嘉庆四年(1799年)正月初三日，乾隆崩于紫禁城养心殿。嘉庆帝颙琰在乾隆死日亲政。嘉庆在办理大行皇帝乾隆大丧期间，采取断然措施，惩治权相和珅，举朝上下，大为震惊。
乾隆做了四年太上皇，仍紧紧地把持着实权。这时的和珅依然受宠，但是毕竟形势发生了变化。和珅在乾隆与嘉庆间采取“四手”：第一手是紧紧依靠太上皇乾隆，第二手是讨好嘉庆皇帝，第三手是限制嘉庆皇帝的权势，第四手是防止嘉庆日后对自己进行惩处。所以他在乾隆和嘉庆之间、在嘉庆面前和背后，都表现了“两面派”。
和珅竭尽全力限制嘉庆，培植任用自己的亲信。嘉庆即位时，他的老师朱珪当时任广东巡抚，向朝廷上了封表示庆贺的奏章。和珅就到乾隆面前告朱珪的状，不过乾隆未予理睬。嘉庆元年(1796年)，乾隆准备召朱珪回京，升任大学士，嘉庆写诗向老师表示祝贺。和珅又到乾隆那里告状，说嘉庆皇帝笼络人心，把太上皇对朱珪的恩典，算到自己身上。这一次，乾隆生气了。他问军机大臣董诰：“这该怎么办?”董诰跪下劝谏乾隆说：“圣主无过言。”乾隆才作罢。不久，和珅还是找了个借口，怂恿乾隆将朱珪从两广总督降为安徽巡抚。和珅还将他的门下吴省兰派到嘉庆身边，名义上是帮助整理诗稿，实际上是监视嘉庆的言行。嘉庆二年(1797年)，领班军机大臣阿桂病故。和珅只知进、不知退，便成为领班军机大臣。
这时的乾隆，已年老体衰，记忆力很差，昨天的事，今天就忘，早上做的事，晚上就不明白了。和珅真正成了乾隆的代言人，也就更加为所欲为。
和珅自作聪明，作茧自缚，自坏其事。颙琰当皇子时，被定为储君。和珅密知此事，于乾隆公布嘉庆为皇太子的前一天，送给颙琰一柄如意，暗示自己对嘉庆继位有拥戴之功。嘉庆笑在脸上，恨在心里。但因和珅是乾隆的宠臣，老奸巨猾，朝廷上下，各种关系，盘根错节，不便动手。嘉庆在乾隆死后短短的15天里，就把一个被先帝恩宠30年的“二皇帝”加以惩治，举措得体，干净利落，取得胜利。嘉庆采取的办法是：
第一，欲擒故纵。嘉庆继位后，太上皇还健在。他面对一个老谋深算，并深受太上皇宠爱的和珅，采取了欲擒故纵的策略。和珅的一举一动，他看在眼里，不动声色。有些大臣在他面前批评和珅，嘉庆说：“我还准备让和珅帮我治理国家呢!”嘉庆向太上皇奏报的一些军国大事，也经常让和珅去代奏、转奏，以此表示信任，稳住了和珅。
第二，调虎离山。乾隆驾崩，和珅失去靠山，死期已经逼近。当天，嘉庆一方面任命和珅与睿亲王等一起总理国丧大事，一方面传谕他的老师署安徽巡抚朱珪来京供职。初四日，嘉庆发出上谕：谴责在四川前线镇压白莲教起义的将帅玩嬉冒功，并借此解除和珅死党福长安的军机处大臣职务。嘉庆命和珅与福长安昼夜守灵，不得擅离，切断他们与外界的联系。这实际上削夺了和珅的首辅大学士、领班军机大臣、步军统领、九门提督的军政大权。
第三，突然出击。正月初五日，给事中王念孙等官员上疏，弹劾和珅弄权舞弊，犯下大罪。初八日，嘉庆宣布将和珅革职，逮捕入狱，在朝野掀起政治大波。嘉庆进行了一系列的人事调整。如初八日，嘉庆命令从即日起，所有上奏的文件，都要直接向皇上奏报，军机处不得再抄录副本，各部院大臣也不得将上奏的内容事先告诉军机大臣。并命宗室睿亲王淳颖、定亲王绵恩、仪亲王永璇、庆郡王永璘等分别掌握军政大权。
第四，制造舆论。嘉庆命各直省和在京大员，就和珅事向朝廷表态。直隶总督胡季堂首先表态，他在奏折中指责和珅丧心病狂、目无君上、蠹国病民、贪黩放荡，真是一个无耻小人，请求将其“凌迟处死”。“凌迟”就是千刀万剐。嘉庆立即批示，在京三品以上官员讨论这个意见，若有不同意见，也可以自行向皇帝上奏。实际上，就是以胡季堂的意见定下基调，并通报各省督、抚，要他们都表明态度。
第五，惩办和珅。初九日，在公布乾隆遗诏的同时，将和珅、福长安的职务革除，下刑部大狱。命仪亲王永璇、成亲王永瑆等，负责查抄和珅家产，并会同审讯。初十日，嘉庆御批“实力查办以副委任”，全面清查和珅大案。十一日，在初步查抄、审讯后，嘉庆宣布和珅二十大罪状：主要有欺骗皇帝、扣压军报、任用亲信、违反祖制、贪污敛财等。十八日，在京文武大臣会议，奏请将和珅凌迟处死，将同案的福长安斩首。
嘉庆四年正月《上谕档》中记载：嘉庆谕示“和珅罪有应得”，就是说怎么严惩和珅都不过分，但考虑到他曾任领班军机大臣，为了朝廷体面，赐他自裁。据说和珅在狱中，自知生命不久，对着窗外元宵明月，感慨赋诗道：“对景伤前事，怀才误此身。”在电视剧《宰相刘罗锅》中有这样的镜头：和珅得到嘉庆皇帝赐给他的三尺白绫，在狱中自尽。福长安以阿附和珅，令其到和珅死所跪视和珅自裁，并革去军机大臣、户部尚书职，逮下狱，籍其家。
第六，讲求策略。嘉庆说，和珅得罪的是先皇，所以要在皇父大丧期间，处治这个先皇的罪臣。和珅被诛后，其党羽皆惶恐不安。有的朝臣上疏，力主穷追其余党。嘉庆并没有这样做，而是在除掉和珅后，马上收兵。
对和珅的亲信，除伊江阿、吴省兰、吴省钦等人给予处分外(和琳已死)，其他由和珅保举升官者或给和珅送贿者，概不追究。嘉庆宣谕：“凡为和珅荐举及奔走其门者，悉不深究。勉其悛(quān)改，咸与自新。”此谕一下，人心始安，政局稳定。
嘉庆对和珅的惩治，动作迅速，干净利索，宽严适当，十分成功。这是嘉庆皇帝一生处理重大政治事件中最为精彩的一笔，也是他作为政治家的惟一杰作。但是，嘉庆定和珅的第一大罪是：在宣布皇太子前一天，和珅向他送如意以示拥戴之功。这表示和珅要投靠新主，其心不能算恶，既不叛君主，也不反社稷，此条构不成杀头之罪。嘉庆将此定为和珅第一大罪状，表明嘉庆胸中没有大格局，掌上没有大手笔。这是嘉庆亲政之后，平庸性格的一次表露。
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