郑玄曾跟随东汉著名经学家马融学习古文经，后来外出游学十多年，把握经书的源流，辨析学术，考溯源流，花费了很多精力整理篇章，条贯篇目，确定编排。为此，他搜求各家学说，仔细考订异同，进行归纳和判断，做了大量细致的工作。注疏有《毛诗》、《周易》、《论语》等儒学经典。家藏经籍逾万卷，多以儒家经籍为主。但《后汉书·郑玄传》称其“所好群书，率皆腐敝”。郑玄囊括大典，综合百家，遍注群经，将今、古文界限打破，达到了经学的融合与统一。郑玄所注经书，代表了汉代学术的最高成就，被称为“郑学”，对后世经学产生了极其深远的影响。
郑玄以毕生精力注释儒家经典，至今保存完整的，有《周礼注》、《仪礼注》、《礼记注》，合称《三礼注》，还有《毛诗传笺》。失传后，经后人辑佚而部分保存下来的，有《周易注》、《古文尚书注》、《孝经注》、《论语注》。此外，他还曾注《春秋左氏传》，未成，送予学者服虔，遂有《春秋服氏注》。
事实上，郑玄遍注群经，远远不止这些，这里仅列举了主要部分。据清儒郑珍考证统计，郑玄的著述共约有60种之多。郑玄在《戒子益恩书》中说，他致力于经学，是为了“述先圣之玄意，思整百家之不齐”。即是说，他的目的在于阐述儒家思想，使之发扬光大。历史地看，郑玄注经的成就是相当高的，他完成了自己的心愿。
《后汉书》本传总结郑玄的经学成就说：“郑玄囊括大典，网罗众说，删裁繁芜，刊改漏失，择善而从，自是学者略知所归。”这一评价是符合毕实际的。
注释三礼
郑玄最大的功绩是编辑、注释了“三礼”。汉代《礼经》只凭师授而无注解，马融也只注了《丧服》经、传，“三礼”这个名称虽然是马融、卢植提出来的，但却是从郑玄分别为《周礼》、《仪礼》、《礼记》作注之后才确定下来的。《礼记》49篇的选辑本得以独立成书，也始自郑玄。“三礼”是中国古代典章制度的渊薮，是十分宝贵的历史文献，但其中很多记载我们是很难直接从原文弄清楚的，所以郑注是不可或缺的。郑注在帮助我们弄明白“三礼”的内容方面，以及在订正经文的错谬方面，其功绩是不可磨灭的。而且郑玄在解释经文时，又补充了许多经文之外的材料，大大丰富了文献的内容。这些材料在当时肯定是有文献或师说依据的，而今已大多亡佚，有赖郑注而得保存其若干，这也是郑注的一件大功劳。又由于郑玄作注博综古今，广洽精详，兼采异说，若能详加条分缕析，弄清其源流，对于后人研究汉代的学术史，亦将大有裨益。郑玄对礼义的阐发，也有助于今人研究汉代的政治思想史。另外如研究古代的文字学、音韵学、训诂学等等，都离不开郑注。尤其是现今考释地下发掘的先秦以下的文物，郑玄的《三礼注》更是必须依靠的重要文献。总的来看，郑玄遍注群经，而对“三礼”用力最深，取得的成就也最高。其《三礼注》遂为后世治礼学者所宗，孔颖达甚至说“礼是郑学”，这无异说礼是郑学的精髓和主干。自古以来研究郑玄礼学的著作浩如烟海，并分为“中郑”、“驳郑”两派，这正说明郑玄礼学无可替代的历史地位。
