抗日战争中，日军第十六师团是与一系列暴行密不可分的：开展“百人斩”杀人比赛;参与实施南京大屠杀……连当时的日本陆军部人事局长都说：“第十六师团长中岛今朝吾的战斗指导是违背人道的。”可见，第十六师团的暴行达到了多么严重的程度。那么，日军第十六师团究竟是一支怎样的部队，最终又是怎么覆灭的呢?
日军第十六师团是日本陆军甲等常设师团，装备精良，始编之年即参加了日俄战争
日军第十六师团于1905年在京都编成，其司令部设于京都，官兵主要来自京都、三重县和奈良县，故又称为“京都师团”。该师团为日本陆军甲等常设师团，装备精良，兵员满员，战斗力较强，在编成的当年即参加了日俄战争。
卢沟桥事变爆发后，日本开始了全面侵华战争。为此，日本进行了战争动员，开始大量征兵，作为甲等师团的第十六师团也由平时的18000人扩充到战时的约25000人。
1937年9月，第十六师团在天津塘沽港登陆，编入日军华北方面军第二军战斗序列。随后，曾参加过子牙河等地区的战斗。1937年10月底，第十六师团被编入上海派遣军战斗序列，由华北调往上海。此时的第十六师团，以中岛今朝吾中将为师团长，中泽三夫大佐为参谋长，下辖步兵第十九旅团，旅团长为草场辰已少将(辖步兵第九联队，联队长为片桐护郎大佐、步兵第二十联队，联队长为大野宣明大佐);步兵第三十旅团，旅团长为佐佐木到一少将(辖步兵第三十三联队，联队长为野田谦吾大佐、步兵第三十八联队，联队长为助川静二大佐);骑兵第二十联队，联队长为笠井敏松中佐;野炮兵第二十二联队，联队长为三国直福大佐;工兵第十六联队，联队长为今中武义大佐;辎重兵第十六联队，联队长为柄泽畔夫中佐。
在进军南京途中，制造了无数暴行，开展“百人斩”杀人比赛即为其一
第十六师团在上海附近登陆时，日军已占领了上海，于是，时任日军华中方面军司令官的松井石根即命令该师团向南京追击从上海撤退的中国军队。
第十六师团在中岛今朝吾的率领下，先后攻占了常熟、苏州、无锡、常州、丹阳、句容、汤水镇、麒麟门，进抵南京东郊的紫金山一线。
该师团沿途烧杀淫掠，其暴行不胜枚举。在向南京进军的途中，该师团由于进军速度太快，补给跟不上，便下令就地“征收”粮秣，所谓“征收”，实际上就是掠夺。
当时被日本《东京日日新闻》等报纸大肆宣扬的所谓“百人斩”就发生在该师团。第十六师团在从无锡向常州追击过程中，该师团第十九旅团步兵第九联队第三大队副官野田毅少尉和大队炮小队长向井敏明少尉，相约在到达南京时，看谁先用日本刀斩杀满100人。此后，两军官开始大肆斩杀，在到达南京城外的紫金山时，野田毅斩杀了105人，而向井敏明斩杀了106人。
对于俘虏，第十六师团师团长中岛今朝吾在其日记中记述说：“基本上不实行俘虏政策，决定采取全部彻底消灭的方针”.
