继任家督
关于为信幼年的史料多不记载。多数以永禄十年(1567)三月开始有载，为信因才能被南部家臣大浦为则招为女婿，从而迁入大浦城;同年末，为则病死，由于无嗣，故由为信继承为第四代家督，改姓大浦。
大浦氏原为北陆奥大族南部氏的支族，但早已想称霸津轻自立，却屡屡失败。当时的南部家督为晴政，人称“北陆奥之雄”，晴政对支族大肆剥削，令其他南部分支非常不满，为信利用此机会，开展称霸津轻的计划。
即位之初，为信就迅速展开在情报和外交方面的工作，以期凭借正确的情报和良好的外交形势，构筑自己政策的基本取向。永禄十二年(1569)四月二十一日，为信派遣重臣森冈金吾信元前往出羽国山形，与最上义光通谊，达成了义光向为信传达中央政界动向的约定。最上义光还以出羽庄内的浦人鸭治右卫门、岛与助为使者，向为信提供了长枪三百支、弓二十张、铁炮三十挺，从海路运到了种里附近的鲹泽凑。元龟元年(1570)春，为信一行十六人秘密参拜了越后国的弥彦神社，之后在返回途中，拜访了最上义光，进一步加深友谊。之后又参诣了出羽的羽黑山，这不仅仅是为了祈求“诸敌退散，全胜皆元”，更是为了在当地搜罗可用的修验者。——当时羽黑山是修验者的重要据点，而以修习道行为名义云游各国的修验者是当时重要的情报力量。
南部内乱
为为信扩张势力提供契机的是南部宗家当主南部晴政、九户政实一派与石川高信、南部信直父子的不和。南部信直生于天文十五年(1546)，是石川高信和侧室(一方井安正之女)所生的庶长子。由于晴政一直没有儿子，所以信直在弘治年间娶了晴政的长女，作为婿养子过继到宗家，当时信直大约十二、三岁。这样信直就获得了继承南部宗家的权利。然而由于永禄三年(1560)晴政长子晴继的出生以及晴政长女的早亡，信直与晴政之间的关系逐渐恶化。由此，信直放弃了晴政养子的身份，回到了田子城。然而这并不意味着信直放弃了谋图宗家继承权的念头，在《根城南部系图》中有着值得注意的记载：“传曰永禄中信直公在田子时，与嫡家晴政公不和，信直公依赖政义(根城南部当主八户政荣)解救危难。尤其信直公在川守田馆用铁炮讨伐九户九郎，晴政公大怒，信直公惧，不敢回到田子。于是隐匿在根城，逃脱了危难。”
九户九郎即九户彦九郎实亲，是九户政实之弟、南部晴政的次女婿。信直狙击他的目的，显而易见。这一事件导致了晴政方和信直方矛盾的表面化，南部各分家以宗家和田子家为核心，分化形成了两大阵营。当时宗家方的主要力量有：九户政实、实亲兄弟，南部支流的擳引城主擳引清长、清政兄弟，久慈城主久慈直治(为信之兄信义之子)、政则父子、七户城主七户家国、一户实富、大里城主大里修理亲基、大汤城主大汤四郎左卫门昌次、釜石的小笠原(葛西)重清、金田一的四户中务、净法寺城的净法寺修理等人。其中九户一族拥有二户、根曾利、冬部、姊带等有力支族、家臣，领地在一万九千多石，是晴政方最主要的支持者。信直方则有：信直之父石川高信、晴政五女婿北秀爱之父北信爱、晴政四女婿南盛义之父南庆仪、信直继室之父泉山和泉。处境比较微妙的是八户政荣，其领地在石川高信担任郡代的津轻，约有七、八千石的实力。在血缘上八户氏和九户氏关系较近，但由于地域的关系以及后来其子直荣迎娶了信直的女儿，所以在南部家的内争中，采取了亲信直的政策。南部一族此时的政治分野，一直延续到后来的九户政实之乱。
在这样的背景下，地处津轻西部、信直势力后方而且实力尚弱的大浦为信，其处境是相当微妙的。当然，他可以有两种选择：站在信直方，作为其可靠的后方;或与宗家方遥相呼应，在信直的背后展开对津轻地域的侵蚀。晴政看重为信所处的位置，给予了为信“依次斩取津轻”的指示，要使信直方陷入两线作战的窘境。志在夺取津轻地方的为信，也从宗家获得了攻夺津轻的大义名分，因此他坚决的站在了反信直的立场上。在此背景下，我们也就能理解为信敢于直入信直方的根据地，偷袭石川城的行为，正是因为他可以依靠宗家方在另一侧牵制信直。
