石山本愿寺(いしやま ほんがんじ)原称山科本愿寺，是日本佛教净土真宗本愿寺派第8代门主莲如(门主:教派首领)于1483年在京都山科建立的，后传到10代门主政如迁移到当时的摄津国石山〔今日本大阪市中央区〕，称"石山本愿寺"，是本愿寺派的本山〔宗庙〕所在。
历史
日本战国时代时，这里聚集了为数众多、向心力极强的武装一向宗门徒(以农民为主加上僧侣和国人武士)，又位于通往京都的要道上，战略地位重要，成为连战国大名都不得不害怕，却又想尽办法拢络笼络的庞大宗教势力。
第11代门主显如娶了管领细川晴元的养女为妻(日本佛教僧侣可结婚生子)，因而和武田信玄、朝仓义景结为连襟。后来石山本愿寺在"反信长包围网"的战略架构中，成为重要一员。
其门徒的强悍战斗意志，使得战国枭雄织田信长军也多次败退于其实力雄厚的势力下，折损数名猛将。信长为避免一向宗徒们再次受到煽动而叛乱，对于已经投降的一向宗徒常是毫不留情的全部屠杀，因而被宗教界塑造成"佛敌"的形象。
但不久织田军渐渐扳回劣势，公元1578年，织田信长水军以铁甲船断截了石山本愿寺和中国(本州岛西南部)的毛利辉元相通的唯一海上粮道，遭围困许久的本愿寺才不得不降伏，显如撤离之后，其子教如仍作困兽斗一段时间，后来仍不支撤退，最后织田信长一把火烧了石山本愿寺以绝后患。
织田信长遭遇本能寺之变死后，门主显如与掌权的丰臣秀吉关系良好，1591年由秀吉捐地重建成现在的京都本愿寺(即西本愿寺)。
一向宗和一向一揆
一向宗(净土真宗的别称)因其教义和修行方式简单易懂〔只需口念"南无阿弥陀佛"便可借着佛的愿力，直达西方极乐世界〕，掳获了大批中下阶层民众的信奉，并提倡"恶人正机"主张恶人才最需要佛的接引，使得许多低阶武士、山贼、海盗也忠诚信仰。
其领导人--门主的世袭制度也使得门主的神圣权威性代代提高，信徒对于门主的崇拜和尊敬，不亚于真正的阿弥陀佛。一向宗门徒在各地的起义暴乱被称为一向一揆。
本愿寺派后来经过第8代门主莲如的整顿和发扬，成为组织严密的宗教团体。
在门主的有心策动下，门徒们认为与"佛敌"交战而殉道身死，更能通往西方极乐世界，于是他们无惧死亡而争先杀敌，强悍的战斗力成为许多战国大名的恶梦，甚至还能杀掉地方守护而成立自治小国。
门主则利用众多的子女和各地的战国大名广结姻亲，加上手握控制门徒的权力、领地的经济权，实力也和一般的战国大名不相上下。
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