在大化改新过程中，革新派与守旧势力进行了长期的尖锐复杂的斗争。
公元645年9月，古人大兄皇子谋反。古人大兄是舒明天皇和苏我马子的女儿法提郎援所生的皇子，与苏我氏有很深的关系，虾夷、入鹿父子曾极力拥立他为天皇。入座被杀后，他以“勤修佛道，奉佑天皇”为名，出家到吉野，勾结苏我田口臣川掘、物部朴井连椎于、吉备笠臣垂、倭汉文直麻吕、朴市秦造田来津策划叛乱。据井上光贞考证，“苏我田口臣川掘是推古朝时住在大和国高市郡田口村的苏我氏一族(《新撰姓氏录》)，物部朴井连椎于是朴井地区的物部氏一族，倭汉文直麻吕是和苏我氏有密切关系的东汉氏的一族。”可见这些人都是反革新的守旧势力的代表。由于吉备笠臣垂的自首，古人大兄皇子的阴谋暴露，中大兄立即派兵镇压。古人死。
大化5年(649)，苏我日向诬告其异母兄右大臣苏我石川麻吕要谋害中大兄皇子，中大兄迫使石川麻吕自尽。石川麻吕是与入鹿有矛盾，被革新派争取过来的，但思想仍然守旧。大化4年(648)废止古冠时他和左大臣坚持戴古冠，以抵制新的官僚体制。中大兄胎日向告发的机会除掉了推行改革事业的障碍。
白维4年(653)，中大兄奏请孝德天皇迁都飞鸟，以便控制守旧势力。天皇不许，中大兄不顾天皇的反对，率领皇族和群臣回到飞鸟。孝德天皇陷于孤立，第二年饮恨死去。
孝德天皇死后，中大兄之母前皇极天皇重登位，称齐明天皇(公元655年—公元661年在位)。她大兴土木，修建宫殿楼阁，给人民带来沉重的徭役负担，引起民怨。
公元658年，孝德天皇之子有间皇子阴谋叛乱。当年11月，齐明天皇和中大兄皇子去纪伊的牟娄温泉疗养，首都留守官守旧势力的代表人物苏我赤兄举出天皇的失政三条，即：大修仓库，积聚民财;穿凿水渠，耗费公粮;以舟运石，累积为丘。并以此为由鼓动有间皇子叛乱。有间皇子准备举兵，但苏我赤兄见事难成功，于是转而派人逮捕有间皇子，同时使人报告中大兄。中大兄将有间皇子绞死在藤白坂(今和歌山县海南市)。
壬申之乱
近江朝廷严密监视在吉野的大海人皇子，并积极备战。大海人闻讯后决定举兵。弘文天皇元年(公元672年)，大海人离开吉野，经伊贺、伊势，来到美浓，以此为根据地，发动东国军队。东国与皇室有密切的关系，自6世纪以来朝廷关注东国;在那里设置了不少屯仓，舍人的大部分都是由东国征调来的。大化革新时首先在东国造户籍，校田亩，实行改革。因此，那里封建官僚贵族的力量比较强大，而守旧势力却比较薄弱。大海人举兵之后，东国的国司、郡司纷纷加入大海人的队伍。大海人抢先占领了不破道和铃鹿道，截断了近江朝廷与东国的联系。公元672年7月初，大海人的两路大军分别向近江、大和迸发。同年7月22日，一路军队平定大和，另一路军队在獭田川战役中取得决定性胜利，第二天大友皇子自组而死。历时1个多月，遍及大和、山城以至伊贺、伊势、美浓、近江等国的内战，以大海人皇子的胜利告终。这次内战发生在壬申年，所以被称为“壬申之乱”。
大海人迅速取得胜利的主要原因是得到东国新兴中小封建官僚贵族国司、郡司的积极响应。大海人离开吉野时，手下只有舍人、女官30多名，但由于得到东国中小封建贵族的大力支持，很快占领了军事要地，组成了数万大军，打败了近江朝廷。以大友皇子为首的近江朝廷则失去了地方中小贵族的支持，朝廷四处派遣调兵的使者，但均没有成功。听到大海人举兵的消息，“群臣悉鄂，京内震动”，朝廷内部一片混乱，有的想投奔东国，有的逃隐山泽。
“壬申之乱”是大海人皇子和大友皇子的皇位之争，但实质是革新派与守旧势力之间的一场殊死搏斗。
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