万历年间，顾宪成在东林学院讲学，一批下野官吏纷纷追随，因而有东林之名。朝中赵南星等大臣也遥相呼应。渐渐形成东林党。
天启帝即位后，令东林党人主掌内阁、都察院及六部，东林党势力较大，众正盈朝。杨涟、左光斗、赵南星、高攀龙、孙承宗、袁可立等许多正直之士在朝中担任重要职务，方从哲等奸臣已逐渐被排挤出去，吏制稍显清明。在东林党人的辅佐下，天启帝迅速提拔袁崇焕。
天启二年，下诏为张居正平反，录方孝孺遗嗣，优恤元勋，给予祭葬及谥号。在对待西方占据澳门问题上，态度强硬，多次与荷兰殖民者在澎湖交战，并且获胜。且有罢矿监、安抚辽东的之举。
总而言之，天启初年，东林党势力庞大，凡是反对他们的，都被斥为邪党。
树大招风，物极必反。东林党激进的言行，使得有些人颇为不满，其中有齐、楚、浙三党颇为强势。于是东林党与非东林党的纷争迭起。魏忠贤得势之后，联合非东林党的各派人士，形成“阉党”，直接对抗东林党。
天启三年，魏忠贤执掌东厂，用阉党的势力制衡风头正盛的东林党。
天启四年，李应升、霍守曲、刘廷佐、沈惟炳等大臣进谏，矛头直指魏忠贤。魏忠贤矫诏斥责四人，导致东林党的代表人物杨涟愤恨不已，他挺身而出，弹劾魏忠贤二十四条大罪。魏忠贤跑到天启帝面前哭诉，客氏也为他辩解。
天启帝毕竟心软，见乳母近臣都这么说，于是下旨斥责杨涟。东林党人魏大中等七十余人纷纷上疏指责魏忠贤。叶向高与翁正春建议天启帝罢免魏忠贤，遣他出宫，以平息众怒。然而天启帝怒了，不但不愿意被逼办事，甚至同意宦官王体乾提出的恢复廷杖的建议，用以威胁朝臣。杨涟、左光斗、魏大中等东林六君子先后枉死。
这次党争尚未结束，熊廷弼、王化贞兵败辽东，广宁失陷的消息就传来了。本来轻举妄动的是王化贞，兵败广宁的也是王化贞。但是，熊廷弼与东林六君子私交不错，这就导致了魏忠贤要对付他。最终，熊廷弼与王化贞同一命运，都被处死。
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