首先，这要从对儒生首鼠两端的朱元璋身上找原因。在朱元璋一生的政治生涯中，既重用佛、道，又时而杀戮和尚、道士。对儒家、法家等也是如此，虽然他经常大骂李斯、韩非等法家，但他治国思想的精髓又多是从法家著作中生吞活剥而来的。
他一向标榜孔、孟，言必称三代，儒家思想似乎是他的惟一旗帜，但他在骨子里又实在看不起儒生。如他命令"有司造成均，凡士人肄习案座，皆以独木为之"，人问其故，朱元璋回答说："秀才顽，使之坚厚，毋败吾案。"(见《明朝小史》卷1)此虽小事一桩，但可以看出读书人在朱元璋心目中处于什么位置。明朝建立之初，不仅治理地方需要大量人才，而且南京中央政权也需要一批文人学士，朱元璋对于罗致治理天下的贤才包括元遗民，还是曾表现出相当的耐心与真诚的。对于一些早期投奔他的读书人，如宋濂、刘基、陶安等，他也一度都非常信任。建国前后，对他们也曾给以特殊优待。如把刘基看成是自己的诸葛亮、张子房(良)，从不直呼其名，而尊称之为先生，这算是皇帝所能给予的最高礼遇了。
洪武初年，在制定处州府税粮时，朱元璋还专门为刘基的故乡青田县减免五合亩税，说是要"令伯温乡里世世为美谈"(《明史·刘基传》)。四先生之一的宋濂，更是一个标准的儒生。他曾做过朱元璋长子朱标的老师，并为朱元璋讲解经史和治国平天下之道。后来任起居注、翰林院学士、知制诰等官，主持修纂《元史》，被称为明代开国文臣之首，是朱元璋的文学、儒学首席顾问，相当长的时间之内，君臣关系相当融洽(见《明史·宋濂传》)。很早就跟了朱元璋的陶安，也同样受到礼重。朱元璋还亲自为陶安的府邸撰写"国朝谋略无双士，翰苑文章第一家"的楹联，使其门楣生辉，文士与荣。
但其他读书人就没有这么幸运了，尤其是攻陷大都后从元朝廷转投过来的那些读书人，最为朱元璋所鄙视，最突出的代表人物要推号称元朝"国史"的危素了。危素在元朝曾参与编修《宋》、《辽》、《金》三史，纂写《后妃》等传。明军入大都，"兵入府藏，垂及史册，公(危素)言于镇抚吴勉辈而出之。由是累朝实录无遗缺者，素之力也"(《玉堂丛语》卷4)。"危学士素以胜国名卿事我太祖，年既高矣，上重其文学，礼待之。一日，上燕坐屏后，素不知也。步履屏外，甚为舒徐。上隔屏问为谁?素对曰：'老臣危素。'语复雍缓。上低声笑曰：'我只道是伯夷、叔齐来。'"(见《前闻记》)如此学富五车之人，尚且受到如此轻慢，其他人就不用说了，动辄惨遭杀身之祸(见拙文《农民皇帝朱元璋的血腥文字狱》)。
朱元璋对历朝历代所给予各路神仙、名人的各种封号也不甚感兴趣。洪武"三年，诏革诸神封号"，只是对孔子还算宽容，"惟孔子封爵仍旧。且命曲阜庙庭，岁官给牲帑，俾衍圣公供祀事"(以上见《明史·礼志四》)。洪武元年(1368年)二月"丁未，以太牢祀先师孔子于国学"(《明史·高祖本纪二》)。又遣使到曲阜致祭，使者临行前，朱元璋谆谆告诫说："仲尼之道，广大悠久，与天地并。
有天下者莫不虔修祀事。朕为天下主，期大明教化，以行先圣之道。今既释奠成均，仍遣尔修祀事于阙里，尔其敬之。"(《明史·礼志四》)但当孔子的后人应诏不赴朝时，朱元璋又龙颜大怒。据史料记载，洪武元年(1368年)三月，大将军徐达攻克山东济宁，至圣先师孔老夫子的故乡曲阜正属济宁路，朱元璋便传令孔子第五十五代孙元国子监祭酒孔克坚到南京去朝见。孔克坚犹豫不决，称病不出，只派他的儿子孔希学前往。朱元璋疑心这位袭封衍圣公看不起他这个出身微贱的皇帝，感觉受了莫大污辱，虽再三压抑，终是恼怒难消，便拟一诏书，快马送给孔克坚，说道："吾虽起庶民，然古人由民而称帝者，汉之高祖也。
尔言有疾，未知实否。若称疾以慢吾，不可也。"孔克坚这才感觉大事不妙，便日夜兼程地赶到了南京。孔克坚的到来，使元璋转怒为喜。洪武元年(1368)四月初八，元璋在谨身殿态度亲切而温和地召见了孔克坚。八月壬申，诏"衍圣公袭封及授曲阜知县，并如前代制"(《明史·高祖本纪二》)。从此，明清相沿，对袭封衍圣公便只"养之以禄而不任之以事"。朱元璋还赐给孔府土地约60万亩，并钦赐洒扫户115户。如此而已。
但极度自尊、刚愎自用的朱元璋，对于"至圣文宣王"孔子这么一个高高在上灵魂的存在，是一百个不情愿。洪武二年(1369年)，他就曾下诏说："孔庙春秋释奠，止行于曲阜，天下不必通祀。"诏令一下，朝野大哗。如时任刑部尚书的钱唐就"伏阙上疏言：'孔子垂教万世，天下共尊其教，故天下得通祀孔子，报本之礼不可废。'"侍郎程徐也上疏劝谏说："古今祀典，独社稷、三皇与孔子通祀。
天下民非社稷、三皇则无以生，非孔子之道则无以立。尧、舜、禹、汤、文、武、周公，皆圣人也;然发挥三纲五常之道，载之于经，仪范百王，师表万世，使世愈降而人极不坠者，孔子力也。孔子以道设教，天下祀之，非祀其人，祀其道也。今使天下之人读其书，由其教，行其道，而不得举其祀，非所以维人心、扶世教也。"(见《明史·钱唐传》)经过大臣们这么一闹，朱元璋也觉得实在说不过去，只得极不情愿地收回了命令。但他一直又心有不甘，于是几年之后，便把这一腔的无名之火发在了孟子老先生的头上了。
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