马士英推荐阮大铖，是有几分理由的，也不是随心所欲尽说瞎话：
第一，阮大铖是个学习型的干部，通过这些年的自学，已经成为适用的军事人才;
第二，过去对他的处理，事实并不清楚，不能老揪着历史问题不放;
第三，到底能不能用，面试以后再研究决定。
朱由崧同意了，高弘图不同意。
就在阮大铖准备面试的时候，高弘图提出：干部的任命，不能违反组织程序——“须九卿会议”。
马士英是个明白人，知道高大人的这招更狠。干部任命走正常程序，我还要那么多废话干嘛?要绕过程序法，唯有坚持要急事急办、特事特办了。双方的口水战，比控辩双方都热闹。
高弘图见朱由崧没有表态，知道再争论也没有结果，也就不再吱声了。
但高大人丝毫没有退让的意思，不说不等于不做，下班之后便使了动作，结果又是一片反对声，搞得连起草文件的人都没有。
阮大铖复出之事一再受阻，不能统一认识，那只能加强领导。剩下的唯一途径，就是中旨起用。
所谓“中旨”，就是皇帝发出敕谕，不通过相关部门和正常程序，直接交付有关机构执行。中旨在历朝都先例，只是极少使用。领导行使了初始提名权，与会人员反水的毕竟是少数，呼天抢地踢领导更稀罕，何况还是非正常时期。
弘光朝显然相当地非常，使用中旨本无可厚非，只是用在了阮大铖身上，招致诸多非议。
马士英怂恿弘光帝使用中旨，也并非在阮大铖这里首开其端。用作试水的，是张有誉。
张有誉，字谁誉，江阴人，天启二年进士，崇祯年曾任饶州知府，四川按察司，很有官声。吏部尚书郑三俊，举天下廉能官五人，张有誉位居第一，被提拔为南京户部右侍郎兼右佥都御史。
以张有誉的声望，在弘光朝提拔重用自在情理之中。崇祯十七年八月，弘光帝中旨启用他为为户部尚书。
但这场试水同样不平静，中旨一出，群臣立刻抵制。高弘图强烈反对，吏科给事中章正宸封还诏书，其他言官亦上书反对。但这一次，朱由崧坚持了自己的意见。
继中旨启用张有誉之后，朱由崧接着以中旨起阮大铖为兵部添注右侍郎。崇祯十七年九月八日，邸报发布了弘光帝直接下达的谕旨：“阮大铖前时陛见，奏对明爽朗，才略可用。朕览群臣所进逆案，大铖并无赞导实迹。时事多艰，须人干济。着添注兵部右侍郎办事。群臣不得从前把持渎扰。”
——这就是阮大铖的正式任命文件了。
阮大铖复出了，赶紧上了一份《孤忠被陷之由疏》，首先表明对魏党的政治态度，自己与他们事实上的“冰炭之不相容”。接着，阮大铖强调自己与魏大中、左光斗闹翻，是自己要维护弘光的祖母和老爸的声誉，而魏、左则倡“邪议”攻击自己……后一条，通常被视为狡辩。公正地说，拿别人家的事做文章，都是手段，不会是目的。退一步讲，阮大铖在那时做些手脚，也是三余氏《南明野史》讲的，“大铖尝渭人曰：‘我非不愿为君子，他人不许我为君子。’”
当上兵部侍郎后，阮大铖开始做起本职工作。他连上两疏，名曰：《联络控扼进取接应四着疏》、《长江两合三要十四隙疏》，展示一下自己的见识与才能，表明 “臣白发渐生，丹心未老”的决心，以“鞠躬尽瘁，死而后已”而“矢之天日”的态度。
事实上，阮大铖想静下心来做点事，根本做不到。中旨起阮大铖后，群臣哗然，经久不息，操爹骂娘的都有了。情绪最为激烈的，当数刘宗周。
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