两区分治
这次战争中，普鲁士首次动用整顿过的军队，并充分显示实力。不过，奥地利忽略普军力量，在18个月后付出代价。1865年8月14日，普鲁士与奥地利签署加斯泰因条约，分别管理石勒苏益格和荷尔斯泰因。
奥普两国对于公国的管理和未来地位，不久后就有龃龉。俾斯麦就以此为由，在两年后策划普奥战争。奥地利在克尼格雷茨战役失败后，德意志邦联被解散;奥地利撤出荷尔斯泰因，结果普鲁士兼并该地和石勒苏益格。 纵然如此，两地夹杂着丹麦裔和德裔居民，而有关国家又有封建义务，令不少人认为石勒苏益格-荷尔斯泰因问题难以应付。对此，帕尔姆斯顿子爵曾说过：“只有三个人了解过问题，一个已经去世了，第二个已经疯了，第三个就已经忘了。”这三人分别是艾伯特王子、一位德裔教授和他自己。
影响
就条约权益而言，石勒苏益格的丹麦人之地位，就由1864年维也纳条约 (该年10月30日) 和布拉格和约 (1866年8月23日)决定。根据前者的第十九条条款，丹麦所割让领土中的丹麦裔居民，可以在签约国批准条约的六年之内，加入丹麦国籍、带着个人财产与家人移居丹麦，并保留在公国的不动产。该条款最后一段："Le droit d'indignat, tant dans le royaume de Danemark que dans les Duchés, est conserve a touts les individus qui le possèdent a l'époque de l'échange des ratifications du présent Traité".根据布拉格和约第五条条款，奥地利将石勒苏益格割让给普鲁士，条件就是如若石勒苏益格北部的居民希望与丹麦合并，将通过自由投票决定。在总人口约十五万人的石勒苏益格北部，大约五万名丹麦居民利用条款选择移居丹麦，结果被驱逐到丹麦，等待公投举行，以期重返原居地。然而，公投从未举行过。条约声称会举行公投，其实仅仅是外交工具，为了挽回拿破仑三世的面子。普鲁士始终不想放弃征服所得领土，寸步不让。在普法战争取胜后，普鲁士更不再装作会举行公投。根据1878年10月11日签署的维也纳条约，有关公投的条款被废除，奥地利亦批准之。
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