现存的《毛诗笺》也是郑注中的力作。笺与注释不同，笺是宗一家之说而又有所引申发明。郑笺以《毛诗故训传》为主，《毛诗》讲的简略之处，便加以补充，有不同的见解，则另加标明，即“若有不同，便下己意”(郑玄语)，实际上也是融会今古经，兼采三家诗说。《诗经》在史学上与文学上都属极重要的一部经典，但由于时代久远，其中许多内容我们今天已经不易理解了。若要真正读懂它，非借助前人的注释不可，而郑笺正是最好的古注本，是《诗经》研究的第一个里程碑。郑笺的成就是多方面的，简括地说，一是对《诗》义的理解较为深刻和符合原意;二是花大力气点明诗的象征特性，突现诗的文学意味;三是在文字、音韵、训诂、博物等方面取得了相当的成就。汉人传诗有齐。鲁、韩、毛四家，但前三家诗相继亡佚，《毛诗》在魏晋以后盛行，郑玄作笺是起了决定性的作用的。郑玄所注群经，经过长时期的流传，如今保存在《十三经注疏》中的，尚存四部，那就是《毛诗笺》与《三礼注》。在《十三经注疏》中，也以这四部注最为渊博详明，明显优于其他各家。宋人刘克庄有《杂咏一百首·郑司农》称赞《毛诗笺》说：“新笺传后学，古诗在先儒。不拟狂年少，灯前骂老奴。”宋人尊郑玄者不多，但《毛诗笺》的成就却是谁也抹杀不了的。
郑玄注《易》，用的是费氏古文，他把象、象与经文合在一起，并在其前面加上“象曰”、“彖曰”字样，以与经文相区分。郑氏易学兼采义理、象数之说。在象数学方面，除用互卦、消息等方法外，还力主五行生成说与交辰说。在义理方面，多采三礼的观点，据礼以证易道广大，凡涉及嫁娶、祭把、朝聘等项，所注皆与礼经所说相合，这一特点与后来易学义理派的治易特点相通。郑玄所注古文费氏《易》流行，今文经的施、孟、梁邱三家《易》便废止了，后世王弼、韩康伯注《易》都用郑玄本，孔颖达《五经正义》即采用王、韩注本，通行至今。
郑玄所注《尚书》用的是古文，但与马融不同，也兼采今文。郑注的《古文尚书》流行，“今文经的欧阳与大小夏侯三家《尚书》”便散失了。至于《春秋》，郑玄本“欲注《春秋传》”，后因与服虔观点多相同，故未成之，但著有驳难公羊家何休的《发<墨守>》、《针<膏盲>》、《起<废疾>》，表明其扬左氏抑公羊的态度。郑学于魏晋南北朝时极受重视。这也是以后《左传》大兴的一个原因。
郑玄还注释过汉代律令。《晋书·刑法志》记载，秦汉旧律诸儒章句十有余家，魏明帝曾下诏但用郑氏章句，不得采用余家。郑玄还注过《孝经》与《论语》，都有较大影响。至于他注释纬书，并用纬书解经，无论对纬书本身，还是对经今文学、古文学、训诂学，也都是有贡献的。
总之，郑玄以其丰富的著述创立了“郑学”，破除了过去今、古文经学的家法，初步统一了今、古文经学，使经学进入了一统时代，对经学的发展做出了重大贡献。
总的看，郑玄以其毕生精力注释儒家经典，是一位空前的经学大师。从唐代起，其所注的《诗》、《三礼》即被视为儒家经典的标准注本，收入九经。宋代又把它列入十三经注疏，长期作为官方教材。直到今天，仍是古经典的权威注本。
教育
论教原则
郑玄遵循儒家经籍中的一贯思想，力主尊师。他指出：尊尊师以教民，而以治政则无过差矣 (《礼记正义》卷二十二)。《诗·周南·葛覃》：言告师氏，言告言归。毛传：言，我也。郑玄笺：重言我者，尊重师教也 (《毛诗正义》卷一)。
值得注意的是，郑玄总是将尊师与重道联系在一起，这是他个人思想的体现。例如：《学记》 大学之礼，虽诏于天子无北面，所以尊师也。郑玄注：尊师重道焉，不使处臣位也 (《礼记正义》卷三十六)。《曲礼》：请业则起，请益则起。郑玄注：尊师重道也 (《礼记正义》卷二)。
