克里特岛登陆战役历时十二天，以德军占领克里特岛而宣告结束。在战役中，德军阵亡、失踪包括第7空降师师长萨斯曼少将以下约4000人，伤10000人，共计伤亡1.4万人，损失飞机220架，其中运输机179架。德军唯一的空降师第7空降师，在战役中遭受了巨大损失，伤亡超过5000人，几乎占全师的四分之三;参战的空降兵共计伤亡6500人，占总数的三分之一，可谓元气大伤。由于德国空降部队在此次战役中的巨大损失，克里特岛因此被称为“德国伞兵的坟墓”。
英军方面的损失，在克里特岛上的英联邦军队阵亡1742人，伤1.5万人;海军伤亡约2000人，合计总伤亡约1.8万人。希腊军队被俘约6000人，伤亡约3000人，合计伤亡近万人。盟军总伤亡人数约2.8万。英国海军4艘巡洋舰、6艘驱逐舰、护卫舰3艘、扫雷舰1艘、鱼雷艇2艘、登陆艇19艘和2艘汽艇被击沉，1艘航母、3艘战列舰、6艘巡洋舰和8艘驱逐舰被击伤。希腊海军1艘装甲舰、12艘驱逐舰和10艘快艇被击沉，还损失了75%的商船。
战后，希特勒召见了第11航空军军长斯徒登特，对该军在克里特岛战役中的表现、大加赞赏，并授予他铁十字勋章。但希特勒从克里特岛战役空降兵部队的惨重损失中，认为伞兵时代已经过去，大规模空降作战只会导致比克里特岛更为惨重的损失。基于这一思想，德国没有及时补充扩建其空降兵部队，从此后，德军在战争中，再没有实施过大规模空降作战。
相反，盟军从克里特岛战役中认识到空降作战的重大意义，并认为空降兵部队对于战争的胜利至关重要，开始大力加强空降兵建设，于当年组建了大规模空降战的战术单位--空降军。
德军虽然以巨大的代价攻占了克里特岛，但德军最高统帅部认为，苏联战场远比地中海战场重要，因此原先雄心勃勃地以克里特岛为跳板，进而南下北非的战略计划没能付诸实施。克里特岛随即在以后的日子里陷入了沉睡状态，其巨大的战略价值并未得到充分体现，其中最主要的原因是德国同时开展苏联、西欧两个战场，实在没有力量再开辟、扩大地中海战场。这就证明了只有在充足的人力物力保障的条件下，有利的地理位置才能真正成为有利的战略位置这一简朴而深刻的道理。
德军聊以自慰的是，占领克里特岛，确实控制了东地中海，保障了东南欧地区的稳定，尤其是保证了德国赖以维持战争的生命线--罗马尼亚普洛耶什蒂油田的安全。
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