朱元璋在南京称帝后，任命刘基为谋臣，追赠他为“开国翊运守正文臣、资善大夫、护军乡侯、临川伯”。后来，又加封他为“太史令”。
1370年，朱元璋授命刘基在家乡青田县乡建封地，这就是今天浙江省文成县。
1374年，刘基的封地增加了，并改封为“诚意伯”。他每年只领俸禄，不论其余。要是别的官员，早就利用自己的职权，巧取豪夺，富得流油了。但刘基从不这样做，他是胸怀坦荡的君子，不愿做那种令人不齿的事情。
胡惟庸做了宰相后，他曾向刘基征地，想作为自己的墓地。但刘基怎会让他得逞呢？他给胡惟庸讲了一番大道理，胡惟庸只好败兴而归。
胡惟庸对刘基很不满，在朱元璋面前说刘基的坏话，可朱元璋并未说什么。
后来，刘基生病了，胡惟庸派医生来看望他，并给他开了药。刘基吃了药后，很不适服，背上生出了两块紫黑色的毒疮。
朱元璋听说后，派自己的御医去替刘基看病。御医只是给刘基吃了点药，毒疮并未治愈。
1375年5月25日，刘基离开了人世。
在刘基生病期间，胡惟庸曾奉朱元璋之命去看望过他。胡惟庸走后，刘基大发感慨：“我对天发誓，若胡惟庸一党叛乱，我必将他们粉身碎骨。”
胡惟庸曾向刘基学习过风水占卜之事。刘基说：“我走到哪里，都不会与别人争夺权力。”
不久，胡惟庸谋反案发，朱元璋追查与他勾结的人，却没有刘基的名字。
朱元璋亲自查问，才得知刘基已死。
朱元璋十分悲伤，便命令有关官员祭祀他。
后来，朱元璋看到了一篇关于解释平叛胡惟庸一事的文章，文中写得很有道理，写文章的人并未因胡惟庸之事受到牵连。
朱元璋看完文章后，又想起了功勋卓著的刘基，如果他还健在，自己定能与他共同商讨国家大计。
“唉！”朱元璋叹息道：“刘伯温不幸早死，真乃天意！国家刚刚安定，像他这样德高望重的人，确实不应该早早离开人世啊！”
可悲可叹的刘伯温，若没有胡惟庸的挑衅和挤压，他还会延长生命。他本打算解甲归田，安享天年，可胡惟庸却一再挑衅，让他在65岁时离开了人世。
临终前，他穿上了那件龙袍（朝服），将它与自己的寿衣一并装入棺材。这不是他想炫耀自己曾经对大明的功勋，而是想让后代子孙明白穿龙袍、做天子是何等的荣耀！
他对历史的重要贡献已载入史册，他的足智多谋、耿直无私、贤能清廉的品质将永远受到世人的敬仰！
朱元璋获悉刘伯温去世后十分感慨：刘伯温是当世奇才，是张良一类的人物！可他福薄命短，要是他多活几年，我还能这么优哉游哉地当我的皇帝么？！”
为了感念刘伯温的功绩，朱元璋命令以太牢之礼安葬刘伯温。
刘伯温的死因真相
关于刘伯温的死因，有的史书说：胡惟庸曾派医生来给他治病，但开的药没吃完，背上又生毒疮，不久就死了。
这一说法不大可信。
刘伯温在洪武四年告老还乡。他在家乡每日饮酒下棋，或闭门读书。
关于刘伯温死亡的真正原因，《明史》是这样记载的：疾笃，居青田乡调养，其子刘琏从北京私购一冬虫夏草来给他服用，却不知此草乃是滋阴补阳的药品，故愈服而病愈重。当时诸臣拟晋爵太师。惠帝制服褒扬。至正二十三年七月十六日逝世。
从《明史》
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