南明之败，一个非常重要的原因在于没有一个坚强的领导核心，都非崇祯皇帝之血脉。立福王要争，立鲁王要争，立唐王要争，立桂王要争。崇祯本有三个儿子，如果能有一个出现在南方，这些争论就会自然消失。
那么，崇祯皇帝为什么不把儿子遣送一个到南方，以免一筐鸡蛋一下子全被打碎?明朝也有南、北两京之制，留太子在南监国或分封儿子到南方，也是于礼、于法合宜的。
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朱由检继位伊始，大力清除阉党，一纸诏书，即贬掉权阉魏忠贤去凤阳守陵，随后下令逮治。在其自缢而死后，下令磔尸于河间，此后，将阉党二百六十余人，或处死，或遣戍，或禁锢终身，使气焰嚣张的阉党受到致命打击。崇祯皇帝轻易间铲除魏忠贤集团，让他信心满满，自以为无所不能。
朱由检求治心切，很想有所作为，但为人刚愎自用，急躁多疑。因对外廷大臣不满，朱由检在清除魏忠贤为首的阉党后，又重用另一批宦官，给予宦官行使监军和提督京营大权。宦官权力日益膨胀，统治集团矛盾日益加剧。无奈之中，他不断反省，六下罪己诏，减膳撤乐，但无法挽救明王朝于危亡。
崇祯十六年(1643年)，崇祯皇帝派出的剿匪主力、陕西总督孙传庭部队在河南被李自成歼灭，预示首明朝末日的来临。随后，李自成追击至西安，分兵收西北。
1644年，正月初一，李自成在西安建国大顺，改元永昌。正月初八，李自成率兵亲征。他兵分两路，北路主力由李自成、刘宗敏出太原、大同，经河北宣化攻居庸关;南路主力由刘芳亮过黄河，经河南、畿辅北上。兵分两路的战略目标是收降边军，并切断崇祯南逃及明军勤王北上的路线，以成瓮中之鳖之势。
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李自成在讨伐诏书中指责崇祯皇帝：“公侯皆食肉纨绔，而恃为腹心;宦官悉龇糠犬豚，而借其耳目。狱囚累累，士无报礼之心;征敛重重，民有偕亡之恨。……犹虑尔君尔臣，未达帝心，未喻朕意。是以质言正告;尔能体天念祖，度德审几，朕将加惠前人，不吝异数。”希望能劝降崇祯皇帝。
与此同时，崇祯也在做最后的挣扎，他派大学士李建泰“代朕亲征”，并在正阳门行遣将礼，亲自斟酒饯行，最后目送拼凑出的数千人缓缓离去。这次出征，可谓仪礼最隆，效果最差。李建泰的部队根本不敢出战，只在畿辅地区徘徊，最后与刘芳相遇，仓皇北窜，在保定投降农民军。
随后，崇祯帝想出一招险棋：放弃辽东。为对抗辽东满清军队，明朝一直在山海关外驻有精兵猛将。崇祯十七年正月十九日，崇祯皇帝指示大臣调吴三桂入关，但又不明说，而是让大臣们议定再奏。大学士、户、兵密商：“三桂兵精，诚可调以剿寇;而此兵一调，恐宁城士民不免惊疑或致溃散。近报奴营烽火已过松杏，万一乘虚突入，尤为可虑。”
次日朱批：“调三桂马兵助剿，余兵尚多。乘贼三边新安未定之时，此着似不可失。……此等重大军机应行与否，原应先生每主持担任，未可推诿延缓误事。”
一旦吴三桂入京，山海关外土地即会全失。即使救驾成功，依大臣们对崇祯皇帝的了解，他 定会秋后算账，把丧师失地之责任全部推给大臣。所以首辅陈演老奸巨滑，面对皇帝的催促，再次“伏乞圣裁”。
无奈之下，崇祯只好于二十一日朱批：“移宁士马，收守关之效，成荡寇之功，虽属下策，诚亦不得已之思。先生每即拟旨来行。”但崇祯又给自己留下一条尾巴：“如必须再议，先生每即刻会官密议妥确来奏，仍将各官议语各行亲书备览。”
最后廷议的结果是：“请行督抚镇再议宁远弃后关门作何守法，军民作何安顿，总欲完其不敢任之局也。”
时间拖到三月十三日吴三桂进入山海关，五日在永平府安置家眷，根本没有来得及勤王，就已经大势溃散。
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与此同时，明朝本有两京之制，如果崇祯帝能够南迁，虽有可能落得隋炀帝，但也不无险中救胜的可能。因为这样一来，李自成的农民军、皇太极的满清军对明朝的两强相压之势，就有可能因为明朝的南迁，变成李自成的农民军、皇太极的满清军直接对抗的两强相争，他反而可以坐收渔人之利。
但死到临头，崇祯仍是死要面子，他内心特别希望大臣能合辞恳请，以“御驾亲征”名言到南京视事;并留一批官员留守北京。
结果，根本没有大臣愿意提出这条意见，因为“帝欲大臣一言主之。大臣畏帝不敢言，虑驾行属其留守，或驾行后京师不能守，帝必罪主之者。遂无人决策。”谁要是提出，很可能就会让崇祯顺水推舟，自己去南方亲征，提出者就会被“委以重任”留在北京。
拖延之下，至三月时，大顺军合围已成，他已经根本走不了了，所以才有“朕不能守社稷，然能死社稷”之句。
亲征之外，还有别的办法。
崇祯有三个儿子：太子朱慈烺、定王朱慈炤、永王朱慈焕，当时都在宫中。不管是让皇太子南下监国，还是对其他两个儿子进行分封，都可以为崇祯和南明留下一条血脉。
当时有大臣建议，可让太子到南京监国，定王永王就藩(地点未定，但大多数主张是建藩南方)。这本是好意，但与崇祯“御驾亲征”的与本意相违，崇祯于是怒不可遏：“朕经营天下十几年尚不能济，哥儿们孩子家做得甚事?先生早讲战守之策，此外不必再言。”
三月十日，大顺军抵居庸关，总兵唐通和监军太监杜之秩投降。十六日，进占昌平。十七日，到达京师城下。崇祯：“仰天长号，绕殿环走，拊胸顿足，叹息通宵，大呼内外诸臣误我，误我!仓惶召对，人人战栗无策，噤不发声。”
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随后，襄城伯李国祯统京营兵携带火器，对李自成缴械投降。李自成设立沙河总部，让刘宗敏攻城，并派宣府投降太监杜勋劝降崇祯“逊位”。
崇祯想拖延时日等待勤王之师，但根本无师勤王。
十八日夜间无果，刘宗敏一举攻克外城。崇祯带内官向朝阳、安定等门逃跑，均被起义军挡回。
随后，崇祯命周皇后自缢，亲手砍死、砍伤两公主，将太子、永王、定王交太监躲藏。自己则与太监王承恩到景山上吊。
十九日上午，起义军攻占内城，中午，李自成由德胜门入北京城。明朝灭亡。直到死的那一刻，崇祯都认为明朝的灭亡，是别人的错。
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