黄宗羲虽然是著名的思想家，但是他的政治思想过于理想化，身在明朝，却主张限制君权和设立丞相，从“民本”的立场来抨击君主专制制度者，堪称是中国思想启蒙第一人。他的政治理想主要集中在《明夷待访录》一书中。
限制君权
《明夷待访录》一书计十三篇，该书通过抨击“家天下”的专制君主制度，向世人传递了光芒四射的“民主”精神，这在当时黑暗无比社会环境下是极其难能可贵的。《原君》是《明夷待访录》的首篇。
黄宗羲在开篇就阐述人类设立君主的本来目的，他说设立君主的本来目的是为了“使天下受其利”、“使天下释其害”，也就是说，产生君主，是要君主负担起抑私利、兴公利的责任。对于君主，他的义务是首要的，权力是从属于义务之后为履行其义务服务的。君主只是天下的公仆而已，“古者以天下为主，君为客，凡君之毕世而经营者，为天下也”。然而，后来的君主却“以为天下利害之权益出于我，我以天下之利尽归于己，以天下之害尽归于人”，并且更“使天下之人不敢自私，不敢自利，以我之大私，为天下之大公”，“视天下为莫大之产业，传之子孙，受享无穷”(均见《原君》)。对君主“家天下”的行为从根本上否定了其合法性。
黄宗羲认为要限制君主的权力，首先得明辨君臣之间的关系。他认为：“原夫作君之意，所以治天下也。天下不能一人而治，则设官以治之。是官者，分身之君也。”从本质上来说：“臣之与君，名异而实同”，都是共同治理天下的人。因此，君主就不应该高高在上，处处独尊的地位。就应该尽自己应尽的责任，即为天下兴利除害。否则就该逊位让贤，而不应“鳃鳃然唯恐后之有天下者不出于其子孙”。
至于为臣者，应该明确自己是君之师友，而不是其仆妾，“我之出而仕也，为天下，非为君也;为万民，非为一姓也。”如果认为臣是为君而设的，只“以君一身一姓起见”，“视天下人民为人君囊中之私物”，自己的职责只在于给君主当好看家狗，而置“斯民之水火”于不顾，那么，这样的人即使“能辅君而兴，从君而亡，其于臣道固未尝不背也”，但同样是不值得肯定的。因为“天下之治乱，不在一姓之兴亡，而在万民之忧乐。”这就是黄宗羲的君臣观。它对传统的“君为臣纲”，“君要臣死，臣不得不死”的封建纲常，无疑是一个有力的冲击。
设立丞相
黄宗羲提出的限制君权的另一主张就是设立丞相。他认为：“有明之无善政，自皇帝罢丞相始也。”这是因为：
第一，“古者君之待臣也，臣拜，君必答拜”，彼此是平等的。“秦汉以后废而不讲。然丞相进，天子御座，在舆为下”，还多少保持着主客的关系。现在罢除了宰相，就再没有人能与天子匹敌了。这样，天子就更加高高在上，更加奴视臣僚，更加专断独行，为所欲为。
第二，按照封建宗法制度的规定，天子传子，但“天子之子不皆贤”;在这种情况下，幸赖宰相传贤而不传子，“足相补救”。可是在罢除宰相之后，“天子之子一不贤，更无与为贤者矣”。这样，势必会给国家和人民带来无穷的灾难。
第三，废除宰相后设立的内阁大学士，其职责只是备顾问以及根据皇帝的意旨批答章奏，内阁没有僚属，没有力事机构，其事权很轻，根本不能与昔日的宰相相提并论，内阁既无实权，而天子又不能或不愿处理政事，于是就依靠一群凶残的宫奴来进行统治，这就出现了明代为害至深且巨的宦官专权。
黄宗羲提出设宰相一人，参加政事若干人，每日与其他大臣一起，在便殿与天子共同议政。章奏由天子批答，“天子不能尽，则宰相批之，下六部施行。更不用呈之御前，转发阁中票拟”;阁中又缴之御前而后下该衙门如故事往返，使大权自宫奴出也。”此外，宰相设政事堂，下分若干房，分管天下庶务;“凡事无不得达”。设立宰相，是一种限制君权过分膨胀的有效措施。但它并不是责任内阁制。因为皇帝仍然大权在握，仍然是名符其实的国家元首。
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