清朝对地方上的总督和巡抚的职权范围，划分的很清楚：总督管军事，巡抚管民政。但在清朝前期，巡抚在军事上，受制于总督，以及所在省的绿营兵，身份比较尴尬。
有的总督辖区只有一个省，比如直隶和四川，就由总督兼理巡抚。有的省则是总督和巡抚同驻一城，比如湖广总督与湖北巡抚同驻武昌，两广总督同驻广州。这种情况下，总督的权限要大于巡抚，毕竟总督有军权。
有的省则只有巡抚没有总督。看似没有总督的“压迫”，巡抚可以在省内当老大。比如河南、山东、山西三个省，是没有总督只有巡抚。但各省的军事权也不在巡抚手上，各省都设有总兵或提督。总兵或提督不是巡抚的属下，巡抚无权调动本省的绿营兵。
这就容易出问题。比如省内出了什么事，巡抚需要用兵，可他没有调兵权，就只能找总兵或提督商量。遇到好说话的总兵或提督还好，遇到刺头，巡抚一个兵也调不动，耽误了朝廷的大事。
在有总督有巡抚的省份，巡抚因没有兵权，实际上的权力要小于总督，甚至是总兵或提督。这很容易导致总督一人独大，或总兵提督在没有总督的省份专横跋扈。
康熙帝注意到了这个问题。兵部主事杨兆杰在康熙六年(1668年)上言，认为朝廷应该让巡抚管辖各省的绿营兵。杨兆杰说得很直白：绝不能让武将势力坐大，由文官性质的巡抚代替朝廷管各省绿营兵比较安全。其他官员也不断上折子，所论和杨兆杰别无二致。
康熙帝认为事情要一分为二的看。巡抚管兵，文官未必能管得好武事。但也必须让巡抚分走总兵的一部分兵权，让他们互相监视，方为上策。
康熙十年(1671年)，康熙帝下诏，巡抚并没有取代总兵或提督的兵权，而是把各省绿营兵自副将以下的管理权，交给巡抚，尤其是没有总督的几个省，如直隶(当时只有巡抚)、山东、河南、山西。这样做有一个好处：巡抚可以控制绿营兵的中下级军官，从侧翼监视总兵或提督。而巡抚不能调动总兵提督等高级军官，也降低了巡抚在本省一家独大的风险。
应该是尝到了巡抚分兵权的甜头，清廷从雍正以后，在设有总督的地方，也给这里的巡抚分一部分兵权。不过，还是出于防范巡抚坐大的考虑，康熙十二年(1673年)，清廷规定巡抚可以掌握两个营的兵力，称为抚标，约一千人。抚标并不算在本省的绿营兵数额。
但不管怎么说，巡抚有了一定兵权，就能和权力过大的总督分庭抗礼，至少能在一定范围内遏制总督。总督要成了军阀，其危害性要远大于巡抚。
河南巡抚是在乾隆八年(1743年)，获得了兼任河南提督的权力。三年后，山东巡抚也获得了同样权力。贵州巡抚在乾隆十二年(1747年)获得了此权力，又二年，江西巡抚也有了兵权。
贵州因为境内民族众多，云南总督驻在昆明，有点鞭长莫及。贵州巡抚掌握本省的兵权，对朝廷统治贵州是非常有利的。江西巡抚获得兵权，是因为两江总督主要管安徽和江苏的军事，对江西的管辖也较远。两江总督虽然管着江苏、安徽、江西三省，但他能直接掌控的是苏皖二省，江西在两江的权力框架内，有点半独立的意思。
最早获得提督本省绿营兵的省是山西。雍正十二年(1434年)，雍正帝就让山西巡抚兼着山西提督的差使，山西省内所有绿营兵都管山西巡抚管辖。
剩下没有获得兼本省提督的省份，到了嘉庆年间，安徽省获得了这个待遇。嘉庆八年(1802年)，因为江南提督驻在江苏省的松江府，对于安徽有点远，嘉庆就让安徽巡抚管本省绿营兵，给予提督衔。
闽浙总督治下的浙江，两广总督治下的广西，分别在1841年(道光二十一年)、1842年获得统管本省绿营兵的权力。陕西巡抚的情况比较特殊。陕西处在大西北和中原、云贵川的结合处，战略地位特殊，始终没有获得该权力。有什么事，还是由提督出面，巡抚只是围观吃瓜的。
咸丰以后，天下大乱，西北也乱如一锅粥。在此种情况下，咸丰十年(1860年)六月，咸丰帝给予陕西巡抚部分管兵权。但是，清廷深知陕西的重要性，所以，陕西巡抚的这个“部分管兵权”意义并不大。首先，陕西巡抚不能兼陕西提督，有什么事，还是要经过陕甘总督和陕西提督的同意。
你会说还有很多省在此时并没有获得本省兵权，比如江苏、湖南等省。没错，但是，这些省的巡抚，自咸丰以来多是立下军功的汉人。朝廷得罪不起这些人，让这些省内并不驻总督衙门的省，获得了很多只有总督才有的权力，实际上就是总督。
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