晚年的狄仁杰，既要一如既往地效忠女皇武则天，又肩负着唐室中兴的重任。他清楚地看到，徐敬业兄弟、琅邪王李冲、越王李贞先后起兵反武，但均被剿灭，告密之风盛行，周兴、来俊臣等酷吏，掌管制狱，杀戮大量李唐宗室，而武周的势力正如日中天一样强大。唐室复兴不是一朝一夕就能完成的，唐室复兴需要一场政变，但时机并不是现在，也并不具备必不可少的条件，它需要隐而不发，韬光养晦，坐待良机。而他唯一能做的，就是恪尽职守，全力辅佐武则天的同时，又不遗余力促成武周政权回归，为唐室复兴做好铺垫。
非常时期，狄仁杰的晚年，注定是不同寻常的晚年。
686年，56岁的狄仁杰出任宁州刺史。当时宁州为各民族杂居之地，狄仁杰体察民情，抚和戎夏，妥善处理各民族之间关系，人心笃定，内外相安。
687年，擢升为工部侍郎的狄仁杰，充江南巡抚使，针对当时吴、楚多淫词的弊俗，奏请焚毁祠庙1700余所，唯留四祠，减轻了江南人民的负担。
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688年，武则天授狄仁杰为豫州刺史，当时的豫州正值越王李贞、琅玡王李冲等“讨武”兵败之后。镇压叛乱的当朝宰相张光辅率兵30万，扩大矛盾，贪功抢掠，以查寻李贞党徒为名，四处抄家，抓捕无辜，连坐者六七百家，籍没者5000余口。一时间冤狱甚起，受害者无数。刚刚到任的狄仁杰，看到哀鸿遍野，民不聊生，遂一面给冤屈死囚开释刑具，一面秘奏武后。明言原案“诖误”，请求武氏“仁恤”武则天深知狄仁杰以国为重，所奏无虚，遂下诏改杀为流，全部流放丰州。
狄仁杰的才干与名望，逐渐得到武则天的赞赏和信任。691年九月，62岁的狄仁杰第一次被任命为宰相。狄仁杰官居宰相，参与朝政之时，也正是武承嗣显赫一时，踌躇满志之日。他认为狄仁杰将是他被立为皇嗣的障碍之一，就勾结酷吏来俊臣诬告狄仁杰等大臣谋反，将他们逮捕下狱。狄仁杰运用自己的机智才谋，死里逃生，真相大白，武则天却不肯完全为他平反昭雪，贬他到彭泽去担任一个小小的县令。赴任当年，彭泽干旱无雨，营佃失时，百姓无粮可食，狄仁杰上奏疏要求朝廷发散赈济，免除租赋，救民于饥馑之中。
696年十月，契丹攻陷冀州，河北震动。为了稳定局势，武则天起用狄仁杰为与冀州相邻的魏州刺史。狄仁杰到职后，号召百姓返田耕作。契丹部闻之引众北归，使魏州避免了一次灾难。
狄仁杰勤政惠民，每任一职，都心系民生，社会声望不断提高，武则天对他越来越倚重。697年十月，67岁的狄仁杰被武则天招回朝中，恢复了宰相职务，成为辅佐武则天掌握国家大权的左右手，参与一系列重大决策。此时，狄仁杰已年老体衰，健康每况愈下，但他深感个人责任的重大，仍然尽心竭力，身体力行，直至鞠躬尽瘁。
98年，突厥南下骚扰河北，掳掠抢杀。任河北道安抚大使狄仁杰，面对战乱后的凋残景象，采取四条措施：
(一)、上疏请求赦免河北诸州，一无所问，使被突厥驱逼行役的无辜百姓乐于回乡生产。
(二)、散粮运以赈贫乏。
(三)、修驿路以济旋师。
(四)、严禁部下侵扰百姓，犯者必斩。很快恢复了河北的安定
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武则天老了，想立侄子武三思为储，以继承她辛苦创下的伟业。狄仁杰犯颜直谏：“我看天底下的老百姓并没有忘记唐皇室的恩德。比如匈奴进犯边境，皇上您下令叫梁王武三思到市面上去招募勇士，梁王招了一个多月也没招满一千人。您又令庐陵王李显代替梁王武三思，庐陵王不到十天就招到了五万之众。如今要立太子，非李显不可!”武则天听后十分气愤，只得罢议。武则天病了，狄仁杰瞅准机会，再次进谏：“您若立庐陵王李显为太子，李显是您的儿子，那么您百年之后，仍可在太庙里享受李氏后人的祭祀，这个荣耀是无穷无尽的。
反过来，您若立侄儿梁王武三思为太子，可从来就没有听说过侄儿当上皇帝后，会把姑妈供奉在太庙里的，您也就没有资格再在太庙里享受后人的祭祀了。”狄仁杰的这番话说中了武则天的痛处，然而到手的李家天下又要还回去，武则天心有不甘。她嘴硬地斥责狄仁杰道：“立谁不立谁这是我家里的事，你就不要来掺和了!”狄仁杰沉着地应答道：“皇上就像是人的脑袋，而臣子们就像是人的手脚一样，本来就是不可分的，何况我还身居宰相之位，像立太子这样的大事，我敢不闻不问吗?”武则天终于感悟，派徐彦伯到房州将庐陵王李显迎回，并立他为太子。
有一次，武则天要求狄仁杰推荐将相人才，狄仁杰说：“荆州长史张柬之，是个将相之才，七十多了，但一直不得志。陛下如果重用他，他一定会感恩戴德，为陛下效力。”武则天于是将张柬之调为洛州司马。过了一段时间，武则天又要求狄仁杰推荐人才，狄仁杰说：“前荐张柬之，尚未用也。”武则天回答说：“我不是将张柬之提拔了吗?”狄仁杰说：“臣所荐者可为宰相，非司马也。”于是，武则天又将张柬之调升为秋官侍郎，又过了一个时期，位升宰相，此外，狄仁杰还先后举荐了桓彦范、窦怀贞、敬晖、姚崇等数十位忠贞廉洁、精明干练的官员。武则天将他们委以重任，他们坚守道德节操，为官一任，造福一方。
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700年，武则天欲造浮屠大像，预计费用多达数百万，宫不能足，于是诏令天下僧尼日施钱以助。70岁的狄仁杰卧病在床，上疏谏曰：“如来设教，以慈悲为主。岂欲劳人，以在虚饰?”“比来水旱不节，当今边境未宁。若费官财，又尽人力，一隅有难，将何以救之?”武则天接受了他的建议罢免了其役。后来武则天欲造大佛，预计费用数百万，狄仁杰闻讯，仍上疏谏阻才罢免这劳民伤财的工程。
705年，81岁的武则天病重，已是强弩之末，时机到了，宰相张柬之联合了桓彦范、崔玄、袁恕己、敬晖等人，发动了宫廷政变，将李显推上皇位，完成了所谓的“唐室中兴”，避免了武则天身后可能出现的政局混乱。
这段盛事，距离狄仁杰去世刚好五年。
我的晚年我做主，正是狄仁杰晚年的最好诠释。
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