光武十年(1906年)3月2日，伊藤博文来到汉城，就任韩国统监。他先后扶植朴齐纯和李完用建立傀儡内阁，又以协助韩国改革为名，抛出“施政改善”的幌子，强迫韩国向日本借款1000万日元，引发了韩国人民的“国债报偿运动”。而高宗皇帝也不甘心做傀儡，《乙巳条约》签订不久，高宗皇帝就秘密写信给美、俄、德、法4国首脑，宣布《乙巳条约》无效，但这四国首脑都不予理睬。
光武十一年(1907年)，发生了“海牙密使事件”。海牙召开第二届万国和平会议。高宗皇帝秘遣李相卨、李儁、李玮钟三人带着高宗致俄国沙皇尼古拉二世的书信和参加会议的委任状前往海牙，控诉日本对韩国的侵略，呼吁各国声援韩国，宣布《乙巳条约》无效。由于与会各国均承认日本对韩国的保护权，于是向高宗皇帝确认代表身份，此时韩国电信权落入日本手中，询问电被日方扣留，伊藤博文闻讯大怒，通知和会委任状系伪造。日本指责韩国违反了保护条约，企图借机废黜高宗。伊藤威胁高宗说： “陛下用如此阴险手段蹂躏日本的保护权，不如对日宣战”，“陛下若想抵抗日本，不必秘密进行，大可以公开干”。伊藤还指使韩国卖国组织“一进会”开展要求高宗退位的活动。在伊藤的唆使和恫吓之下，李完用内阁于1907年7月6日至18日举行3次御前会议。会上农商工部大臣、一进会会长宋秉畯对高宗进行威胁说：“今为陛下着想，只有两计：一则陛下亲赴日本，向其(明治天皇)谢罪，二则陛下……迎长谷川司令官，向其谢罪，不然开战败后将如何受辱，难以设想。”7月17日，李完用等七大臣逼迫高宗退位，高宗忍无可忍，拍案怒斥道：“卿等欲将朕卖与统监乎!”同日，日本外相林董抵达汉城，和总理大臣李完用一起逼高宗退位，双方僵持不下。高宗宣布“军国大事由皇太子代理”，日本人却诡称韩国皇帝已经退位。
光武十一年(1907年)7月19日，日军在汉城南山倭城台正对着庆运宫驾设6门大炮，并派日军包围庆运宫。在日本兵严密看护下，7月20日在庆运宫中和殿举行“禅位仪式”。皇太子李坧即位，是为纯宗，改元隆熙。
纯宗即位四日后，在汉城的日本外相林董和韩国统监伊藤博文将韩国总理大臣李完用唤至韩国统监府，交给他事先拟好的七款《日韩协约》草案。李完用立即召开内阁会议，一字不动地通过了这一协约，当晚李完用在伊藤住所签字，史称《丁未七款条约》(第三次日韩协约)。协约内容是：第一、韩国政府在改善施政方面，必须接受统监的指导;第二、韩国政府制定及采取重要的行政措施，均须事先得到统监的同意;第三、韩国的司法事务，须与普通行政事务区分开;第四、韩国高等官吏的任免，须经统监同意;第五、韩国政府应任命统监所推荐的日本人为韩国官吏。
隆熙元年(1907年)7月27日，日本又迫使韩国傀儡政府公布《新闻法》，7月29日，发布《保安法》，剥夺了韩国人民言论、出版、集会、结社的一切自由。8月1日，日本强行解散韩国军队。这一行动激起了第二次反日义兵运动的高潮，日本急忙集结兵力，才在两年后镇压了义兵运动。同时，也开始了由日本人作为次官，实际掌握中央及地方行政大权的时期。
为加速吞并韩国，日本在韩国加强了军事警察统治。统监府成立时，在韩国的日本宪兵约有800人，隆熙元年(1907年)末已增为2000多人，隆熙二年(1908年)更达到8600多人，宪兵特务遍布韩国各地。日本过去在韩国只有1个师团的兵力，韩国统监府成立后到隆熙二年(1908年)5月前，又增加1个旅团，两个步兵联队(团)和1个骑兵联队。对韩国人民的反抗，采取了残酷迫害和血腥镇压的措施。据统监府显然是缩小的官方统计，从隆熙元年(1907年)7月到隆熙二年(1908年)底，就杀害了近一万五千名反抗日本的韩国人。
隆熙三年(1909年)春，日本外相小村寿太郎令外务省政务局长仓知铁吉起草关于韩国问题的文件。仓知铁吉拟订了吞并韩国的《对韩政策的方针》和《对韩施政大纲》。3月30日，小村向首相桂太郎提交了这两份文件，桂太郎当时即交给内阁考虑。4月10日桂太郎、小村和正在东京的韩国统监伊藤3人就吞并韩国问题密谈。伊藤博文表示完全同意两个文件。7月6日日本内阁通过了文件，并得到天皇批准。《对韩政策的方针》即关于日韩合并的决议规定：“在适当时机断然实行对韩国之合并。使合并后之韩国成为(日本)帝国版图之一部分。” 《对韩施政大纲》则主要有以下内容：在合并韩国时机到来之前，须“在韩国驻扎必要之军队，并增派大批宪兵及警察”;“将韩国铁路移交日本政府的铁道院掌握”;“尽可能多地向韩国移民，以加强日本势力”;“进一步扩大在韩国中央政府及地方官厅的日本人官吏的权限”，等等。 7月12日，日本又强迫韩国政府签订“协约”。韩国政府向统监府司法厅交出司法权和监狱事务，接着又取消了韩国政府的军部。
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