何休作为一个学识渊博的今文经学家，他治学的态度严谨、认真。他仿效古文经学的注解法著《春秋公羊解诂》，与那些引章断句的博士文有很大的差别，这就是严整缜密，系统性强。他所注经书，虽也不能挽救今文经学的崩溃，但影响却颇大，以至成为今文经学方面的领袖人物。
今文经学是有其思想渊源和历史渊源的。
汉朝立国以后，自从汉武帝时代的董仲舒创立阴阳五行化的《公羊》学以后，所有的今文经学都朝着这个方面发展，也都阴阳五行化了。当时的发展方向表现在两个方面：繁琐与迷信。
所谓繁琐，指今文经学家抓不住要领，去支离蔓衍地解说经文，一部经的经说，解释起来，动辄数十万言甚至多至百余万字，并名之曰“章句小儒，破碎大道”，把浮辞繁多、蔓衍无际当作学问，并津津乐道。
所谓迷信，指孔子不谈神怪，所以，迷信成分在原来的儒家著作中不占主导地位，儒学中还很少神秘主义的东西，而自从董仲舒用阴阳五行学说附会经义，蔓加解释，提出“天人感应”的学说后，今文经学家便增加了迷信成份，另外选择了一个谈神说怪的孔子，把妖言妄语说成是孔子所谓书中固有的，称为“纬书”或“秘经”，总称“谶纬”，并将此看作“内学”，董仲舒《春秋繁露》里就载有求雨的办法。
今文经学与古文经学相对，而且是官学，为当时的统治阶级所重视。许慎、贾逵等人，在当时都是有名的古文经学大师。班固的学生马融注《孝经》、《论语》、《周易》、《三礼》、《尚书》，贾逵本人注《左传》，使古文经学达到了完全成熟的程度。马融的徒众在当时达千余人，象郑玄、卢植等，都是他的学生，因而使当时的古文经学压倒了今文经学。
当时的郑玄，就是古文经学的大师。何休与郑玄恰好同时。当时，何休是今文经学的集大成者，郑玄是古文经学的集大成者。二人如同二水分流，各不相让，各有千秋，各扬所长。何休的今文经学，就是在这种背景下发展成长起来的。因此，何休在今文经学方面的功绩是巨大的。
何休作为一个大学问家，他精研古今诸经，前后花费了整整17年的功夫，以巨大的忍耐力和自信心写成了《春秋公羊解诂》。在写作这部著作时，他废除了繁琐和迷信为特点的章句之儒的俗学，仿古代《春秋》五十凡例，为公羊《春秋》制定了凡例。
他在《文谥例》中说：“新周，故宋，以《春秋》当新王，此一科三旨也。所见异词，所闻异词，所传闻异词，此二科六旨也。内其国而外诸夏，内诸夏而外四夷，此三科九旨也。”三科九旨以外，又有五始、七等、六辅、二类。依据这些凡例，公羊《春秋》才成为有条理的一种经学理论。从这个意义上说，继董仲舒以后，何休是最大的公羊《春秋》学者，而且，他又是今文经学的集大成者。
在东汉时代，以郑玄为代表的古文经学家和以何休为代表的今文经学家的派别之争，似一种隐微的折光，今文经学反映出了统治阶级内部一部分人在政治上的得势，古文经学反映出一部分人企图在政治上得势。斗争的结果，古文经学推倒了今文经学，表现了不同政治势力的彼此消长。当时在这一点上，何休是个失败者。但从后世长远影响来看，何休是成功的，董仲舒、何休的经学又被冠以董何之学，上承孔孟，下启程朱，即先秦子学、汉唐经学、宋明理学一脉相承，是中国哲学、文化的主流，尤其影响了近代思想乃至政治。
个人著作
何休的著作，除了《春秋公羊解诂》外，又作《公羊墨守》、《左氏膏肓》及《谷梁废疾》，以《左氏》及《谷梁》2传，影响到后世。原作已佚，有清人王谟的辑本。
何休另撰有《公羊墨守》、《左氏膏盲》、《谷梁废疾》等。三书均佚，清人王谟的《汉魏遗书钞》辑有各一卷。所谓“墨守”，言《公羊传》义理深远，不可驳难，就像墨子守城一样。所谓“膏盲”、“废疾”，则喻《左氏传》和《谷梁传》之疾不可为也。对此，郑玄曾与他有过辩难。何休还注训过《孝经》、《论语》等，对汉代史事亦颇有研究，“又以《春秋》驳汉事六百余条，妙得《公羊》本意”(《后汉书·儒林列传》)。
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