崇祯十七年(1644年)三月，李自成攻克北京，四月二十一日，李自成亲自统率农民军主力十万人(另一种说法是六万人)在一片石一役中被吴三桂与清军合兵击败，四月二十九日，李自成匆忙在北京称帝后于次日率部向西安撤退，随着清军的步步紧逼和大顺军的节节败退，李自成先后弃西安、太原，之后又在湖北阳新、江西九江接连被清军大败，最后在败退到湖北通城九宫山时被当地民军杀死。
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李自成死后不久，其大将刘宗敏又在与清军作战时被俘并处死，一时间，大顺军陷入了群龙无首的境地，而南下的清军又在此时不失时机的对农民军开始了分化瓦解，以期在最短的时间内铲除这股反叛势力，让我们一起看看这些大顺军余部的最后结局。
李自成死后，原本驻守陕北和宁夏地区的西路农民军也开始南撤，他们也相继进入了两湖地区，清廷不失时机的对这股十多万的农民军开始了拉拢利诱，但这支军队的将领李过和高一功并没有被清廷收卖，他们南下联合南明何腾蛟、堵胤锡、瞿式耜等联合抗清，号“忠贞营”，南明隆武帝赐李过名赤心，封为兴国侯，守荆州，在率部转战湘、桂数年后，李过因军中疫病流行而病死，高一功之后率领余部一直坚持抗清到永历三年(1649年)，忠贞营由庆远(今广西宜山)往贵州转移之时，高一功途中遭孙可望部袭击而阵亡，忠贞营也随之瓦解。
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原本追随李自成的东路农民军二十多万人在李自成死后，称李自成为先帝，其妻高氏为太后，推举李自成三弟李自敬(后在转战中不知所踪)为首领，但当时农民军中的田见秀、郝摇旗、王进才、张鼎、李来亨等人各有自己的势力(每人都有两三万的部众)，这些将领们实际上谁也不服谁。
败退湖北后，这些农民军也南下联合南明共同抗清，并接受南明的官职，但随着清军的不断取胜，南明政权所控制的地域也越来越小，在四处转战中农民军的兵力也大量消耗，之后田见秀降清后被杀，郝摇旗在永历十七年(1663年)进攻四川巫山时被俘杀。王进才所部初留屯湘阴，之后被清军击败并转掠沅州、贵州之间，在贵州被孙可望杖杀。
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李自敬失踪后大顺军余部在李过的义子李来亨的率领下坚持抗清，李来亨召集所部数万人，经过多次血战，率领部众自贵州进入川、鄂边境，同先期到达的郝摇旗等部会师，并联合当地其他反清武装，组成了夔东十三家联军。最后湖北省兴山县的茅麓山上的密林深处，建立起抗清根据地。永历十七年(1663年)郝摇旗在进攻四川巫山时被清军俘杀，1664年(康熙三年)清廷集中川、楚、秦三省清军和满洲八旗十万大军在靖西将军穆里玛的指挥下，围攻茅麓山。8月4日，寨内弹尽粮绝，李来亨与妻、子等家人扑向熊熊烈火，全家自杀而死。至此，以原大顺军余部为主体的夔东抗清斗争在坚持了二十年之久后，以失败告终。
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