1928年，中原地区军阀混战，枪炮日渐普及。一些少林弟子加入了军阀的部队，想通过武功建立功业，最后却为少林寺带来了空前的劫难。
在长达1500年的历史中，少林寺遭遇过很多次劫难。封建时代，每逢一个朝代没落，地方政府的控制力减弱，民不聊生，少林寺就很难独善其身。少林武术很难抵挡“山贼”的骚扰，如果碰到大规模的流寇，寺里的僧众往往会逃散，建筑被毁，也是常有的事。
在所有的劫难中，1928年军阀石友三火烧少林寺或许是最严重的一次。
恒林种下祸根
民国初年，少林寺有僧众200多人，土地1370余亩，但是，迫于当时形势，少林寺仍日趋衰落，度日艰难。军阀混战，土匪肆虐，当时的恒林和尚为保护少林寺做出了贡献，但是也因此种下了祸根。
恒林(1865-1923)，武艺高强，民国初年，由于政府很弱，无暇顾及少林寺，就任命他为“少林寺保卫团团总”，属于地方民团性质，恒林只好购置枪械，训练僧兵，以备不虞。
这实际上是少林武僧的武装化，从练武术到操枪械，实力当然是大大增强，对抗小股土匪是绰绰有余，但是如果卷入大规模军事冲突，就非常危险了。
1920年，豫西大旱，土匪横行，恒林在登封县城、白玉沟等地与土匪激战数十次，打落“肉票”多人，这些战斗缴获的枪支弹药，都运回少林寺储存。
恒林因为善战而威名远播，土匪不敢来战，也为少林寺周边地区争取了一小段和平日子，民国河南省政府主席张凤台授予恒林奖状、奖章，并对少林寺送匾以示谢意。
1923年，恒林病逝，第二年，附近有300民众捐资为他立碑。
恒林死后，他的弟子妙兴接替少林寺保卫团团总的职务。恒林还有一个徒弟叫樊钟秀，也是一个奇人。妙兴和樊钟秀，最终让少林寺陷入一场大劫。
樊钟秀倒向吴佩孚
樊钟秀原名铎，别号醒民，河南宝丰人。少年时代即进少林寺，拜在恒林方丈门下学习武艺。
清末河南土匪横行，学习武艺是当地人们自我保护的一种必要手段。稍后，樊家为避匪患迁到陕北洛川。陕北从清末左宗棠西征之后，迭经战事，人烟稀少，豫西人民多有迁徙至此。
樊钟秀身怀武艺，年轻气盛，因练民团成为新移民中的头目，得到陕西督军陆建章的赏识，他又团结陕西豫籍军人会党，与靖国军合作，独树一帜，号为靖国二军，护法成功，樊钟秀声名鹊起，孙中山先生招他到广州，亲自嘉奖他，并委任为建国豫军总司令。
北伐之中，建国豫军是革命同盟者，与国民联军的石友三部，本是战友。冯玉祥由陕入豫，率先派人和樊钟秀联系，意在收编。
那时候的冯玉祥，挟武力逼退三任北洋总统，且占有陕、甘、豫大部分地盘，又新从苏联归来，获得了大量武器补充，兵强马壮，有雄兵40万，而樊钟秀虽然领有建国豫军的招牌，所属皆陕北豫西的河南老乡，人马不过万人。
但樊钟秀自恃是靖国功臣，建国豫军的招牌又是中山先生亲赐，无意归附，最终，这种意气之争让他倒向了军阀吴佩孚。所以建国豫军和冯玉祥国民联军石友三部，首先围绕着豫西宛洛的归属，弹矢相向了。
另一个关键人物妙兴
妙兴(1891-1927)，家境贫寒，8岁就到少林寺拜恒林为师，苦练武艺，人送外号“金罗汉”。
1922年，第一次直奉战争爆发，直系军阀吴佩孚的师长张玉山到登封，想收编陈青云、任应岐的部队。这时，樊钟秀在张玉山手下做团长，他路过少林寺，看到大雄宝殿残破，便承诺修缮，因为军务繁忙，他先捐了400元购买物资，少林寺的人对他很有好感。
