卫所制是明代基本的军事制度，由明太祖朱元璋创立。那么，卫所制是如何运行的?
明代的卫所制，与前朝元有着密切的关系。元代军队的编制，就是以十户、百户、千户和万户为单位组成金字塔形状的结构，侍卫亲兵称之为“卫”。朱元璋在起义的过程中，为有效地组织和管理军队，设立卫所制。在朱元璋登基后，又对卫所制进行了进一步的完善和补充。
卫所是一种军事制度，有着严密和准确的运行规范。处于卫所制金字塔底部的是小旗，由10人组成，总旗由50人组成。112人构成了百户所，长官是百户。10个百户所组成千户所，即1120名军人，上司则是千户。5个千户所组成了一卫，即5600名士兵，长官是卫指挥使。卫上面是省级军事机构都指挥使司，长官为都指挥使。全国最高的军事机构则是大都督府，分为左、右、前、后、中5军都督府，分管全国所有的卫所。全国军人的总数，在明朝则是秘密，就连兵部的最高长官兵部尚书也不知道。据史书记载，明太祖朱元璋时期大概有180万，明成祖朱棣时期则有280多万。现代中国海陆空三军人数约有200万，对比之下，明朝军队数量还是比较庞大的。
卫所制也借鉴了唐朝府兵制，唐朝的府兵制有独立的军籍和寓兵于农的特点，同样，卫所也采用了这两点。一是卫所的军户世袭。在明初，军户由参加农民起义的士兵、投降的元军和被判充军的犯人等组成。军队有自己的单独军籍系统，与普通民众严格区分开来。且军户世袭，即成为军户之后，那么后代也将继承这一身份。二是卫所的经济来源主要是军屯，寓兵于农。朱元璋供养军队的思路是不费百姓的钱，而是由军队自给自足。因此他下令，卫所的军队中的70%用于屯田，而30%用来守城。当然，这只是原则，分配为屯田和守城的士兵比例在不同的地区有不同的表现。军屯，有利于荒地的开垦，使得明初经济自战乱中复苏;在边疆的屯田，还兼有行政管理的功能，因为边疆通常不设置州县，直接由卫所行使行政管理的职能，因此有助于加强对边疆的统治和管理。
卫所制也有缺点，军户世袭使得卫所制比较封闭，特别是被判充军的人，后代也要戍边，于是就出现了大量的军士逃亡;又由于军中腐败严重，士兵苦于官吏的压榨和勒索，逃亡现象也颇为严重。到了明中期，就需要募兵制作为补充。
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