鸟居元忠是伊贺守忠吉第三子，幼名鹤之助，小名彦右卫门，天文八年(1539)生于三河国碧海郡渡村。父亲鸟居忠吉，曾在松平广忠死后，家中无主之时，担任冈崎总奉行。
元忠仅十二岁，就随父赴骏府，做了十岁的家康(时称松平竹千代)的近臣。某日，竹千代放鹰出游，想猎些百舌鸟，叫上了鸟居元忠同行。结果元忠连获许多，竹千代的面色便不好看了，接下来一段时间，元忠却突然地百事不顺，跑了许久，仅猎到一两只，远远输给了他，使竹千代玩得很是开心。回去后，父亲忠吉便把他叫走，赞扬道：“要尽力使少爷欢欣，才具有大将的器度。从今而后继续忠勤做事。”
因而家康对元忠的信赖，打那时起就已养成。
永禄三年鸟居元忠立功，家康赏给他军忠状，他固辞不受，说道：“有生之年，仅可事一主，何必得证忠诚?”自此以还，更是屡立功勋。到了天正三年(1575)七月长篠之战，元忠担任先锋，攻诹访原城，左腿遭武田军铁炮击中负伤成了瘸子;一说他之负伤，是在元龟三年(1572)三方原之战。亦在元龟三年，父亲鸟居忠吉死去，由于长兄忠宗和幼弟忠广都已战死，次兄仁藏出家，家督便由元忠承继。天正十年(1582)，本能寺变起，他在甲府击破北条军，入封甲州郡内，并负责守卫甲府城。
武田亡后，德川家的探子侦得武田四名臣中马场信房之女所在，家康即命鸟居元忠搜索，无结果。再问原先的探子，探子惶恐地叩头到地，匍匐着近前说：“这女子已经在元忠家里了，就是他如今的妻子啊!”家康笑不可抑，说道：“彦右卫门这小子，打小就是就是个啥事也做不成的家伙!”
天正十四年，丰臣秀吉给鸟居元忠颁下官位，他以身为德川家臣，不愿沐恩于外，力辞不受。十八年(1590)，鸟居元忠从征小田原，攻破武藏岩槻城，颇得其力，秀吉赐以感状。家康入关东，得封下总矢作四万石。相传，他勇毅朴实，如三河武士的典范，为德川家上下所重。
德川家康宣布讨伐上杉景胜之后，出征之前，六月十六日在大坂城西之丸任命佐野肥后守为留守居，由前田玄以、增田长盛送出大坂，向伏见而去。这天夜里家康来到伏见，鸟居元忠拄这时，德川家康说：“如今我征伐会津去了，你这四人，不得不作留守，想来是很可遗憾的。家中空有许多的人，却留你们在此。然而人数再少，你们的劳苦，我总是有所记挂的。”
鸟居元忠说：“在下并不作如是想。征伐会津这般的大事，家人之中，能多带得一人一骑亦好。京都大坂方今平稳，此城只消交给在下和近正守备便足了事。殿下去后，就算是强敌围城，近有援军，自足坚守，总之，人马贵重，两处分遣就不免于减少了，留着守城也是无益的事。”
这一夜主仆谈起元忠与家康的少年，在骏府作今川人质之事，于是元忠说着“今生の御暇乞にこそ候”(“もし事あらば今夜が永き御别にて候”)，就要告退，他自二十多年前一战负伤以后就已跛脚，摇摇晃晃向外走着，家康便唤小姓去搀扶。看着由小姓搀去了的鸟居元忠的背影，德川家康突然下泪。
六月十八日上午七点左右，鸟居元忠等四人送家康上路，大军昂昂然自伏见城出征，中有名将井伊直政、榊原康政、本多忠胜父子。略言之，其后风云突变，石田三成举兵，果然如鸟居元忠所料，兵指伏见城。