具有讽刺意味的是，为信另一可以利用的是南部家一直以来对于津轻地方的残酷压榨。在南朝势力衰败之后，南部家中持南朝方立场的八户氏随之失势，南部家倒向北朝，展开了对以浪冈北畠氏为首的南朝势力的进攻，逐步蚕食津轻地域，之后又将安东氏的势力驱逐出津轻。到了南部守行这一代，在津轻地方建立所谓 “十二人众”的支配体制。南部家对于这一被征服地区的严酷压制，即使由前南部藩士编纂的《南部史要》也毫不否认：“人民的苦情甚重，向三户的愁诉不断，极是骚扰。”“自春雨水连绵不断，凶作，加之疫病流行，病死者甚多。……此时南部宗家的信直，派遣樱庭兵库，命令将津轻的年贡米送往三户。”而为信不愧为善于利用民心的民政家，“将金米贷与穷民，用医药品发放到神社佛阁来救济”，因此津轻的民众十分拥护为信。同时，为信还将被称为“溢れ者”的破落者、无赖编入自己的家臣团。
这时候，最上义光又向为信送来了密书，告知织田信长统一天下的进程，并且提醒为信“上方还未全治，攻击之时已至也”。元龟二年(1571)(一说天正9年(1581))五月四日半夜，为信突然发难，在五日凌晨的时候，突袭石川高信的本城石川城(弘前市大字石川)。高信军猝不及防，被大浦军一举击败，石川高信自杀。是役，大浦军斩获一百八十三级。之后为信又马不停蹄，同日又攻打下了西北面的和德城(弘前市和徳町)，城主小山内赞岐父子自杀。《永禄日记》是这样记载的：“同夜大浦殿五百骑余进军石川大仏ヶ鼻，讨伐了大膳殿，同日又讨伐了和德赞岐，诸人惊入……”当时为信的兵力为：一户又五郎、一户兵库介、擳引助太郎、孙四郎兄弟、福士万右卫门等四百五十人，另外还有忍者小栗山左京和盗贼首领砂子濑勘右卫门为首的野武士八十三人。就这样，大浦为信以寡兵奇袭，深入信直派在津轻地方的根据地，并且一举成功，顺利的迈出了统一津轻的第一步。
同年八月，南部信直为报父仇，以势多石隐岐为先头部队，向大鳄宿川原一带进攻。信直本人则自领二千余人，从另一路进兵。但是由于九户政实向南部信直背后出兵，使信直不得不撤兵，而势多石隐岐所部则遭到为信手下武将乳井大隅、板垣信成、兼平中书的反击，向羽州鹿角撤退。这次交战清楚的说明了，为信与宗家方的联动作战，使得信直方腹背受敌，陷入相当被动的境地。此外，留存到南部晴政书状中的两份：六月二十四日和七月二十一日致八户政荣的，根据推定，是元龟年间的文书。其内容是要求八户政荣出兵，讨伐信直方的浅水城主南庆仪、剑吉城主北信爱。这也证明了宗家方和为信之间存在着相呼应的关系。
然而这种局面并未能持续多久，宗家当主南部晴政于元龟三年(1572)(一说天正10年(1582年))八月四日死亡，其子南部晴继“继其后，袭父名，改称彦三郎”，元龟三年九月 “于三光庵营先君之葬仪，式终，公夜归三户城。突风大作，咫尺莫辨，有凶汉突然跃出途中，弑公。从者等大狼狈，未能捕凶汉而归。公时年十三岁。”由于宗家南部家的两代当主在短短一个月内相继死亡，致使晴政这一支绝嗣，所以南部家不得不召开一族重臣会议，推举新的宗家当主。
从一般情况而言，南部晴政的女婿作为养子，从宗法上来说，是合适的继承人。而前面说过，南部晴政的五个女儿分别嫁给了南部信直、九户彦九郎实亲、东朝政、南盛义、北秀爱。从顺位上来说，自然是分别娶了晴政长女和次女的南部信直和九户实亲为优先。而由于信直之妻早死，也并未产下子嗣，他本人又与晴政关系恶劣，早先就放弃了养子身份，后来又与宗家兵戎相见，所以在会上拥立九户氏的占据了压倒性优势，独有北信爱力主拥立信直。北信爱在席间预先埋伏下全副武装的百余人，依靠着武力的恫吓，压制了九户派，强行推举信直成为南部宗家的第二十六代当主。
虽然在会议上九户派迫于北信爱的铁炮长枪，一时屈服，但是一旦返回本领，就立刻整备军马，与信直方展开了连绵不断的争斗。然而九户派却忽略了一个重要的事实：虽然信直得国不正，但是由于拥有了南部宗家的当主之位，就拥有了相对于九户氏的上位地位，可以将自己的行为正当化，而将九户派置于家中叛逆之辈的地位上的大义名分。正如后面所要看到的那样，这一点在导致九户氏的灭亡上，起到了相当大的作用。
