曹操曾参加过镇压黄巾起义的战争。184年，曹操即追随皇甫嵩镇压过颍川黄巾军，是镇压黄巾军起义的老手。在镇压黄巾起义中多次立功，他的官职也不断升迁。汉灵帝光和末年，迁为济南相，后为典军校尉。汉献帝元年(190年)，他参与讨伐董卓，以后又依附袁绍，被任命为东郡太守。兖州刺史被黄巾军杀死后，曹操又接替了兖州牧的职位。
青州黄巾军成为强大的农民军队
东汉末年的黄巾起义，是我国历史上第一次以宗教组织形式出现的农民起义。他们的口号是“苍天已死，黄天当立”。就是说代表东汉王朝的苍天已经死亡，代表农民的黄天已经确立起来。他们起义的目的是实现“太平”，他们的经典是《太平清领书》，他们的起义组织是“太平道”。他们以黄头巾为标志，因而称为黄巾起义。
东汉中期以后，由于封建政权残酷的压迫和剥削，外戚和宦官集团的残暴黑暗统治，豪强地主大肆兼并土地，逼得农民纷纷起来造反。连年灾荒，传染病流行，饥饿贫病的农民，离开家乡，到处流浪，当时的中国北方农村已是“白骨露于野，千里无鸡鸣。”(曹操《蒿里行》)贫穷死亡迫使他们向鬼神求助。因而带有迷信色彩的宗教组织，便在农民中迅速发展起来。
黄巾起义是一次有组织有准备的大规模的农民起义。从184年开始，前后持续了二十多年，参加人数有数百万之多。活动的地区遍及青、徐、幽、冀、荆、扬、豫、兖八州之地。幽、冀、荆、扬、豫、兖六州黄巾起义先后失败，只有青、徐两州黄巾军成为后期黄巾军的主力。徐州黄巾军遇到徐州刺史陶谦的打击，全部转入青州，青州成为黄巾军的集结地。
青州军转战冀、青、兖三州之间，经过一个时期的斗争锻炼，成为一支坚强的农民军队。那时，青州(治临淄)刺史焦和是一个昏庸无能之辈。他的军队还未和农民军交战，即望风而逃。北海(今山东寿光)相孔融，是一个好空谈而不会打仗的书生。黄巾军张绕率20万众，从冀州还攻北海，孔融大败，逃至都昌(今山东昌邑)，又被黄巾军管亥部队包围，只好请平原(今山东平原)相刘备派三千兵救援，方才解围。
曹操收编黄巾军为“青州兵”
191年11月，青州军30万人进攻泰山郡，和泰山太守应劭的军队多次交战，损失惨重。这时，青州军欲通过渤海地区和从太行山东进的黑山黄巾军会合。他们在急行军中缺乏戒备，在东光(今河北东光)附近，遇到公孙瓒出其不意的袭击，牺牲三万余人，损失辎重数万辆。青州军欲渡黄河北上时，又遇公孙瓒的截击，死者数万，损失车甲财物不计其数。
192年4月，青州军经过整顿后，决定向兖州进攻。在任城(今山东济宁)杀任城相郑遂，转入东平(今山东东平)。在东平附近，粉碎了兖州刺史刘岱的主力部队，杀死刘岱。青州军又旺盛起来了。
当黄巾军活动到兖州一带的时候，黑山黄巾军于毒、白绕、眭固等率十余万众攻魏郡、东郡，东郡太守王肱不能抵抗。这时曹操引兵入东郡(今山东莘县西)，并大败白绕于濮阳(今河南濮阳)。袁绍推荐曹操为东郡太守。曹操听说刘岱战死，就派人劝说兖州官吏拥戴他为兖州牧。
192年，曹操率兵与青州军在寿张交战。当时的形势，青州军三十万斗志昂扬，“数乘胜，兵皆精悍”。曹操却只有几千兵，且“旧兵少，新兵不习练，举军皆惧”。初交战时，曹操认为黄巾军恃胜而骄，“欲设奇兵挑击之”。曹操和济北(今济南长清)相鲍信率领兵骑千余人进攻黄巾军，遭黄巾军迎头痛击，死数百人。鲍信殊死战，曹操突围而出，鲍信被击毙。
青州军三十万，还有随军男女百余万，给养补给非常困难。起义军的根据地青州，又被袁绍部下臧洪占领，不能补充黄巾军给养。曹操看到了起义军的困难，避免和黄巾军正面冲突，却不断进行零星袭击。黄巾军只好一面向济北退却，一面向曹操发出檄文说：“昔在济南，毁坏神坛，其道乃与中黄太乙同。似若知道，今更迷惑。汉行已尽，黄家当立。天之大运，非君之力所能存也。”