西军宇喜多、毛利等部议攻伏见城，增田长盛说道：“名城伏见，是太阁大人集全日本人力所筑的坚城，兵粮武器积聚其中，了无缺欠。守城的鸟居元忠四将，从内府(家康)年少时就已随侍，允称武勇。近邻城池，互相呼应，兼且兵卒耐战，这城池是轻易攻不下来的。所幸在下和元忠多年相知，便好去说服元忠，要他拱手交出城池，如何?”宇喜多秀家颇为赞成，就议定遣增田家臣山川半平作使者，入伏见城。
鸟居元忠听了来意，答说：“承君好意，然而内府出征之际，令我坚守城池，我只知内府有命，诸君要我开城，断不能够。即使兵寡力孤，亦无移改。取我这白发的首级去，便可得到城池了。”
西军如此则非攻城不可。这其间，近江的代官岩间兵库(光春)、深尾清十郎带着手下甲贺忍者五六十人来守孤城，说是要报家康的恩，宇治的茶商上林竹庵也想入城，言辞相同。鸟居元忠对竹庵说：“你是町人(平民)，战死为耻。说来遗憾，我辈即是穷途末路，也不必用町人守城。早早回宇治去吧。”竹庵为之变色，说：“在下受了内府的大恩，如今身是町人，心却并非町人可比。当家于今危难将临，弃而去之，已违道义，如迫我出，我即切腹在此，仅图献一茶于泉壤也。”
元忠只得允他入城。他据说是丹波上林乡的武士子弟，永禄年间，跟着父亲上林久重移居宇治，种茶为业。久重于桃山时代得任丰臣秀吉的茶头，并作宇治乡代官，总管宇治茶业，有子扫部丞(久茂)、味卜、春松、竹庵;竹庵即其幼子，名为政重，通称又市、又兵卫，又称越前守。天文十九年(1550)生，曾于元龟二年(1571)赴三河，在家康手下做着一介乡吏，领有土吕乡百石。以后在长久手一战中取下两个首级，家康亲赐他感状和枪，任为冈崎町吏。天正十八年有志茶道，归还宇治，剃发取号竹庵，这时已垂垂老矣。他的茶艺并不高明，却由于为人的拙朴赤诚，被千利休赞为“日本第一的点茶”。左图是竹庵的坐像。
七月十五日(松平家忠的日记记为十八日)，宇喜多秀家总领西军出征，四万大军自大坂而来，转瞬间就把城池包围。城中将兵，自元忠以下约有一千八百人，元忠自守本丸，二之丸交给了内藤家长与佐野纲正(1554～1600，曾是丰臣秀次的铁炮手头领，秀次死后始投德川家)守备，三之丸是松平家忠、近正，治部丸由驹井直方守备，名护屋丸由岩间光春、多贺(又作甲贺)作左卫门守备，松之丸由木下胜俊(后来离城)、深尾清十郎守备，太鼓丸由上林竹庵等守备，决意抵抗。
西军的猛攻自十九日始。二十一日，激烈的铳击战推进到外护城河附近，鸟居元忠一连顽强抵抗了十余日。
三十日，西军近江水口城主长束正家麾下甲贺忍者想出一计，派遣鹈饲藤助联络城里的深尾清十郎及甲贺忍者，说道：“望能放火引导我军。如其不然，家乡的一族及妻子悉处磔刑。”藤助把书信附在箭矢上射进了城;记挂着乡里宗族的甲贺忍者果然允为内应，回报说：“今夜亥时放火。”
后世的记载说：“围城十余日，而松之丸守军中，甲贺武士等放火为(长束)正家内应，城遂陷落。”
《甲贺郡志》记载道：“大坂兵围伏见城，山冈景友(道阿弥)告诸士急驰来。”
“二十九日，诸士入同城内松丸拒守。时，增田长盛重臣福原清左卫门谓曰：‘子等悛心属主公，领地如旧，不然一击并殪，妻子见杀。期此数刻，请决去就。’……八月一日伏见城陷。同日篠山、竹林等一族部下战殁三十一人，他之负伤者悉归乡里。一书：此时谋叛诱敌入伏见城之永原十内、山口宗助并甲贺士十八人者，追捕得之，磔于粟田口。”