1937年12月10日，日军向南京城发起总攻击，第十六师团的主攻方向为中山门。要占领中山门，必须先占领中山门外的制高点紫金山。
12日，第十六师团步兵第三十三联队在重炮的掩护下，向紫金山顶峰发起攻击，战斗异常激烈，紫金山上一片火海。经过激烈的战斗，日军在付出沉重代价后占领了紫金山主峰。
1937年12月13日凌晨，第十六师团步兵第二十联队占领了中山门。当天，该师团第三十三联队和第三十八联队在轻型装甲车的配合下，从太平门外沿玄武湖急进至南京城北的下关江边，以截断中国军队的退路。
下午，当第三十三、第三十八联队进至下关时，长江边有大批准备渡江的中国军人，江面上也有许多正在渡江的中国军人。日军立即用机枪进行猛烈扫射，一时间江水被染得殷红。
在长江边等待渡江的中国军人有些返回南京城内，避入安全区，有些被日军射杀或俘获。接着，日军在长江边将俘获的中国军人加以集体屠杀。
南京沦陷后，第十六师团根据事先制定好的计划，对南京城内及城外东郊地区进行“扫荡”。在“扫荡”过程中，第十六师团俘获了许多放下武器的中国军人。
对于俘虏，中岛今朝吾在其日记中记述说：“败逃之敌大部进入第十六师团作战地区的林中或村庄内，另一方面，还有从镇江要塞逃来的，到处都是俘虏，数量之大难以处理。”“基本上不实行俘虏政策，决定采取全部彻底消灭的方针。”“仅佐佐木部队就处理掉约15000人，守备太平门的一名中队长处理了约1300人。
在仙鹤门附近集结的约有七八千人。此外，还有人不断地前来投降……处理上述七八千人，需要有一个大壕，但很难找到。预定将其分成一两百人的小队，领到适当的地方加以处理。”“这些败兵的处理，大多由第十六师团负责，因此师团无暇顾及入城或宿营等，只是一味地东奔西走。”
第十六师团步兵第三十旅团长佐佐木到一也在日记中记述说：“接连不断地有俘虏前来投降，其数量高达数千人。情绪亢奋的士兵丝毫不理睬上级军官的劝阻，将俘虏一个个地杀死。回想到许多战友流的血和十天来的艰难困苦，别说士兵了，我自己也想说‘全都干掉吧’。”
日军占领南京后，以第十六师团步兵第三十旅团为南京警备部队，佐佐木到一担任警备司令。所谓“警备”，实际上就是搜捕放下武器，在国际安全区避难的中国士兵。
第十六师团在“扫荡”残敌过程中，在国际安全区进行所谓的甄别搜捕，将头上有帽痕，手上有老茧的青壮年男子从难民中强行拉走，予以集体屠杀，其中许多人是普通的平民。
在搜捕中国士兵的过程中，一些毫无军纪可言的日军官兵还大肆强奸妇女、抢劫财物。在战后对日本战犯的审判中，许多南京市民指证日军“中岛部队”的暴行。所谓“中岛部队”，就是以中岛今朝吾为首的第十六师团。
第十六师团的覆灭
南京沦陷后，第十六师团在南京驻扎到1938年1月22日，此后，日军第十一师团步兵第十旅团(天谷支队)接替第十六师团步兵第三十旅团，担任南京的警备任务。
第十六师团由海路开往大连，重新编入日军华北方面军第二军战斗序列，后又被编入华中派遣军战斗序列。1938年7月，中岛今朝吾升任驻扎在满洲的日军第四军司令官，由藤江惠辅(中将)继任第十六师团长。
1941年太平洋战争爆发后，第十六师团被编入进攻菲律宾的本间雅晴中将统帅的日军第十四军，参加了第一、第二次巴丹半岛的攻坚战和菲律宾讨伐战，之后在菲律宾驻守。
1944年夏秋，为加速太平洋战争的进程，麦克阿瑟决定率部夺取菲律宾，而日军准备在菲律宾与美军决一死战。作为第十四军主力的第十六师团驻守在莱特岛。
10月，美军在莱特岛东岸登陆，向第十六师团发起攻击。第十六师团虽然被分割孤立于数个地区，但其利用坚固的工事与美军殊死决战。
月底，日军第一、第二十六师团和第六十八旅团等部先后增援莱特岛，并使用“神风”自杀飞机攻击美军舰船，战局一度呈胶着状态。
为此，麦克阿瑟提出以两面夹击的方式占领奥莫克港，从背后分割日军。这一方案成功实施，日军第十六师团大部分被围歼，残部退到坎基伯特山进行游击战。
日军士兵以同伴尸体为食的情形就是发生于此。第十六师团残部在热带雨林中饱受饥饿、疟疾、脱水的折磨，大部在恐惧与无助中死亡，少数人组成自杀队逃进深山，直到日本投降才放下武器。
战后，根据日本厚生省的资料，莱特岛之战，第十六师团共有13158人战死，幸存者仅620人。这支曾沾满中国人民鲜血，尤其是南京人民鲜血的日军所谓“精锐”部队，最终走向了灭亡。而南京大屠杀的元凶之一中岛今朝吾，于1945年10月28日因尿毒症和肝硬化病死，逃脱了战后对日本战犯的正义审判。
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