统一津轻
不过，信直继承南部宗家并没有阻断为信攻略津轻地域的步伐。天正二年(1574)八月十三日，为信进攻石川城以北的大光寺城(南津軽郡平贺町大光寺)，遭到了城代泷木播磨守重行的反击，为信在苦战后败退。次年正月元旦，为信乘敌不备，又一次发动了奇袭，攻陷了大光寺城。泷木播磨守重行之弟刑部左卫门投降，泷木一党的其他人向南部撤退。攻克大光寺城后，津轻南部大致落入为信的手中。为信将下一步攻击的目标定为津轻中部。这一带是重要的粮食产区，当时在浪冈北畠氏的控制下。
浪冈北畠氏是北畠显家一流，在南朝势力衰退之后，从岩手县的船越迁移到津轻，获得了亲南朝的安东氏的庇护。嘉吉三年(1443)安东氏的势力被南部氏驱逐出津轻地方，南部氏将旧安东氏领交给了北畠氏，希望能够利用北田氏权威，统御旧安东氏领中的大量南朝方豪族，形成对津轻地方的间接统治。浪冈北畠在六代当主北畠具永时达到极盛，具永派次男具信继承了已经断绝的川原御所当主，控制了浪冈御所西南方面的水木乡等地。具永本人于弘治元年(1555)五月二十四日死去，其长子具统早死，其长孙式部少辅具运继承了家业。永禄元年(1558)，为了强化浪冈御所西面的守备，具运将其弟显范分封到馆野越，馆野越与川原御所领有的水木乡一带相邻。显范和具信在领地边境的划分上产生矛盾，具运做出了袒护显范的仲裁，这当然引起了川原御所方面的不满。永禄五年(1562)四月五日、北畠具信和其子显重，借着拜访具运的机会，突然在浪冈城中发难，杀死了具运。《永禄日记》记载了这一事件：“四月五日，川原之御所亲子攻入大御所，城中大骚动，终杀御所样。”具运被杀后，北田具信、显重父子返回川原御所的领地水木乡水木城。当时不在浪冈城而幸免于难的具运之弟显范组织起浪冈方的武士，攻打水木城，具信、显重父子战死，川原御所就此灭亡。这一事件被称为“川原御所之变”。之后，显范拥立了具运五岁的幼子北畠显村，自己担任了显村的后见，和其子北畠显忠掌握了实权，“御所样御子息三郎样时五岁，由北田左近养育，成长之后改名为三郎兵卫尉。”(《永禄日记》)川原御所之变引起了北畠家臣团的分化，导致浪冈北畠氏的衰弱，《永禄日记》称：“其节浪冈谱代之侍亦多落为浪人。”又如，显重之子成年后就出仕了大浦为信。
元龟、天正年间，大浦为信的势力急速扩张，这当然引起了浪冈御所方的警惕，然而北畠家内部却在是和是战上争议不休，迟迟举棋不定。为信则早做准备，派出家臣出仕北田家，潜入浪冈城内，以为内应。此外还派遣大量收编的“溢れ者”进入浪冈领内，煽动对浪冈御所的一揆。为信还寝返了浪冈御所的重臣—— 银馆主吉町弥右卫门，达成了里应外合的密约。
在一切准备齐全之后，天正六年(1578)七月二十日，大浦军开始进攻浪冈氏。为信将部队一分为三，为信率领的本队从十川口，盟友千德政氏等从本乡口，为信的重臣森冈金吾信元、兼平中书等从赤茶口，一起攻入浪冈领内。而负责守备浪冈御所的田舍郡和为信的鼻和郡相邻边界的银馆主吉町弥右卫门，按约定倒戈，为大浦军打开了浪冈的门户。而早前潜伏在浪冈城内的大浦家臣在城内放火，使浪冈城内一片混乱。而当日，北田家中以豪勇闻名的北田显则和浪冈四天王之一重臣奥寺万助等人前往外滨地方的油川城巡视，不在城内。城中本来就守备空虚，听闻为信来攻，城内浪冈方的士兵又大多逃散。因此大浦军几乎未遇抵抗就占领了浪冈城。大御所北田显村被擒，被关押在西根的寺院中。翌日显村自杀，留下了这样的辞世句：
“在梦中见到了故乡，我的生命啊，比路边野草上的露水更短暂。”
在北田家的菩提寺京德寺的《过去帐》中，有这样的记载：“二十日天正七卯己年七月卒直指院殿无外道珍大居士北田三郎兵卫源显村。”京德寺的记载看来有误，将北田显村的卒年误记晚了一年。