这其中战死的篠山景春(又名理兵卫、资家)，是甲贺忍者的小头目，曾在织田信长、羽柴秀吉手下做事，长久手之战前，秀吉疑他与信雄勾结，把他逐走，从此隐居在关的地藏边，多年流落不遇。庆长年间，家康上洛，路上听说了他，任为近邻十乡的代官，景春感激良深。据说，庆长五年六月十八日家康路过甲贺郡，宿在石部地方，五奉行中的长束大藏大辅正家，时封水口城主，来见家康，拟于第二天家康过水口驿的时候设宴招待，并且下毒其中。但是阴谋为景春所发，家康戌时起程，夜过水口，十九日抵关，得以无事。
伏见城被围，景春父子家臣同来入城，一时并命。后来家康使他的幼子甚吉(又名理兵卫、资盛、资友)继承父亲领地为旗本，孙子移居江户。《宽政重修诸家谱》说：“相传……景元由大原改称笹山。有子理兵卫景春，改笹文字为篠。其子彦十郎景尚，庆长二年曾会东照宫，五年守伏见城战死。有子弥次兵卫景末，时方襁褓，共其母住近江国甲贺郡山中，后蒙召至江户，属山冈主计头景以，七世为百人组与力。”
对于甲贺忍者的背叛事件，《改正三河后风土记》加意渲染，说：“七月十五日拂晓，总大将浮田中纳言秀家进发大坂，共有三万九千多的大军……用了长束正家的计策，遣浮贝藤助联络守军中的甲贺忍者，授以秘计。守卫松丸的甲贺忍者中，山口宗助、永原十内两人拾得一箭，上有文书说道：效忠反正，于城内放火相应，引入我兵，秀赖公将有莫大恩赏。如不然，故乡的妻子眷属，悉被磔死。此辈大惊，同着甲贺四十余人，回报说：入夜之后，亥、子之间，便在城内放火，示为内应。”
“城兵心知有内通者，惟尽力抵抗而已。内有甲贺忍者处处放火叛乱，外有强敌杀来，松丸守军两下交逼，岩间兵库、上林竹庵战死，深尾清十郎被获，佐野肥后守急点大炮，炮管炸裂，遂被烧死。”
“伏见城的叛贼永原十内、山口宗助并甲贺十八人，都遭追捕，在粟田口地方磔死。”
凌晨，伏见城一角骤然起火，城里的甲贺忍者纷纷凿坏城壁，引入西军。松平家忠、近正、上林竹庵相继战死，鸟居元忠在本丸奋战，三次杀退敌兵，身边仅余十几个人，于是——
“元忠开得本丸门，门际七八间(一间合1.818米，七八间约是十三四米)，士卒三百余，尽拔白刃相待。敌军初入，就听得元忠怒喊：‘杀了一个再死，武士的志愿如此。我在三方原，にて足に手负ひ行步心にまかさざれども、逃んとせばこそ足も赖まめ。いざ最后の军せよ!’一同苦战，全军并命。元忠腰酸骨软，歇在玄关，逢着杂贺孙市重次遍踏尸体而入，便疲惫地说：‘我是鸟居彦右卫门，取了首级去，是你的功名。’脱下甲胄，切腹而死。杂贺绰着他的首级便走。本丸有大门二扇;从大手门外就上了坚锁，一人也不能逃去。”——(《常山纪谈》卷十四之七，第三百十六话，“伏见破城之事附鸟居忠政飨杂贺孙市事”辑录)
这时是庆长五年八月一日。鸟居元忠的首级被悬于大坂城京桥口示众，被佐野四郎右卫门偷走，葬在智恩院中的长源院。鸟居元忠曾向神崎竹谷学过茶，竹谷被西军捕获，带到石田三成面前，报告了元忠身死的经过;三成微微叹息，赏了竹谷一匹马，令他驰去江户，把这等慷慨战死之状告诉元忠的儿子。
伏见城中，死者的血染上地板，后来被好奇者移到京都市内养源院、宝泉院、正传寺、源光庵等寺保管，及今尚存。
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