《曲礼》：礼闻来学，不闻往教。这本是尊师之礼，郑玄也将其概括为尊道艺 (《礼记正义》卷一)。由此可见，在郑玄看来，尊师的实质在于重道。这是由于教师是道德和学术的代表者。马融曾说：师者，教人以事以谕诸德也 (《通典》卷五十三)，郑玄继承了这一师说。也指出：师，教人以道者之称也 (《周礼注疏》卷九)，这种以重道的角度来看待尊师的意义的态度，比起单纯将师与天、地、君、亲来作比附的态度要积极得多。
郑玄认为，在教学过程中，教师起着主导和支配作用。他指出：师说之明，则弟子好述之，教者言非，则学者失问 (《礼记正义》卷三十六)，这不仅反映了汉代经师具有巨大的权威性，在相当大的程度上也是符合教学的一般规律的。
教师既然具有如此重要的地位和作用，所以郑玄说：师善则善。他将教师本身的品德、学识以及教学态度视为教育成败的关键。郑玄对教师提出了很高的要求。
第一，教师必须行以正直，这在儿童教育中尤为重要。郑玄说：小未有所知，常示以正物，以正教之，无诳欺 (《礼记正义》卷一)，这种 以正教之的主张既是一项教育原则，又包含着对教师本人的严格要求。
第二，教师必须精通学业。郑玄批评那些自不晓经之义，但吟诵其所视简之文，多其难问 (《礼记正义》卷三十六)的教师，这种人看起来是教学方法不佳，其原因还在于他们自己对经籍就没有真正理解，又怎么可能教好别人呢?所以《学记》说：记问之学，不足以为人师。郑玄注：此或时师不必解，或学者所未能问 (《礼记正义》卷三十六)。总之，只知照本宣科，死诵经文，而自己没有研究成果的教师不能说是称职的。
第三，教师必须积极施教。虽然教师有不往教及不复告的戒律，但郑玄认为这并不是减轻教师的教育职责。首先，在教育对象上，郑玄认为人虚己自洁而来，当与其进之 (《郑氏逸书·论语注》卷四)。凡是虚心求学有上进心的，就应该予以促进，而不应因枝节问题而拒之门外。其次，在教学过程中，郑玄虽然反对填鸭式的强行灌注，但他也认为学者既开其端意，进而复问，乃极说之 (《礼记正义》卷三十六)，而反对师肩所隐 (《礼记正义》卷三十六)的作法，可见郑玄并不否定教师的积极施教。
只是这种施教应在学生具有上进心和求知欲的情况下，以启发学生积极思考的方式进行。
第四，教师应该不断深造。按郑玄的话说，就是能够通过教育活动而见己道之所未达 (《礼记正义》卷三十六)。虽然是教诲别人，但要能够通过教育活动达到自反，即求诸己的目的;虽然是促进别人提高，但也要能自强，即自己也修业不敢倦。也就是说，教师既应是教育者，又应是受教育者。总之，教师只有具备以上几个方面的品格和作风，才能当之无愧于崇高的地位和重要职责。
郑玄毕生致力于儒家经籍的研究和传授。他破除了宗师和学派的门户藩篱，集汉代经学之大成，他的经注是后代经学教科书的重要组成部分。他对儒家经籍中所记载的教育设置和教育观点作了大量精辟的阐发，其涉及面之广要超过一般思想家的专题论述。特别是郑玄的教育思想多以经注的形式出现，尽管有依附于经籍，失于支离的弱点，但在将儒家经籍内容奉为圣人之道的古代，却有着超出一般学者论述的影响。
教育学生
《后汉书·郑玄传》称“玄自游学，十余年乃归乡里。家贫，客耕东莱，学徒相随已数百千人”。又记其六十岁时，“弟子河内赵商等自远方至者数千”。由此可见，郑玄当时私门讲学，极一时之盛。