闻知浪冈城落城，作为显村后见役的显则、显忠等北田氏重臣起先筹划集结残余，夺回浪冈城，然而由于可以集结到的兵力太少，因此放弃了这个念头，转而投靠南部信直和北田显村的岳父桧山安东氏当主爱季。为了给自己的女婿报仇，安东爱季当年就出兵攻打为信。这可以得到一份当年安东爱季致蛎崎季广的书状的证明。天正七年一月十七日，安东爱季又一次发动了对大浦氏的进攻，其间蛎崎季广向津轻口派出了援兵。然而这两次军事行动都没有获得什么成果。当年七月，安东爱季又一次以比山六郎、七郎兄弟为大将，进攻大浦为信。这次行动还得到了早先被赶出大光寺城的泷木播磨重行和北田左近显则等大浦敌对势力的参加，安东联军的总兵力为一千余人。
联军以熟悉地形的北田左近显则为先方军师，从藏馆(南津轻郡大鳄町)方面进攻平贺郡。战役的开始阶段，联军首先进攻了乳井茶臼馆(青森县弘前市乳井)，大浦方守将出町丰前弃馆而逃，联军顺利的占据了此地，之后又夺取了以北一公里处的乳井城(弘前市药师堂)。但是联军在进攻更北面的冲馆城(南津轻郡平贺町)时，遭到大浦军的反击而失利。联军向乳井茶臼馆退却，并在此处笼城休整。此时津轻各地的大浦军开始集结，向乳井城方向进发。最终，双方在平川的支流六羽川沿岸展开决战。在混战之中，联军一度突入大浦军的本队，并且斩杀了为信的影武者田中太郎五郎。然而在大浦军展开的反击下，大将比山六郎被讨取，一度占据优势的联军因此全面崩溃，联军诸将放弃了乳井茶臼馆，各自逃向南部领和安东领。经过这场六羽川合战，安东家和浪冈残党武力夺回浪冈的希望破灭，显忠的儿子显则、庆好分别投靠了南部家和安东家，并成为两家的家臣。
由于在陆奥湾沿岸的外滨地区仍然为浪冈北田氏的遗臣和南部信直方的武将所占据，在占领了浪冈一带之后，为信开始向此处进军。天正十三年(1585)三月二十七日，为信展开了对油川城(青森市油川)的攻击，由于外滨地区的地侍大部分被为信寝反，加之大浦军在城外放火，守城方人心浮动，城主奥入濑善九郎未经抵抗就弃城，带着家族钱财，乘船逃向陆奥湾的另一侧下北半岛的田名部。横内城主(青森市横内)堤弾正得知油川城落城后，弃城而逃，却被为信家中的福士弥三郎、小三郎兄弟捕获，在高阵场(青森市高田)被斩首。
同年四月，南部信直展开反击，攻击的对象是浅石濑城主(黑石市高贺野)千德大和守。千德大和守本来是信直派的武将，但是后来与为信达成了平分津轻之地的协议，转而倒戈。信直因此大怒，以名久井日向为大将，率领三千人进攻。然而由于千德大和守的奋战和为信的援军赶到，南部军大败。
同年五月十二日，为信攻打始终不肯归降的田舍馆城主(南津轻郡田舍馆村)千徳扫部政武，经过一番激战，田舍馆城落城、守城方自城主千徳政武以下，共三百三十多人战死或自杀。
天正十六年(1588)，为信消灭了津轻地区最后的抵抗者——饭诘高盾城主(五所川原市饭诘)朝日左卫门尉。此人是浪冈北畠氏的属将，在北畠氏灭亡之后，依然继续抵抗。在大浦军的猛攻之下，最终城陷自杀。至此，经过十六年的努力，大浦为信终于统一了整个津轻地区。
亲近秀吉
虽然统一了津轻地区，但是为信却面临着更大的危机。此时，秀吉在统一日本的进程上越走越快，虽然是地处本州最北端的南部信直也认识到了这一大势。负责向南部氏传递中央情势的京都鹰匠田中清藏“将诸侯陆续上洛领受丰臣秀吉的朱印告知，劝公上洛”。但是信直却苦于和为信和九户方的两线作战，根本无法亲自上洛，于是将这个重任交给了北信爱。天正十五年二月十日，北信爱作为使者，拜访前田利家，献上鹰三十一只，以求通过前田利家获得秀吉政权的朱印状，保证自己的大名地位。之后，南部信直保持着与利家的良好关系，天正十七年八月二十日的南部信直致前田利家的书状中，报告了凑安东和桧山安东间的内战，违反了秀吉的“关东_奥总无事令”，请求秀吉政权予以镇压。在摆出忠于秀吉的姿态后，信直又提及了为信，请求在秀吉出阵秋田之际，“将这反逆之族予以成败”，“则信直早先以来的郁愤可以消散”。但是秀吉政权对于地处偏僻的南部家中的内乱并没有干涉的兴趣，何况在消灭北条氏之前，秀吉也无法对东北地区施加有效的控制。虽然如此，这也传递出危险的信号：信直在自身无力消灭为信和九户一派的情况下，开始寻求借助中央政权的力量，扫除这两个对手。
