美第奇家族，一个长时间于佛罗伦萨具有重大影响力的家族，通过对托斯卡纳的扩张，他们能于16世纪将佛罗伦斯由佛罗伦斯共和国改造成一个世袭的公爵领地。该世纪的大部分时间他们都成功地统治佛罗伦斯及托斯卡纳，通过获得锡耶纳以大量扩充版图。
托斯卡纳大公国最初由意大利著名的美第奇家族所统治。当时美第奇的科西莫一世经过多番战斗，把托斯卡纳周边的敌人消除后，于1569年建立此一大公国，并自封为托斯卡纳大公。
直至1737年，当时的统治者吉安·加斯托内·德·美第奇去世，而此君亦无任何子嗣，令美第奇家族在托斯卡纳的统治告终。适逢当时波兰王位继承战争结束，法国、西班牙及萨伏依联军在战争中取得胜利，参战国协定洛林公爵弗朗茨·史蒂芬把洛林公国让予当初被废黜的波兰国王莱什琴斯基。为了弥补他的损失，当时出现统治空位的托斯卡纳大公国便成为其补偿。托斯卡纳大公国遂在1745年始由哈布斯堡-洛林皇室的弗朗茨统治，称弗托斯卡纳大公国国旗朗切斯科一世(Francesco I)。自此哈布斯堡掌握了此地的统治权。当弗朗切斯科一世在1765年去世后，其子利奥波多一世继位，直至1790年。在利奥波多一世统治期间，托斯卡纳大公国成为第一个废除死刑的主权国家。
废除
1790年，利奥波多一世之子费迪南多三世继任为托斯卡纳大公。直至1800年，拿破仑崛起，征服帕尔马公国。为了补偿帕尔马公爵，拿破仑于是在翌年与费迪南多三世签署阿兰胡埃斯条约(Treaty of Aranjuez)。此条约要求费尔南多三世放弃托斯卡纳大公国，转任萨尔茨堡选帝侯。而在原有的土地上，建立新的伊特鲁里亚王国，由来自波旁家族分支的帕尔马公爵卢多维科一世出任统治者。托斯卡纳在1801年3月21日遭到废除。
再次建立
1807年，伊特鲁里亚王国被拿破仑解散，原有领土被并入法国的行政区划内，随后的七年一直为法国直接控制。1814年，拿破仑于莱比锡战役被击败，费迪南多三世再次复位。其后在1824年，费迪南多三世的子嗣利奥波多二世取代其位置，并维持统治至1859年。在此期间，发生了牵涉整个欧洲的1848年革命，托斯卡纳亦受影响。1849年2月9日，托斯卡纳的共和派人物建立短暂的共和统治，但不久即为奥地利军队所镇压。利奥波多再次继续其统治。
消亡
1859年6月24日，法、萨两国联合向奥地利帝国宣战，即第二次意大利独立战争。其后法国单方面向奥地利媾和，签署停战协定，随后更在苏黎世的三国会议中，提出反对使用武力的条款。此举令奥地利不能再轻易动用军队。亦因如此，具哈布斯堡家族血统的利奥波多二世，失去了奥地利的保护，令群众趁机反对其统治。同年7月，利奥波多逃亡至维也纳，让位予其子费迪南多四世。不过当此君继承爵位时，托斯卡纳已经落入萨丁尼亚的管理下，而他亦在同年8月16日被托斯卡纳实际上的政府所废黜。1859年12月，托斯卡纳大公国与摩德纳公国及帕尔马公国组成中意大利联合省，随后更在1860年3月被萨丁尼亚征服。自此托斯卡纳大公国即告消亡。
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