公元1275年，忽必烈再次向日本派遣使团，由礼部侍郎杜世忠和兵部侍郎何文著带领，要求日本称臣，以免再度兴师入侵日本。
公元1275年4月15日, 元朝礼部侍郎杜世忠、兵部郎中何文著一行抵达日本长门国的室津，他们的计划是越过太宰府，与日本京都朝廷直接进行交涉，却被长门守护押送回太宰府。太宰府接到北条时宗的命令，又将使团成员送至镰仓。
这是忽必烈所派出的使团第一次来到镰仓，但是迎接他们的不是谈判桌，甚至不是以往的拒绝，而是日本武士的斩首极刑。这一次，年轻的北条时宗态度更为强硬。
公元1275年9月7日，使团主要成员共计五人全部被拉到镰仓郊外的龙口斩首。
临刑，杜世忠作此绝命诗篇：
出门妻子赠寒衣，
问吾西行几日归?
来时徜佩黄金印，
莫见苏秦不下机。
杜世忠的悲剧一方面是因为幕府“为他们最近的成功而骄傲,相信上帝能挽救他们”，更多是源自于镰仓幕府的武家政权特质。
日本学者今谷明对此所作的分析可以说是相当客观的：“被置于长期锁国状态下的为政者的无端猜疑，往往容易引起国家之间的悲剧 多次杀害元使节的得宗政权就是其典型。既然杀害了外交使节 日本方面已经违反了规则，那么文永、弘安的战争就不能单纯地看作元的单方面侵略了。”
在被北条时宗处死的使者中，有汉人也有高丽人，还有畏吾儿人。
忽必烈不可能忍受这般侮辱。
在当时，蒙古人作为一支古朴的民族，其杀戮成性代表了它落后的一面，但是他们也更加坚定地认为斩除使者是两国交往的大忌，是对自己最大的污辱。
早在公元1218年，当花剌子模国王处死了成吉思汗的使者和商队后，就曾引起成吉思汗的极大愤怒，蒙古帝国第一次西征即因此而爆发。
忽必烈与他的祖父一样，决定不惜一切代价惩罚日本。他一方面多方招募军队、筹集物资，另一方面决心与日本周旋到底，继续“任性”地派遣使者要求日本迅速朝贡称臣，他似乎是要验证日本人到底能把自己轻视到何种程度。
公元1275年2月末，元世祖忽必烈将由南宋降卒组成的“蛮子军”一千四百人派往高丽，进扎在海州(黄海道海州)、盐州(同道延安)、白州(同道白川)三地 这三州一直以来都是蒙古军团的屯田驻地。
9月，大都方面又派人探索到日本的新海路，并命高丽再次修造战舰。
10月，高丽任命金光远为庆尚道都指挥使，负责修建战舰。
11月，高丽王室又向庆尚道征发羽毛和铁材。
公元1276年正月，高丽方面突然接到了停止对日战备的诏书。其原因并不在于元世祖忽必烈接受了高丽君臣的“哀哀之诉”，而是因为在中国大陆长江以南的宋元战场上，元军自公元1273年2月攻陷襄阳后，长驱而下直取江南，但战事进展并不顺利。江南的江湖人、平民百姓、南宋正规军这些民间和官方力量成为元军阻碍。但战事毕竟在艰难推进，公元1274年正月，南宋安庆府宣告沦陷，府知事范文虎向元朝投降。公元1275年，建康又陷，元军兵锋直指南宋首都临安。一路打来，南宋军民坚强的抗战意志，使忽必烈认为临安绝不是那么容易就打得下来的。所以忽必烈就先停止对日征伐，以灭亡南宋为要务。
在忽必烈发动第一次东征日本战争的同时，南宋依然是它的军事推进重心。比如在公元1274年12月，从襄阳出发的伯颜足足率领战船一万艘战船进入长江，与南宋水军进行交锋，而第一次东征日本之时忽必烈只是派遣了九百艘高丽式战船。
