普奥战争过后，反对派代表朱尔·法夫尔与梯也尔谴责拿破仑犯下战略错误。埃米尔·奥利维耶解散了政府大多数派，明确表示除非皇帝赋予完全自由，否则将不会与政府合作。奥利维耶也组成了第三党，并要求在1860年的“大法案”基础上取得更多让步。根据1864年的协定，法国即将把驻罗马之军队撤回，引来教皇绝对权力主义者的不满，担心教皇地位不稳。后来，拿破仑也认为有必要处理“大法案”的问题，故此其后他重新赋予立法团的质询权利，并减少对传媒与集会的限制。欧仁·鲁埃想成立“皇朝联盟”(Uniondynastique)作为支持帝国的政党，但未能阻止自由派反对政府。后来发生的国际大事令拿破仑不能抽身处理这些问题。
法国皇帝面对的困境难以解决。他本来希望借助赋予新闻自由与集会自由，避免在言论自由让步，并保持他收回这些自由的机会，但是最后反被自己的政策所误。维克多·雨果的Châtiments、罗什福尔(VictorHenriRochefort，MarquisdeRochefort-LuCay)的Lanterne，以及莱昂·甘必大控诉帝国对路易·夏尔·德莱克吕兹的审判都显示出自由派与政府之对立。
动员无产阶级
那边厢，教皇绝对权力主义者愈来愈不满，而先前受保护的工业则因为自由贸易政策而不满。工人阶级不再政治中立。工人忽略了皮埃尔-约瑟夫·普鲁东激昂批评共产主义的理论，渐渐信任第一国际上卡尔·马克思的集体主义理论与米哈依尔·巴枯宁的革命理论。工人会议因为被禁止而变得著名——工人在社会中的解放与他的政治解放被认定是不可分开。第一国际代表与共和资产阶级的联盟就此确立。
帝国政府对此感到惊愕，并尝试同时压制中产阶级与工人阶级，迫使他们一起开始革命行动，例如连番罢工。在此期间，1869年5月选举举行，令政府再次受挫。虽然政府打着“反对红色恐怖”的旗号，但折衷派的奥利维耶仍未被它接受。40名自由分子于116名第三党成员被选出。故此，政府必须让步，于是在9月8日把一人政府改为议会君主制。1870年1月2日，奥利维耶成为首个责任内阁的首长。
1860年代，普鲁士的崛起令法国深感不安，最后两国因1870年的7月危机酿成战争(详见埃姆斯电报)。7月19日，埃米尔·奥利维耶的政府向普鲁士宣战，而名义上的开战理由则是有关西班牙王位继承问题。普法战争爆发，法军多番受挫，在色当战役大败于普军。拿破仑三世与他剩余的军士在9月1日向普鲁士投降。皇帝投降的消息在三天后传到巴黎。国民议会被人入侵。9月4日下午，巴黎的代表成立新政府。共和派代表莱昂·甘必大在巴黎大会堂(HoteldeVille)宣布帝国灭亡，成立法兰西第三共和国。欧仁妮皇后逃离杜伊勒里宫，到达英国，正式结束了被废除的帝国。帝国被法国国防政府取代。
路易·拿破仑在1871年3月才自愿流亡英国，在1873年去世。他的儿子、拿破仑王朝最后继承人欧仁·波拿巴在1879年去世。
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