1398年明太祖朱元璋驾崩，由于太子朱标早死，由皇太孙朱允炆即位，年号建文，即明惠宗。明惠宗为巩固皇权，与亲信大臣齐泰、黄子澄等密谋削藩。 周王、代王、齐王、湘王等先后或被废为庶人，或被逼自杀。同时以边防为名调离燕王朱棣的精兵，准备削除朱棣。结果朱棣在姚广孝的建议下以“清君侧，靖内难”的名义起兵，最后率军南下，占领京师，是为靖难之役。后来朱棣即位，即明成祖，年号永乐。明惠宗在宫城大火中下落不明。
据《明史·地理志第十六》记载：“计明初封略，东起朝鲜，西据吐蕃，南包安南，北距大碛，东西一万一千七百五十里，南北一万零九百四里。“
明朝的领土囊括今日内地十八省之范围，初年东北抵日本海、鄂霍次克海、乌地河流域，后改为辽河流域;初年北达戈壁沙漠一带，后改为今长城;西北至新疆哈密，后改为嘉峪关;并曾在今满洲、新疆东部、西藏等地设有羁縻机构。明成祖时期甚至短暂征服并统治安南(今越南北部)，永乐年间明朝极盛国土面积约达1000万平方公里。
塞北地区
15世纪30年代后，由于天气转寒，农耕不济，靖难之役时边塞军队被燕王抽调。因此期间边境略有南移。在明成祖永乐年间，明军多次北伐，边境形势一度改观。但在明中叶以后，随着蒙古的再次崛起，边境再次南移。并修建长城(当时名为边墙，参见“明长城”)以防御蒙古，在长城沿线设置九边(辽东、蓟州、宣府、大同、延绥、宁夏、甘肃、太原、固原)重镇加强防御。长城也成为明中后期的北边，同时也是农耕区与游牧区的界线 。
东北地区
明成祖永乐七年(1409年)在东北设置奴儿干都司，下辖130多个卫所，明宣宗宣德九年(1434年)废弃之，共持续25年。但原设于此处的各卫所及辽东都司仍然存在，以对当地实行羁縻统治。明英宗正统年间后，鞑靼兀良哈与建州女真部南迁，并不断侵犯辽东都司。
西北地区
15世纪30年代之后，西北吐鲁番与青海蒙古部日益强大。
西南地区
明成祖永乐四年(1406年)明军进攻安南，南线达到日南州一带。次年设置安南布政使司，下设十五府、卅六州、两百余县。后因当地人民反抗激烈，明廷于明宣宗宣德二年(1427年)放弃，安南恢复黎氏王朝 。
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