1923年，吴佩孚受命为直鲁豫三省巡阅使，张玉山奉命在河南招兵买马，似乎有某种必然性，他发现了妙兴。妙兴武功高强，更重要的是有人有枪，妙兴成为张玉山麾下第一旅第一团团长，正式加入了吴佩孚的军事集团。
1926年，广州革命军开始北伐，冯玉祥宣布脱离北洋军阀，参加革命军。吴佩孚联合张作霖，攻打冯玉祥，但是被冯和北伐军击败。
1927年，冯玉祥占领西安，配合北伐军攻打河南，妙兴所在的吴佩孚手下第一团，奉命调往郑州，又转战舞阳，3月6日，在与冯玉祥的部队交战时身亡，年仅37岁，妙兴的遗体由弟子运回少林寺，葬于寺东北的山坡上。
1928年火烧少林
那时候北伐战争炮火刚熄，石友三部作为西北军驻防宛洛，并兼任洛阳警备司令。石友三属于冯玉祥国民联军编制。在河南，它的主要敌人是直系吴佩孚部队，奉系张昌宗部，以及在冯玉祥和吴佩孚之间摇摆不定的镇嵩军。
若要对比兵力，樊钟秀本不足与石友三抗衡。石友三国民联军第五路，人马近6万，久经沙场，而且又刚刚战胜奉军，锐气不可当，连冯玉祥对石部的骄兵都萦执乏术。樊部兵马不过万人，除了骨干之外，多数还是新招的豫西土匪。那么樊钟秀为什么要以卵击石呢?
在樊钟秀看来，他资格很老，不但石友三不配作为他的对手，即使冯玉祥、蒋介石也算是后生小子。
除此之外，樊钟秀还有地利之便。樊钟秀的部下，多半出身豫西深山，他们本无特别的宗旨，当兵或者为匪，全凭利害形势决定;至于民团，樊钟秀的师父——少林方丈恒林，就是登封地方民团的团总，恒林死后，继任的妙兴、妙全都是樊钟秀的师弟，在地方民团中更有莫大影响力。
1928年3月，樊钟秀与石友三开战之前，樊钟秀把指挥部驻扎在少林寺内，此处久为地方武力的中心，通讯和指挥皆方便顺畅，更可以得到民团的协调合作，自然是理想的司令部了。
在少林寺方面而言，樊钟秀既出本门，又是能够在全国政治军事舞台上叫得响的人物，能引为护法，光大宗门，当然再好不过了。
占尽了地利的樊钟秀，尽管有民团的协助，也不是石友三的对手。除了众寡不敌之外，关键的因素是石友三部队武器精良，都是从苏联新运回的枪炮。樊钟秀部队的装备，多系汉阳造和土制枪炮，根本不是对手。
双方激战正酣，少林寺僧在嵩山之南十八盘借助地势阻击石友三部，樊钟秀退往嵩县深山。
3月15日，得胜的石友三进驻樊钟秀设在少林寺的的指挥部，纵火焚烧法堂。次日，驻防登封的国民军苏明启旅，命军士抬煤油至少林寺中，将整个少林寺付之一炬。天王殿、大雄宝殿、藏经阁、钟楼鼓楼等重要建筑，都陷入火海之中，大火烧了40天，只剩下几根石柱遥望苍天。
1936年，蒋介石到少林寺参观，随行的登封县长毛汝采向他介绍了少林寺被烧的事情，蒋介石说：“石友三也够坏了!”——这话耐人寻味，因为有证据表明，石友三虽然也算是国民革命军出身，但始终摇摆在各种势力之间，最终被蒋介石派人除去。
1928年少林寺的大火，可以理解为少林寺的一次转折。单个人的武术再强大，也不是现代枪炮的对手，在军阀混战的大背景下，人命如草芥，少林僧众也不能例外。
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