孟氏出身世家，是曾任宋朝眉州防御使、马军都虞候、赠太尉孟元的孙女，容貌出众。宋哲宗幼年即帝位，后来逐渐长大，祖母太皇太后高氏替哲宗选了世家之女百余人入宫，孟氏是其中之一，当年孟氏才16岁。元佑七年(1092年)，太皇太后高氏谕宰执:“孟氏子能执妇礼，宜正位中宫。”遂将孟氏封后。
但好景不常，哲宗宠爱的是婕妤刘氏。绍圣三年(1096年)，孟氏所生之女福庆公主重病，药石罔效，孟氏之姐持道家治病符水入宫医治。由于符水之事向为宫中禁忌，孟氏大惊失色，命将符水藏之，等到哲宗到时，再一一说明原委，本来哲宗也认为是人之常情，并不怪罪。不料于公主病逝后，孟氏养母燕夫人等人为孟氏及公主祈福，此事正落人口实，哲宗听说后也开始怀疑起来，命人调查此案。皇城司遂逮捕了皇后左右侍女及宦官数十人，并将这些人刑求逼供，史载“搒掠备至，肢体毁折，至有断舌者”，在酷刑之下，孟氏的罪名被罗织出来，其后位于是被废，出居瑶华宫，号“华阳教主”、“玉清妙静仙师”，法名“冲真”。
由于当时北宋新旧党争正烈，孟氏是支持旧党的太皇太后高氏与向太后所立，太皇太后高氏去世后不久，哲宗亲政，欲极力摆脱这位祖母的阴影，改而支持新党，提拔新党的章惇做宰相，章惇也支持哲宗宠爱的刘婕妤，有废孟氏后位之图，遂酿成了这件冤狱。
2复位与第二次被废
元符三年(1100年)，哲宗病逝，端王赵佶继位，是为徽宗。旧党在向太后的支持下重新抬头，孟氏时来运转，遂被复位，因其封后于元佑年间，故被称为元佑皇后。
不料，次年(1101年)向太后病逝，其后于崇宁元年(1102年)又发生元佑党人事件，徽宗重新任用新党蔡京等人，贬谪旧党(元佑党人)，孟氏再受牵连，二度被废，重回瑶华宫，加赐“希微元通知和妙静仙师”之号，就这样过了20多年。
3靖康之祸与再复位
钦宗靖康初年，孟氏先因瑶华宫失火，移居延宁宫，后延宁宫又失火，出宫居住相国寺前之私宅。
靖康二年(1127年)，金人攻陷汴京(今中国河南省开封市)，徽、钦二帝被掳，史称“靖康之祸”。当时六宫有位号者都随徽、钦二帝北迁，只有孟氏因被废而幸运地留下。由于宋皇室唯一的漏网之鱼-康王赵构远在济州(今中国山东省巨野县)，于是被金人立为楚帝的张邦昌接受吕好问建议，迎接孟氏入居延福宫，上尊号为“宋太后”，接受百官朝拜，但有人以这是张邦昌依宋太祖赵匡胤篡后周以后，尊后周的符太后为周太后，并迎入西宫居住的往例，认为张邦昌仍有代宋自立的野心。后来大臣胡舜陟、马伸又上书，政事应取得太后之命令才能决定，张邦昌不得已，乃恢复孟氏元佑皇后的尊号，并请其垂帘听政。
稍后，赵构于南京应天府(今中国河南省商丘市)即帝位，是为高宗，元佑皇后撤帘不再听政，并被尊为。不久，因“元”字犯其祖父孟元的名讳，再改为。
4南渡以后
由于汴京已不可守，孟氏遂随高宗南渡至杭州。建炎三年(1129年)苗刘兵变，高宗被迫退位，由年仅3岁的皇太子赵旉继位，因乱军所逼，孟氏再度垂帘听政。孟氏曲加慰抚苗傅等人，并召韩世忠之妻梁红玉，勉令韩世忠速来勤王。后来，乱事平定，再度撤帘。
当初汴京城破，宋皇室几乎全数被俘北迁，孟氏与高宗是极少数幸免者，在绍兴十二年(1142年)高宗生母韦太后自金国放归以前，孟氏一直是当时宋室母仪之代表。高宗南渡不久，金人复南侵，于是高宗乘船入海，孟氏则是向江西逃亡，金人一再追击，孟氏随行兵众溃散，甚至到了要以农人抬轿的窘境。高宗知道孟氏处境后即谓“朕初不识太后，自迎至南京(应天府)，爱朕不啻己出。今在数千里外，兵马惊扰，当亟奉迎，以惬朕朝夕慕念之意。”因此派人迎至高宗行宫所在。
孟氏性情恭谨，没有什么不好的事见闻于朝廷。又喜欢饮酒，高宗认为越酒不好喝，命人另外再买甜酒，孟氏就差人去付帐，不曾强取而不付酒钱。在宫中曾觉头晕目眩，有宫人自称会用符水治病，孟氏想起了年轻时的遭遇，马上命令将这个宫人赶出宫外。
绍兴元年(1131年)孟氏去世，谥，葬会稽县上皇村。绍兴三年(1133年)改谥。
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