其弟子众多，几遍全国各地，见载于《郑志》、《郑记》与史传者，著名的就有河内赵商、清河崔琰、清河王经、乐安国渊、乐安任嘏、北海张逸、鲁国刘琰、汝南程秉、北海孙乾、山阳郗虑、南阳许慈等等。他的学生有的成了大官，有的成了著名的学者，《后汉书》本传说：“其门人山阳郗虑至御史大夫，东莱王基、清河崔琰著名于世。又乐安国渊、任嘏，时并童幼，玄称渊为国器，嘏有道德，其余亦多所鉴拔，皆如其言。”
看来，郑玄有知人之能，求学者不远千里投到他的门下，也都能确有所得。
人称郑玄“著书满家，从学数万”(《经学史》)恐怕不是虚言，他的弟子总数当不会少于万人。据后人辑佚的《郑志》和《郑记》记载，郑玄在进行教学时，注意采取问难和启发的方式，师徒们锲而不舍，切磋琢磨，治学态度十分严谨。
《食旧堂丛书》中《论语郑注》记下了这样一个故事：《论语》评《诗经》有“乐而不淫，哀而不伤”的话，郑玄注曰：“乐得淑女，以为君子之好仇，不为淫其色也。寤寐思之，哀世夫妇之道。不得此人，不为减伤其爱也。”但是，郑玄在给《毛序》是以“《关睢》乐得淑女以配君子，爱在进贤，不淫其色，哀窈窕，思贤才，而无伤善之心焉”作笺时却说：“哀盖字之误也，当为‘衷’，衷谓中心恕之，无伤善之心，谓好逑也。”这引起了弟子刘琰的怀疑：注《论语》以“哀”释之，注《毛序》又解作“衷”字之误，为何前后不一致呢?郑玄赞赏刘琰的用心思考，他回答说：“《论语注》人间行久，义或宜然，故不复定，以遗后说。”就是说，应采取实事求是的态度，拿不准的就不强作结论，以免贻害后人。博闻、阙疑，慎言其余，郑玄不仅治学如此，也教育学生要如此。
《食旧堂丛书·郑志》记有郑玄与弟子赵商的一段对话，是由《诗·商颂·长发》的序文引起的。《毛序》说：“《长发》，大禘也。”郑玄笺曰：“大禘，郊祭天也。……”这中间牵涉到很复杂的祭礼问题，赵商引古籍不同意郑玄的解释，郑玄在进行了一番说明后批评弟子说：“探意太过，得无诬乎!”在与赵商的另一次谈话时也说：“天下之事，以前验后，其不合者，何可悉情?是故，悉信亦非，不信亦非。”从这些师徒间切磋时的随意性谈话中可以看出，郑玄教育学生是很注意问难式、启发式和因材施教的，这是对孔子的传统的继承和进一步发展。而其教育方面的突出成就，又促进了其学说的传播，终得大行于世。
思想
郑玄存在神学思想，认为有人格化的天神存在，它是宇宙万物的创造者和最高主宰。如其《尚书五行传注》说：天生五材，民并用之。其政道则神怒，神怒则材失性，不为民用。其它变异皆属珍，珍亦神怒，凡神怒者，日月五星即见适于天矣。一事失，则逆人之心，人心道则怨，木、金、水、火、土气为之伤，伤则冲胜来乘珍之，于是神怒、人怨将为祸乱。故五行先见变异以谴告人……