通过最上义光，为信也掌握着中央政局的不断变化，认识到臣服秀吉的必要性。据说早在天正十三年(1586)八月，为信就准备率领二千五百人从鲹泽凑海路上洛，但是由于海况恶劣，九月份才从深浦出发，途中又在出羽牡鹿海面上遭遇风暴，漂流到了松前福山，只得做罢。十四年九月，为信开始攻略津轻以南的安东氏领地比内，企图打通到最上领的交通线，从陆路上洛，但是遭到了当地豪族浅利修理亮实义的抵抗而未果。十五年六月，又率两千余人进军平内小凑口，企图从南部领中打开路线，但是依旧失败。十六年，又取道秋田口，结果仍然为秋田实季所阻，不得不在阿仁附近止步。由于无法控制交通线，为信屡次上洛的努力都告失败，这使得为信认识到大规模上洛是不可行的。因此，十七年，为信以最上义光为中介，派遣家臣八木桥备中上洛，通过结交石田三成，向秀吉进献鹰和名马筑紫鹿毛，并且告知屡次上洛未果的无可奈何，以求获得秀吉的认可。
在秀吉的认识中，为信是南部一族的。而增田右卫门尉、木村弥一右卫门尉则是增田长盛和木村吉清。增田长盛和木村吉清都是秀吉政权中，负责传奏事宜的。尤其是木村吉清，从天正十七年十一月开始，就作为未来秀吉政权在奥羽一带的代理人，到了天正十八年八月，最终被封在葛西、大崎的旧领。因此，秀吉要求为信以后通过木村和增田与自己联络。
天正十八年，秀吉对为信的态度明显亲近，对于为信“远路切切恳志”表示了赞许。已经察觉到关东、奥羽情势不稳的秀吉，要求为信对其国境加强警备，这实际上就是要求为信作为秀吉政权的领主发挥作用。尤其是，对为信的称呼从“南部右京亮”改为了“津轻左京亮”，这是一个值得注意的信号。秀吉态度的变化，可以肯定是出于石田三成的努力。
为信对秀吉的初步工作获得了一定成果，但是仍然没有获得最为重要的领地安堵朱印状，并不能认为为信的地位已经稳固。小田原征伐和随后的奥州仕置，是秀吉按照自己的构想，对于关东奥羽地区政治力量的大洗牌。对于没有赶来参阵的关东奥羽大名一律给予改易的严厉处分，正是秀吉建立关东奥羽支配体系的基本步骤。将凡是无视秀吉政权权威者全部排除在统治阶层之外，通过这个具有强悍震慑力的手段，可以一举使关东奥羽这个未曾领略到信长、秀吉武威的地区的大小势力感到来自中央的强大权威。
津轻为信和南部信直都认识到了参阵小田原的重要性。“天正十八年二月，秀吉公攻打小田原北条之事，自最上义光传来。欲直往驰参，由于与邻国的关系，无法以大势上洛。于是以军师沼田面松斋、金出云信就为首之一骑当千之武将十八人相伴，二月出发，三月二日到着京都，三月二十七日于沼津拜谒秀吉公。蒙恳恳之上意，获津轻安堵，归国。”为信终于获得了秀吉的朱印状，确保了在秀吉政权中的地位。而南部信直也从前田利家处获悉了必须前往小田原的信息，虽然苦于九户方的攻击，信直仍然决定前往，在将领国托付给八户政荣之后，和八户政荣之子直荣一起参阵。信直顺利的获得了朱印状，然而八户氏就比较倒霉，由于八户政荣未至，仅以直荣作为代理者，因而没有获得秀吉的朱印状，最终成为了盛冈南部家的家臣。
天正十八年(1590)七月到九月，消灭了北条氏的秀吉，发表了一系列改易、转封的命令，完成了对关东奥州政治格局的重新划分，并且要求各大名将妻子子女送往京都。之后，秀吉将关东奥羽的事务托付给丰臣秀次，命令石田三成和浅野长政负责奥州总检地，大谷吉继负责羽州总检地，自己凯旋回京都。天正十八年九月，前田利家、前田庆次郎、片桐且元、小野木缝殿助来到津轻，十一月，检地完成。津轻检地的勘定数量为四万五千石。
九户之乱
