盗李光头等九十六人，亦尽诛之。在朱纨严格海禁之下，当地沿海逐渐产生不满情绪，并且越发严重，据《明史》记载：“闽人资衣食于海，骤失重利，虽士大夫家亦不便也，欲沮坏之。”最终导致御史陈九德却劾朱纨擅杀走私犯人九十六名。朝廷遂革纨职，朱纨愤而自杀，朝野为之叹息。但自此明廷罢巡视大臣不设，中外不敢言海禁事，海防废弛，倭寇更加猖獗，荼毒东南沿海十余年。朱纨有后人所辑《甓余杂集》十二卷传世。
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