这种天人感应的谴告说，不外乎宣扬君权神授，神化君主。他还进一步认为，如果君主的行为符合天神的意志，就会由上天降下种种嘉瑞、符瑞以示隆兴;反之，若君主过失，上天则会降下种种灾异以示警告。由此进一步推论，则人的生死、贵贱、贫富、祸福都是由天命决定的，所以应该恭顺天命，服从封建统治。另一方面，他还神化阴阳、五行，用阴阳气的盛衰解说事物的变化，以君子属阳，小人属阴，社会之所以乱，乃是阴气过盛即小人当道的结果。所有这些，都是成体系的，并非偶然的提及。当然，这些思想并未超出汉代“天人合一”唯心论思想的范畴，很少有郑玄个人的发明。但他遍注群经，将这些思想融于对经文的解释之中，而且其中又进行了一些系统化的工作，这就将唯心主义神学哲学进一步发扬光大了。总的看，郑玄的哲学思想并不是进步的，但也未尝不具有积极意义，因为它另一方面也强调人的主观能动作用和对自己命运的信心，只要按照天意——实际是某种客观规律——办事，就有可能招致好的结果。
郑玄的政治思想。与其神学哲学观相联系，郑玄在政治上是保守和正统的，他认为封建制度是合理的和永恒不变的，符合天意的，因而积极维护封建统治的中央集权制，反对地方割据势力。从这一点出发，他极力宣扬忠君思想，强调地方服从中央，地方要以“顺道”来事奉君主。他认为，人臣为君而死就是尽忠，是义、勇兼备的行为;而正直、刚克、柔克三德，为人臣者必须具备其一。应该说，郑玄对汉室是忠心的，对军阀割据是痛心的，他在注释群经时总是神化君主，要求地方诸侯服从君主，把封国的财富贡献给天子。他注《周易》与《周礼》，常常寄托自己君贤臣忠的政治理想，而在笺注《毛诗》中，又寄托自己感伤时事之情，这也说明他向往从前、反对现实乱世的态度。另一方面，他还积极宣传孝道，用孝道来为忠君思想眼务。要求人们像事奉父母一样事奉君主，像尊重长兄一样尊重各级封建统治者。总的看，郑玄是一位笃信儒家思想的正统学者，他理想中的政治面貌，应当是君君、臣臣、父父、子子，严守等级秩序，使政治稳定，风调雨顺，国泰民安。所有这些，当然也没有多少郑玄个人的东西，而是传统儒家思想对他熏陶而形成的。但郑玄遍诠群经，已把这些政治思想说成是经典的本义和万古永恒的常则，这对于儒家传统思想的传播，具有重要的意义。
校雠学
郑玄注经，不仅兼录异文，考订疑误，而且致力于考镜源流，厘析篇帙。所以，精擅于校雠学的清人段玉裁，曾在《经义杂记序》中称赞郑玄成校雠学千古之大业。今人张舜徽先生著有《郑氏校雠学发微》，认为郑玄的校雠学成就表现在如下12个方面：一是辨章六艺，即明辨六经之体用;二是注述旧典，理查群书;三是条理礼书，使之部秩井然;四是叙次篇目，在目录学方面有突出创见;五是广罗异本，比较异同，细心雠对;六是择善而从，不拘于师法家法和今古文;七是博综众说，舍短取长，不以先入者为主;八是求同存异，自申己见;九是考辨遗编，审定真伪;十是校正错简;十一是补脱订伪;十二是审音定字。
凡此种种，已大抵涉及到了校雠学的各个方面，后世有志于以整理古籍为务者，皆以郑玄所为作为楷式。中华文化源远流长，古籍浩如烟海，整理古籍是研究传统文化与历史的必需，而校雠之学，又是古籍整理方面的一门专业学问。郑玄的校雠学成就，极大地丰富了中国校雠学的内容，其功实不可没。
训诂学