在完成奥州检地之后，秀吉认为奥州形势已定，但是没有想到其中却隐伏着乱因。秀吉要求一并废除家臣所领有的城池，并且家臣必须将妻子子女送往三户城集中居住，等同于人质，对于违抗者，可以“加以成败”。这对于与信直对抗了多年的九户一党来说，无疑等同于彻底投降，这是他们所无法接受的。九户一党对此不予理睬，依旧据守城池。天正十九年的正月元旦，信直在三户举办新年仪式，要求九户政实等前往，九户方不予理睬。一月十七日，南部信直以此为口实，率军包围了九户城。九户城三面临河，建于数十丈的山崖上，南部军根本无法撼动，不得已，只得撤兵。“九户政实之乱”就此发端。
由于秀吉的严厉处分，奥州一带有大量的武士失去了主家，领地被剥夺，这些人普遍对于秀吉怀有不满。以九户政实之乱为契机，浪人们的能量一下子爆发出来。葛西、大崎、和贺、稗贯的旧臣，立刻前往投奔九户党。一时间，九户军四处攻击信直方的城池，在和贺、稗贯留下守备的浅野军也遭到猛攻，几乎尽墨。稗贯郡鸟崎城的守将浅野重吉幸而被信直军救出，送往三户城保护。一时间，九户方的势力，远远凌驾于南部信直之上。四月十三日，信直派出嫡子利直、浅野重吉、北信爱等，通过前田利家，向秀吉请援。
秀吉认识到必须对这种无视自己命令的行为痛加惩创，否则难以保持整个奥州的统治，因此立刻组织讨伐大军：以丰臣秀次为总大将，德川家康为后见，伊达政宗、蒲生氏乡为先锋，从二本松口进军。并且命令关东、北陆、奥羽地方的大名出兵，以浅野长政为奥州方面的军监，以大谷吉继为北陆方面的军监，石田三成为关东方面的军监，分别从最上口、相马口进入南部。
在这个时段，津轻为信意外地保持着沉默。参加九户政实一方的一户又五郎、一户兵库介、擳引助太郎、孙四郎兄弟、福士万右卫门等人都是最早跟随自己起兵的旧部，自己的本家久慈南部氏也参加其中。从自己和九户方一贯的联盟政策和对南部信直的对立立场来说，他理应出兵援助九户政实。另一方面，为信却又清楚的明白对抗秀吉的下场，苦于两难的处境，一时他无法做出选择，只能暂时按兵不动，观望形势。然而秀吉在六月二十日发出书状，催促为信出兵，“对南部家中怀有逆意的一族，加以成败”。为信无法再观望下去，最终做出了加入讨伐九户政实的行列中。八月，为信率领二千三百人，从平内口出兵，在小凑上船，从海路进兵，在南部五户郡名久井与讨伐军汇合。之后与九户军数次交战，交战中“葛西弥兵卫、上新冈七郎、神助五郎为首，有名的臣下数十名战死”。
随着讨伐军的陆续到达，一度对九户方有利的形势迅速逆转，九户军最终被围困在福冈城中，这时候城中的九户一党尚有五千多人，而围成的讨伐军则达到了六万五千人。讨伐军展开数次攻击，都在付出了累累死伤后无功而返。九月二日，讨伐军以北信爱为先锋，发动总攻，双方展开激战。当日九户方死伤一千七百多人，讨伐军也付出了九百人的代价，然而福冈城依然不动。由于正面攻击的伤亡太大，而且冬季将至，维持几万大军的衣食补给殊非易事，讨伐军决定改变策略，浅野长政、井伊直政、堀尾吉晴、蒲生氏乡等连署了一封劝降书，在劝降书中写道：“望政实早早降参，在京都将对天下并无逆心之意向上样申诉。若此，可扶助一门郎从的性命。且亦将勇武之趣达于上闻，(上样)感于其功，或可允许还领本领欤。”
书成，命九户氏的菩提寺长兴寺住职萨天和尚送往城中。长政对萨天和尚说：“政实对于秀吉殿下并无逆意。见过改之，君子之教也。若能改正前非，殿下对于降参诸将并不会加以死刑的污罪，反而会感叹其武勇，予以宽恕。”
接到劝降书后，政实将此事告知诸将。诸将皆云从之。政实之弟实亲愤然曰：“初起事时，皆有不成则死的觉悟。然因敌人之言即放弃大义，其如初志何?”田山重胜亦谏死。然诸将皆疲于笼城，遂决意降服，翌日政实共诸将降长政阵门。此之际，实亲不离本丸，欲待敌而死。长政遣使再三慰谕，渐退向二之丸。然氏乡兵无礼，实亲怒，斩数人，氏乡兵恐，以铁炮毙之。氏乡将政实一族及城中子女悉驱入二之丸，闭门，放火。逃出者皆为兵士所斩。