江南战区的军事进展却比忽必烈预想的要顺利。显然，随着襄阳、樊城、临安等重镇的陷落，南宋朝廷已经失去继续抵抗的意志。
公元1276年2月5日，与中国北方政权对峙长达一个半世纪的南宋政权基本落下帷幕 南宋首都临安城陷落，七岁的宋恭帝和谢太后在惊恐中向元朝投降。
从海路逃离临安的陈宜中、张世杰等人，又拥立皇太子为帝，改年号为景炎元年，在福建、广东等沿海地区继续抗元活动，并且他们手中也有一支不可小视的陆海军力量。
当中国大陆的战事没有结束之时，元朝无法调集充分的人力物力开辟大规模的第二战场。而当南宋已经基本平定，元朝当然要回过头来继续进行远征日本的工作。
公元1277年12月，对于忽必烈来说，高丽发生了一件不愉快的变故，可以认为是第二次东征日本前的一个小插曲。
在那里，有人密告高丽将军金方庆私藏兵器战舰，试图攫取高丽政权，并起兵反元。甚至连高丽国王对忽必烈的忠诚度也被人猜疑。因证据不足，一时未作处理。
第二年1月，与金方庆同朝为将又同样被元世祖倚重的高丽大将洪荼丘接手了这个案子。他与金方庆素来不和，双方矛盾的焦点在于权力的争夺。他以酷刑逼迫金方庆招供，在冰天雪地里金方庆“肌肤冻如泼墨”，但是金方庆这位身经百战的将军没有招供。
忽必烈没有听从洪荼丘的一面之词，将金方庆召回元大都，试图将金、洪二人矛盾作淡化处理，还给予高丽政府更多的自治权。这一年，他赐给高丽国王一枚“驸马高丽王”金印。
忽必烈未必对金方庆没有丝毫的怀疑，作为一个在马背上出身又试图以“汉法”治国的帝国元首，他很清楚人性是什么东西。臣属的忠诚与否，在很大程度上只是取决于皇帝的实力。
南宋抵抗势力终于在公元1279年2月被元军荡平。崖山一役，南宋丞相陆秀夫背负八岁小皇帝跳海赴死，海上浮尸十万众，给南宋王朝彻底画上了句号。那位幼小的帝王和他的数万主动赴死的臣民，认为自己死得其所。
紧接着，忽必烈命江南的扬州、湖南、赣州、泉州四省建造军舰六百艘备征日本。
日本学者中岛乐章这样推测：“在第二次远征日本所用战船中，东路军九百艘战船全部由高丽建造，而可以得到确认的江南所造战船，仅有至元十六年(即1279年)的六百艘，其中泉州所造战船，仅有五十艘。且不论《元史》中没有记载的造船数，单从当时最大的海港泉州的造船数仅有五十艘这一点来看，新建造战船也不过数百艘。而第二次远征日本时，江南战船总数竟有三千五百艘，其中大部分极有可能是元军截获、接管原南宋水军的战船 其中内河船舶又居多 由于内河战船吃水较浅，抗暴风雨能力较弱 ”
在下达造船命令之后，元世祖又召见南宋降将范文虎，问其东征方案。
作为一名战将和降将，范文虎当然想立即立下战功，但是他又试图通过和平的方式解决日本问题。他建议元世祖，在出征之前由他以南宋旧臣的立场再派一次赴日使者，希望能够说服日本来朝。忽必烈并不反对。
于是范文虎的两名使者周福和栾忠被派向日本，在6月下旬到达博多湾，为表示善意，他们甚至带了一名日本在华留学僧一起前来。
事实证明，这次出使行动是典型的狗尾续貂、自讨无趣之举，镰仓幕府已经杀过一批使者，北条时宗不在乎再杀一批。就连态度相对和缓的京都朝廷都认为“亡宋旧臣直奉日本帝王之条，诚过分欤!”