檄文中提到，曹操过去做济南相时毁坏神坛，曹操的所作所为，黄巾军认为和他们的“中黄太乙道”相合。因为黄巾军只敬皇帝和老子，“不奉他神”，对于其他的神鬼祠庙一律禁毁。黄巾军把曹操当成“同道”，并幻想劝说曹操不要“迷惑”，不要和黄巾军为敌。曹操这时将计就计，便对正处于补给困难的黄巾军“数开示降路”进行诱降。他们一边交战，一边谈判，经过好几个月的酝酿，终于在192年冬天，这一支强大的青州军接受了曹操的收编。黄巾军三十万，随军男女百余口，曹操选拔精锐，重加编制，号称“青州兵”。郭沫若先生在《替曹操翻案》一文中曾指出：“曹操是被拥戴成了青州兵的领袖。我们可以想想：如果曹操完全是嗜杀成性、胡作非为的人，那几十万的青州兵、百多万的农民男女，怎么能够听他的指挥呢?不是倒过来把他干掉，便尽可以一哄而散，然而不是这样。”
青州兵在曹操集团中的地位
青州兵是曹操统一北方的重要军事力量。在收编青州兵以后，曹操的势力迅速壮大起来。此后，曹操才逐渐萌发了“平天下”的远大理想。曹操在类似自传的《让县自明本志令》一文中说：“当初被举孝廉时，只是想当一名郡守，得一个清官好名声。”任济南相“除残去秽”，“以为强豪所忿，恐致家祸，故以病还。”后迁为典军校尉，意欲为国家讨贼立功封侯，死后墓题“汉故征西将军曹侯之墓”。不久，起兵讨伐董卓，他的志向也是有限的。等到“领兖州牧，破降黄巾三十万”，才有了平定天下的势力，平定袁术袁绍刘表之后，遂有“平天下”之志。
曹操收降了青州黄巾军以后，吸取黄巾军缺失粮草的教训、农民且耕且战的经历，196年在许下屯田，取得满意的成绩。在范县、东阿屯田，兴修水利，依靠了农民军“男女百余万口”基本劳动力和生产技术，还有他们随身携带的耕牛和农具。当时屯田分军屯和民屯两种，办法是一样的。无牛的公家贷牛，所获公家得六成，私人得四成;有牛者所获平分。取得初步成果后，遂在北方普遍推广，州郡例置田官，有典农中郎将、典农都尉等专职领导，“数年所在积粟，仓廪皆满。”屯田的好处是不仅能供应连年战争的军粮，还增加了生产，减轻了农民的负担，节省了农民远道运输的劳动，也使百姓富足生活提高。为曹操统一北方打下经济基础。
青州兵的活动事迹，历史记载很少。《三国志》中仅记载了以下部分事实：
194年，曹操攻吕布于濮阳，吕布出兵迎战，先以骑犯青州兵。青州兵被冲散，曹操阵营混乱起火，曹操坠马，烧右手掌。部将楼潩扶曹操上马，遂引去。曹操这次出兵不利，对青州兵没有追究责任。(《三国志·魏志·武帝纪》)
197年，曹操征张绣。于禁见十余人被创裸走，于禁问其故，曰：“为青州兵所劫。”于禁怒曰：“青州兵同属曹公，而还为贼乎?”于禁要声讨问罪，曹操知道此事后，不准问罪，未加处理。(《三国志·魏志·于禁传》)
220年，曹操病死。青州兵就“擅击鼓相引去”。此时，众人以为宜禁止之,不听者可讨伐之。贾逵不允，还告知所在给其廪食。(《三国志·魏志·贾逵传》注引《魏略》)
从以上三则史料可知：青州兵在受编之初，战斗力并不是很强。青州兵的编制，二十多年始终没有打乱，保持了一定的独立性。曹操在南征北战中，几度战败病溃，青州兵没有离散，也没有乘机倒戈。曹操集团中有的人对青州兵是有看法的，但曹操对青州兵始终是宽容的。曹操信任青州兵，青州兵也信任曹操。
公元210年，曹操发布《求贤令》，用人不分贵贱，以才干为标准。提：“二三子佐我明扬仄陋，唯才是举，吾得二用。”可以录用“不仁不孝而有治国用兵之术”的人。这直接冲击当时世家豪族在用人上的垄断权。
曹操集团的将领来自四面八方，有曹氏家族的，如曹仁、曹洪等;有夏侯氏家族的，如夏侯淳、夏侯渊等。有的是袁绍、袁术旧部，有的是韩遂、马腾旧部，有的是吕布、刘表旧部。“拔于禁、乐进于行伍之间，取张辽、徐晃于亡虏之内，皆佐命立功，列为名将。其余拔出细微，登而牧守者，不可胜数。”(《三国志·魏志·武帝纪》注引《魏书》)
就是在战将如云的曹操集团中，却没有一个战将是出身于青州兵的。青州兵跟随曹操战斗了二十多年，难道这三十万人中就没有涌现具有战将才能的人吗?就没有具有史书记载价值的功臣吗?青州兵在曹操集团中到底处在什么地位?这不能不说是值得深思的问题。
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