九户政实等剃发，表示恭顺谢罪，然终因秀次的命令，被斩于栗驹厚地村。同死者栉引河内守清长、 同弟左马助清政、七户彦三郎家国、久慈备前守政则、同弟中务、大汤四郎左卫门昌次、大里修理太夫亲基七人。
政实方投降后，讨伐军诸将各自返回阵营中。此时，南部信直前往浅野长政阵中，请求道：“津轻为信乃实父高信之仇。幸而为信在此处在阵，正是天与的机会。我欲乘机讨伐为信，以报父仇。请贵将一定许可。”长政道：“此度出阵乃是为了讨伐对贵殿发起谋叛的政实。欲借此机会对津轻为信报复私仇，不能认可。”信直无话可说，转而去拜访蒲生氏乡。氏乡倒是赞同信直，于是两人再次去长政阵中，提出此事。长政断然拒绝：“为信是臣属于关白殿下，因此获赐朱印状者。此度亦在当地显示了十分的武功，向天下表示了自己的忠勤。在这种时候，不能容忍信直报复私仇的行为。”石田三成得知，立刻劝告为信，让其归国，避免不测事态的发生。为信乃退回津轻。
为信虽然参加了镇压九户政实的军事行动，却也不忘旧谊，庇护了相当一批九户残党。九户政实之子市左卫门成为津轻家御马回，知行四百石，其后代世为弘前藩士，直至幕末。大汤四郎左卫门昌次的长子胜三郎、次子伴二郎也成为津轻藩重臣，一直延续到幕末。武田九郎左卫门之子武田新四郎改名为松野久七，之后还获赐为信偏讳，名为松野久七信安，并成为津轻家老中。在庆长十年(1605)随为信上洛，为信去世时向他托付了后事。此外，津轻家中还有很多久慈一族者。
九户政实之乱结束后，秀吉展开了罪恶的侵朝战争，为信前往名护屋参阵。文禄二年三月十二日，为信率领三百五十人从津轻出发，于四月二十一日到达京都，拜访了近卫家并停留数日，使近卫家认可了所谓津轻家系近卫庶流的说法，并且允许津轻家使用近卫氏的牡丹家纹。此外为信还在京都、大坂等地购置了屋馆，作为日后在畿内活动的据点。
在为信到达名护屋后，前往会见前田利家，却遭到了前田家臣奥村主计的侮辱，尤其令为信愤慨的是，浅野长政也附和奥村。之后为信断绝了和前田、浅野的来往，而与石田三成更加亲密。为信在名护屋受辱一事，津轻藩一直深以为耻，在官方记录中隐讳莫深。反而是南部信直在给八户政荣的书信中提到此事，幸灾乐祸了一番。津轻家对前田家的仇视一直延续到后来，庆长七年(1602)七月十八日，为信的三男津轻信枚在京都与前田家臣发生冲突，双方都有死伤。这场争斗延续了九天，到七月二十七日才渐渐平息。
在秀吉的侵朝战争中，津轻家并没有实际参战，只是安坐在海峡对面的名护屋打发日子。为信在这个时期，也主要将精力放在领内开发和家臣团整备上。庆长二年(1597)，帮助为信平定津轻的千德氏不满于为信没有遵守当初的约定，——平定津轻后平分而治，反而将千德氏视为家臣，在浅濑石城集合了二千多人，发起叛乱，结果被为信迅速讨平，千德政康兵败自杀。
文禄二年(1593)，秀吉正式给予津轻领地四万五千石朱印状，翌年为信由大浦城迁入崛越城，并加工扩建。文禄庆长之役，为信未有参与，只留在九州待命。
德川时代
随着秀吉死去，日本国内形势再次动荡。在津轻家获丰臣政权认可，确定大名身份的过程中，颇获石田三成的帮助。在为信参阵小田原之际，为信的嫡子信建元服，石田三成做了信建的“乌帽子亲”，还赠给信建名刀——备前吉方小胁差。——可见双方关系的亲密。但是观察整个奥羽关东的形势，亲德川者为绝大多数，若是贸然举起西军的旗帜，恐怕未待关原的决战打响，津轻家就会被东军的大队人马踏平。经过一番抉择，为信决定倒向东军，向德川秀忠表明了参加东军的立场。