周福和栾忠在博多被斩首。
元世祖忽必烈也可能根本对这次出使没有寄予丝毫希望。
公元1281年正月，忽必烈召集阿剌罕、范文虎、忻都、洪荼丘等将领，亲自主持召开东征日本军事会议。
元朝最终确定设置征日司令部“征收日本行中书省”，并将东征大军兵分两路：一路以洪荼丘、忻都、金方庆为首，率蒙古、高丽、汉军四万人、舵工水手一万七千人，分乘战舰九百艘自高丽合浦出港;一路以阿剌罕、范文虎为首，率江南军十万人、战船三千五百艘，自宁波港出发，这批江南军队还受命携带农具、稻种，意图赴日屯田，以为长久之计。
两军约定于6月中旬在壹岐汇合，共同进攻博多太宰府。
2月20日，东路军诸将从大都出发，临行前，元世祖忽必烈特地对他们作了以下说明和要求：“始因彼国使来，故朝廷亦遣使往，彼遂留我使不还，故使卿辈为此行。朕闻汉人言，取人家国，欲得百姓土地，若尽杀百姓，徒得地何用。又有一事，朕实忧之，恐卿辈不和耳。假若彼国人至，与卿辈有所议，当同心协谋，如出一口答之。”元世祖的告诫简而言之为两点：一、依照汉法，取人国家，不可滥杀无辜;二、众将要戮力同心。
日本方面也并非坐以待毙。在第一次蒙古来袭的战事中，幕府执权北条时宗痛感日军指挥散漫、战斗力低下，便三令五申整饬军律，进一步强化“异国警备番役”制度，北条时宗在公元1280年年底的一份幕府法令中警告说：“蒙古异贼等明年四月可袭来云 近年守护御家人 多以不和之间，无同心仪之由 不顾天下大难，甚不忠也，御家人已下军兵者，随守护之命，可致防战之忠 相互以背仰者，永可被处不忠之重科 ”
北条时宗屡次劝谕，他对将军们的要求与忽必烈如出一辙：希望各方面能够放弃内讧，精诚团结。
按照元军的既定作战计划，东路军于5月3日从高丽出发，顺风抵日，第一部作战目标仍然是攻取对马岛和壹岐岛。
东路军在日军干扰下完成登陆，以大炮首攻，骑兵冲锋，附以弓弩，日军败退，其将领少贰资时战死。5月21日，元军占领对马岛、壹岐岛。
元军二度来袭、日军临阵败退的消息很快传至京都，朝野上下再次陷入慌乱境地，一时间人心惶惶，京都官民疯狂储备粮食，以致无米可买。
日本后宇多天皇得到消息后在神宫整整祈祷七天七夜，龟山上皇则派人到伊势神宫许愿“愿意殉身以代国难”。
幕府执权北条时宗得知战况的时间稍晚，他问计于南宋赴日僧人祖元大师，祖元要求他“血书大经”，北条时宗立即刺破手指以血写经祈祷。这种行为对于战争的进展表面上看没有关系，却能最大限度地凝聚本国民心。这大概就是宗教的厉害之处。
另一方面，面对元军的继续推进，日军也加紧了防守部署。参加过上一次抗蒙战争的藤原经资依然任九州地区战事总指挥，他动员了约四万武士守卫沿海石垒阵地，甚至连其老父都披甲参战。此外，四国等地的武士约六万人也被紧急动员，以作为后续兵力补充前线。
显然，元军二次东征所面对的抵抗要超过第一次。
东路军在首战告捷之后，按照早先的部署，应于此地等候南路军会师。
洪荼丘、忻都等将领，有抢功突进的冲动。并且他们从捉到的日本岛民口中得知，日本已于太宰府西部六十里处进行战备布置。东路军立即将这一情报向位于高丽合浦的“征收日本行中书省”做了汇报，认为无军应该乘日军布置未备之时乘胜进击。日本行省很可能默认了这一计划。
东路军没有再等待江南军的到来，而是先绕过对马和壹岐，于6月6日南下进攻博多湾。
由于镰仓幕府早在首次遭受蒙古来袭之后，就在博多沿岸构筑了石堤等防御工事，而且有四万日本武士严加守卫，元军很难找到合适的登陆地点，于是转而进军守备相对薄弱的志贺岛。
志贺岛地形狭窄，使得元朝大军团难以发挥优势，反而使得日本武士单兵作战习惯的优势得以发挥。元军在志贺这个小岛没有取得任何实质性进展。
当天夜里，日军借助夜色对停泊在志贺岛沿海的元军船只发起袭扰，且偷袭成功，焚船而逃。
元军自此加强了戒备。
