王方庆起家越王府参军，受司马迁、班固二史于记室任希古，希古它迁，就卒其业。武后时，累迁广州都督。南海岁有昆仑舶市外区琛琲，前都督路元睿冒取其货，舶酋不胜忿，杀之。方庆至，秋毫无所索。始，部中首领沓墨，民诣府诉，府曹素相饷谢，未尝治。方庆约官属不得与交通，犯者痛论以法，境内清畏。议者谓治广未有如方庆者，号第一，下诏赐瑞锦、杂彩，以著善政。转洛州长史，封石泉县子。迁鸾台侍郎、同凤阁鸾台平章事，进凤阁侍郎。
神功初年，清边道大总管武攸宜破契丹凯还，且献俘，内史王及善以孝明帝忌月，请鼓吹备而不作，方庆曰：“晋穆帝纳后，当康帝忌月，时以为疑。荀询谓《礼》有忌日无忌月，自月而推，则忌时忌年，俞无理据。世用其言。臣谓军方大凯，作乐无嫌。”诏可。武后幸玉泉祠，以山道险，欲御腰舆。方庆奏：“昔张猛谏汉元帝'乘船危，就桥安'。帝乃从桥。今山阿危峭，隥道曲狭，比於楼船，又复甚危，陛下奈何轻践畏涂哉?”后为罢行。方庆尝以“令，期及大功丧，未葬，不听朝贺;未除，弗豫享宴。比群臣不遵用，颓紊教谊，不可长”。有诏申责，内外畏之。
武后尝就求羲之书，方庆奏：“十世从祖王羲之书四十余番，唐太宗求之，先臣番上送，今所存惟一轴。并上十一世祖王导、十世祖王洽、九世祖王珣、八世祖王昙首、七世祖王僧绰、六世祖王仲宝、五世祖王骞、高祖王规、曾祖王褒并九世从祖王献之等凡二十八人书共十篇。”后御武成殿遍示群臣，诏中书舍人崔融序其代阀，号《宝章集》，复以赐方庆，士人歆其宠。以老乞身，改麟台监，修国史。唐中宗复为皇太子，拜方庆检校左庶子。
后欲季冬讲武，有司不时办，遂用明年孟春。方庆曰：“按《月令》‘孟冬，天子命将帅讲武，习射御，角力。’此乃三时务农，一时讲武，安不忘危之道。孟春不可以称兵。兵，金也，金胜木。方春木王，而举金以害盛德，逆生气。孟春行冬令，则水潦为败，雪霜大挚，首种不入。今孟春讲武，以阴政犯阳气，害发生之德，臣恐水潦败物，霜雪损稼，夏麦不登。愿陛下不违时令，前及孟冬，以顺天道。”手制褒允。
是岁，真拜左庶子，进封公，奉入同职事三品，兼侍太子(李弘)，更‘弘’为‘崇’;沛王(李贤)为太子，读书，王方庆奏人臣于天子，未有斥子名者。晋山涛启事，称“皇太子不名，孝敬为太子，更‘贤’为‘文’。今东宫门殿名多嫌触，请一改之，以协旧典。”制可。长安二年卒，赠兖州都督，谥曰贞。中宗复位，以东宫旧臣，赠吏部尚书。
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