根据津轻方的记载，德川秀忠随后于庆长五年八月十九日发来了催促为信出兵的书信。于是为信亲率二千人出发，在骏府参见了家康，之后又命令留守领内的尾崎喜藏、板垣兵部、多田玄蕃、松野久七四人再率八百兵增援。以上四人立刻率兵在深浦港集结。然而此时前三人却一直推搪，不肯进兵，于是松野久七就率领着部下二百人先行离开，受松野行动的感动，陆续又有三百五十人加入进来。津轻军随后参加了攻击大垣城的行动，为信利用在当地召用的服部长门守康成潜入城中，说服秋月、高桥、相良等人倒戈，导致了大垣城的陷落。而仍旧逗留在领内的尾崎喜藏、板垣兵部、多田玄蕃三人在堀越城反叛，引起了藩内的骚动，这时出仕家康的鹰师三桥但马守来到了津轻，报知西军战败的消息，以上三将被金小三郎等人杀死，叛乱平息。
虽然无法找到津轻军参加关原合战的可靠记载，但是战后津轻家却获得了二千石的加封，这就是说明了津轻军肯定加入了东军，并且有着一定程度的贡献。然而比之同样参加大垣城攻略的东军大名，津轻家的加封又少得可怜：西尾光教，出兵六百人，加封一万石。水野胜重，出兵九百人，加封一万石。松平康长，出兵三百人，加封一万石。津轻家出兵二千多人，通过计谋引起了大垣城中西军的分裂，导致大垣的迅速落城，这等战功，即便是加封三、五万石也是应该的。
由于以上疑点，历史研究者提出了：“当主为信并没有参加东军，参加攻击大垣城的是津轻家的家臣。为信在京都，而嫡子津轻信建在大坂城”的观点。
在流传到今天的种种关原合战绘图中，其中有一种出自津轻藩之手，被称为《津轻屏风绘图》。其中，在家康的赤坂本阵内，有着“卍”纹的旗帜。根据研究者的考证，当时使用此种旗帜的，有堀氏、蜂须贺氏和津轻氏三家。可以确定，堀氏、蜂须贺氏并不在家康本阵中，则持此军旗者显然是津轻家。为信当时在京都，而其长子信建则由于和石田三成的关系，在大坂城中，为信还派出三百人归信建指挥。得知佐和山城陷落，和三成的次子隼人正重成离开大坂，从若狭上船，逃到津轻。那么当时在家康本阵中的，则是为信的三男信枚(次子信坚早逝)。关原合战之后，作为论功行赏的一个方面，津轻家中唯有信枚和德川家康、最上义光等一起参内，获叙从五位下越中守，这是庆长六年五月十一日的事情。从此也可以看出，信枚参加了东军无疑。
值得一提的是，和对待九户党的遗族一样，对于石田三成的遗子隼人正重成，津轻藩也妥为保护。为避德川家的耳目，重成改姓为杉山，即后来的津轻藩执政杉山八兵卫吉成。
关原合战结束之后，为信于十一月回到领内。次年三月七日至十日，在堀越城西清水森城的大佛殿，举办法事，悼念自起兵以来敌我双方的战死者。仪式甚为隆重，“不问敌我，以绀纸金泥书其俗名、法名，于佛坛左右列是，僧侣凡百三十余人，导师闻是喜三和尚……”然而在法事上，败于为信而自杀的千德政武之妻於市在祭坛前自杀，颇令在场之人震惊。此女为和徳城主小山内赞岐之女，其父其夫都是被为信逼入自杀的境地而死的，自然对于为信极为愤恨。
关原之战后，为信努力发展及开发津轻郡，加强漕运及鼓励垦荒，受到不少领民的爱护，同最上义光一样，津轻郡在为信的管治下未曾有一揆记录，证明为信的民政能力之高，庆长八年(1603)，为信开始在岩木川及土渊川之间筑高冈城，后改名弘前城，至二代藩主信牧完工。
庆长十二年(1607)，为信最后一次上洛。当时他的健康状况已经恶化，诸般医疗无效。自知大限将至的为信，将三男信枚召至京都，在枕前留下了关于“国政安民，防敌守疆”的遗训，命令重臣松野久七信安、森山内藏介二人担任辅佐信枚的重任，并向老中安藤带刀直次、本多佐渡守正信、上野介正纯提出津轻家由信枚继承的遗愿。
十二月五日，津轻为信波澜动荡的一生闭幕，时年五十八岁。为信死后，由于长男、次男早死，故由三男信牧继位，但其间，由于长男之子大熊不服，发生骚动，最后由幕府于庆长十四年(1609)宣布为信预定的遗嘱，由信牧正式接掌为二代弘前藩主，信牧继位后，发挥其遗传至为信的内政能力，庆长十六年(1611)，弘前城完工，快速地开发城下町，使原本落后的津轻更为繁荣，实质石高增至十万石。此后弘前藩一直存续至幕末，最后更与天皇家结亲，承袭爵位。
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