其次，看郑玄对训诂学的贡献。中国训诂学的起源甚早，而训诂学的成熟发展，则在汉代。汉人的训诂学成就，又以郑玄为最。所谓训诂学，也就是用语言解释语言，郑玄遍注群经，其内容几乎包括了后世训诂学所涉及的全部：包括释词、释句旨、说语源、说通假、注音读、说修辞、说制度、解名物、释方言、校勘文字、分析语法等等。而郑玄所采用的训诂方式，如直训、义界、推因等方法及传统的义训、形训、声训等，亦已相当完备。郑玄注经所用的训诂术语也相当丰富，如：犹，者…也…，所以一也，谓，谓一也，喻，亦，言，…貌，…之辞，…曰…，…为…，谓之，发声，若，之属，所以，之言，属，然，声误，假借，之谓，语助，…之声，当作，当为，今文，故书，古今字，古文，互言，音，读，读若，读如，之言，读曰，读为，读当为，或作等等，皆为后世所沿用，其体例十分严密。总的看来，郑注群经为后世之训诂学起到了导源的作用，大有发几起例之功，实为中国训诂学之起源。
音韵学
郑玄对古音韵学的发展做出了一定的贡献。郑玄有探索古音的创始之功：
一、是他第一次明确指出了“声类”和“音类”，并注意发挥其在注释中的作用。
二、他分析了“声类”和“音类”的不同点：大抵发音部位相同的叫做“声类”，收音部位相同的叫做“音类”，凡是“声类”、“音类”相同或相近的字，其义必相同或相近。这在音韵学上所起的作用是不容忽视的。
词汇学
在词汇学方面，郑玄总结和发展前人的研究成果，在注经过程中对词的诸多义项和用法进行全面训释，从而巩固了先秦以来词义发展的成果。春秋战国时文化空前繁荣，经典史籍所用之词达到了极大丰富，但是作为词的记录的单字，数量却并未增加多少，词汇的丰富性主要是通过一词多义表现出来的，即是说，词在这一时期产生了大量的引申义与假借义。许慎的《说文解字》主要在于明辨字的本义，正本清源，功绩巨大，但很少涉及引申、假借问题。郑玄则重在阐述词的引申义与假借义，并揭示出了一些客观规律。
由此看来，郑玄的功绩已可与许慎相媲美，对词汇学的发展有杰出贡献。
人物评价
马融：诗书礼乐皆东矣。
袁绍：吾本谓郑君东州名儒，今乃是天下长者。夫以布衣雄世，斯岂徒然哉?
虞翻：若乃北海郑玄，南阳宋忠，虽各立注，忠小差玄而皆未得其门，难以示世。
华歆：伏见故汉大司农北海郑玄，当时之学，名冠华夏，为世儒宗。
范晔：①郑玄括囊大典，网罗众家，删裁繁诬，刊改漏失，自是学者略知所归。王父豫章君(范宁)每考先儒经训，而长于玄，常以为仲尼之门不能过也。及传授生徒，并专以郑氏家法云。 ②玄定义乖，褒修礼缺。孔书遂明，汉章中辍。
陈元靓：汉传六季，艺文乖舛。实生纯儒，克明大典。斈徒既盛，师道益显。疏爵昌夜，允章积善。
归有光：世之所谓博洽之学，雕虫之技，传经之家，若司马迁、刘向、郑玄、王弼之流也。
顾炎武：大哉郑康成，探赜靡不举。六艺既该通，百家亦兼取。至今三礼存，其学非小补。
王夫之：何休、郑玄之治经术，京房、襄楷、郎顗、张衡之论治道，始以鬼魅妖孽之影响乱六籍。而上动天子，下鼓学士，曰此圣人之本天以治人也。
赵翼：如郑康成一代大儒，郑兴、贾逵亦深于经学，乃不入《儒林传》。
《剑桥中国秦汉史》：我们可以看出一种开始脱离帝国太学的趋势，这在后来出现于东汉的独立的经学研究的私家学校中反映了出来，这些学校以马融(79—166年)和郑玄(127—200年)办的最为著名……东汉最杰出的学者郑玄的注疏在其后的经学研究中起了非常巨大的作用，事实上他在其注疏中就放手地大量使用谶纬著作，以尽力调和注释的不同学派。
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