和同治帝一样，光绪帝正当盛年时却突然死去，成为慈禧垂帘听政之下的第二个牺牲品，而且他的死与慈禧的死仅相差一天。因而，关于他的死因也就引起了世人的种种猜测。
第一种观点认为光绪是患重病而死。在废立风波中，光绪依旧做他的皇帝，但他的实权却丢了，精神也备受打击。光绪帝重重的顾虑极大地影响了他的健康。另外光绪帝自幼孱弱，脾胃素来虚弱。光绪虽贵为天子，却连一个孤儿也不如。据宫中太监寇连材日记说，当时宫中人受各种限制，不能亲近光绪。惟有西太后可以亲近他，而她当时骄奢淫逸，对光绪的生活根本不管。小皇帝每天有数十种菜，但菜皆不能入口。光绪要加菜，御膳房必先告知太后，慈禧必然责备他铺张浪费，不懂节俭，光绪只好从小挨饿。
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光绪在这种情况下，很容易患上重病。《清德宗实录》、《清史稿》、《光绪朝乐华录》等都说光绪久病体虚，至光绪三十四年病入膏肓，最后驾崩，但这些均为官方文件，可信度不一定高。
第二种说法最为流行，说是慈禧谋害了光绪帝。持这种观点者认为光绪虽然长期被囚，保皇党却极依靠他。慈禧自己身体健康，能执政时，百般折磨光绪。晚年，她力不从心了，便想害死他。当时因担任起居注官而能接近光绪的恽毓鼎，写了一部《崇陵存信录》(又名《光绪外传》)，记录了光绪临死前的状况：光绪三十四年(公元1908年)秋忽然传出病重消息，召京外名医入宫诊视。诊脉时，光绪静静地把双手置案上，自己写出病情。入诊者都说光绪身体尚健。
? ?十月初十，逢慈禧万寿节(生日)，光绪出瀛台，替太后祝寿，有人看见他为准备跪拜而活动筋骨。十九日，宫廷大乱，增加侍卫，稽查出入，传言光绪驾崩。次日，宫中恢复了宁静，午后，传载沣监国、溥仪入宫教养之命。二十一日，皇后入瀛台探视，光绪早已气绝身亡。太后闻此，仅叹息几声。
在这则记录里，恽毓鼎实际上暗示慈禧害死了光绪。而且，慈禧宣布光绪病重，和百日维新后废立风波之做法一样。恽氏长期任起居注官，他的话具有一定的可信度。
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而曾在宫中担任女官的德龄女士，则在《清宫二年记》等书中，明确地指明正是李莲英下毒害死了光绪。
民间一直流传着这样一个故事：努尔哈赤在建都东京时，按照风水先生的指点，在当时的东京城西南角修建娘娘庙;在东门里修建弥陀寺;在风岭山下修建千佛寺，想用3座庙把神龙压住，以保龙脉王气。但是，3座庙宇只压住了龙头、龙爪和龙尾，城里的龙脊梁并没被压住。于是，龙一拱腰就飞腾而去，一直向北飞到浑河北岸。努尔哈赤正为此郁闷之时，忽一日有人来报，说是他家附近的树林落下一只凤凰。努尔哈赤急忙带众臣前去观看，刚刚走近，凤凰突然腾空而起，直向沈阳方向飞去。努尔哈赤深知凤凰不落无宝之地，就请风水先生到沈阳察看，发现沈阳真是一个龙兴宝地，于是，当即下决心迁都沈阳。
这个传说似乎过于神奇，也不能作为努尔哈赤突然迁都沈阳的合理解释。但历朝历代，帝王将相建都建城，都把风水放在首位，这却是事实。
沈阳处在浑河之阳，上通辽河，辽河又通大海，又有辉山做依背，山水交融。据《盛京通志》载，沈阳的辉山有“包罗万象、跨驭八荒之势。辽水右回，浑河左绕，佳气轮囷葱郁，万年帝业非偶然也”。又称其山源出长白西麓，由长白而永陵起运(在新宾县境内)，由起运山而福陵天柱山(沈东陵)，由天柱山而昭陵隆业山，一脉相承，直到沈阳以西塔湾而止，是为“龙脉”，也称“龙岗”。努尔哈赤的老巢赫图阿拉城，祖陵永陵，以及沈阳的故宫、福陵和昭陵，都建在这条“龙岗”上。对“龙岗”一说，史书记载很多。
《盛京通志》载：“启运山，兴京城西北十里永陵在焉，自长白山西麓一干绵延折至此，重峦环拱，众水朝宗，万世鸿基实肇于此。”《清史稿地理志》载：“启运山在平岭南麓，永陵之桥山在焉，所谓龙岗之正脉也。”对于东陵所在天柱山，《长白山征存录》载：“启运山西二百四十里为天柱山，太祖高皇帝之陵寝在焉，名曰福陵，距奉天四十余里。又西越奉天城西北十里许，为隆业山，太宗文皇帝之陵寝在焉，名曰昭陵，距长白山一千七百余里，土人统呼为龙岗。”
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相传努尔哈赤在为其父祖选择陵址时，曾请风水先生指点，风水先生指着祖坟上面的山说:这座山形似条龙,南面那座山形似凤凰,中间平原上有一条河(苏子河),这是龙凤夹一杠,后辈必当皇上。
于是，努尔哈赤就在这里建了祖坟，是为永陵，并将这祖坟里的祖宗们追封为皇帝，建陵谒拜。干隆皇帝在东巡拜谒永陵时，曾作《恭瞻启运山作歌》：“长白龙干西南来，灵山启运神堂开。原运流长绵奕世，骈蕃褆祉皇图培……”可见，直到100多年后，努尔哈赤的子孙们对龙脉一说也是深信不疑的。
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