日方的偷袭不但不能奏效，反而导致本国武士死伤惨重，随即下令停止夜袭。但是像伊豫国御家人河野通有这样的顽强武士仍旧坚持连续袭扰元军。
6月7日黄昏时分，河野通有带着两艘小船对元军船只发起自杀式突袭。偷袭行动被元舰发现之后，一时间矢石如雨，河野通有五名部下立时横尸船头，其伯父也在随后的战斗中负箭身亡，河野通有本人则被石弩击中。
接下来的几天里，元日两军继续发挥各自己的优势进行对垒。面对大军压境，日军不能将元军逐出志贺岛及其附近海域，但是元军也未能成功突破日军防线，登陆该岛。双方陷入了胶着状态。
日本《八幡愚童训》记载：“六日至十三日，昼夜合战不休”。
元军从高丽合浦出兵至今，已在船上连续生活一个多月。盛夏的酷暑和生存环境的恶劣使得元军中开始蔓延传染病，已有两三千人病死。
在今津方面，企图登陆的元军也被驻防当地的萨摩、大隅等国的武士所阻止。
这时，同江南军的汇合期限将至，忻都等将领经过商议，决定撤回壹岐岛该岛是两路大军事先约定的会师地点。
虽然元军进展受阻，但是日军战败的流言却在日本内地流行开来。在京都，甚至传言“九州已经灭亡，不久就会攻打京都”。
东路大军在壹岐岛逗留一段时日之后，眼见与江南军约定的会合期限已过，该岛周围却仍然不见一只帆影。
忻都召集众将，进行了数轮磋商，寻求对策。
高丽籍大将洪荼丘认为形势不容乐观：“向约江南军与东路军六月望前会于壹岐。今南军不及期，我军先至，大战者数矣，船腐粮尽，将其奈何?”
此时，洪荼丘已生退意，只不过没有明说而已。但其他将领也拿不出好的主意，就连一向敢言的金方庆此时也不发一言。
十几天后，金方庆才说出了自己的明确意见：“我等奉旨备三月粮，今尚有一月之粮，不如先待江南军到，再合而攻之，必可破此岛夷”。
金方庆的建议遂成决议。东路军继续固守壹岐岛。
江南军本应在6月中旬前到达平户岛，与东路军会师，却迟迟不见踪影。
原来早在3月，就有日本船只顺风漂流至中国大陆，元朝方面令其水工画日本地图，并详细询问日本沿海地利，得知在太宰府西部附近有个名为平户的小岛，周围皆水，是一处天然的港口，且防备薄弱。
元朝征东行省得知这个消息后，便临时更改了作战计划，决定把东、南两军的会师地点改在平户岛。因为太宰府才是此次东征军所要攻占的战略要地，平户岛近水楼台，元军可绕过对马等岛屿，直接实施“越岛作战”。
忽必烈对这个改动方案表示认可。于是江南军方面便派出了一支六十艘船的先遣队赴日，意在向东路军通报作战方案变更之事。但是江南军先遣船队却因航道生疏，没有如期到达壹岐岛。
另外，事先安排元军总指挥阿剌罕与江南军同时出征，但阿剌罕却因年纪老迈而突然病故，忽必烈不得不临战易帅，临时任命阿塔海为两路军总指挥，以履行阿剌罕之职。阿塔海又不能立即达到宁波，于是范文虎在仓促之中于6月18日命令江南军起锚离港。
江南军在遭遇多端变故的情形下，于公元1281年6月底到达日本。该军之一部突破日军防线，进入壹岐岛。7月初，该军主力十余万人到达预定阵地平户岛。
7月上旬，固守在壹岐岛的东路军及江南军之一部开始向平户方向推进。南北两军终于完成汇合，能够参与作战的兵力共计十四万。
平户岛周围海域布满了遮天蔽日的元军旗帜。经过几日的整编，7月下旬，元军派出小股部队进行尝试性登陆，并于27日占领肥前鹰岛，将之作为前进基地。
与此同时，日军方面也开始调整兵力，多路援军驰援平户岛、鹰岛。
在这一次战争中，日军的战争动员和组织能力都有所提高，他们凭借有利地形构筑防御工事，并且奋勇作战，但是终究不能对元朝联合部队起到有效的阻击作用。并且江南十万大军还没有实质性参与到战争中来。众所周知，登陆战的关键在于抢滩，而非此后的陆战，一旦十四万大军在博多登陆，日军的抵抗力将被进一步削弱。
7月30日，元军原计划于该天启动全面进攻。但十多万元朝官兵都看到了这样奇怪的一幕：海上山影浮波，大鱼翻跃;并且能闻到浓浓的硫磺味。诸将领在商议之后撤销渡海登陆命令。
这是海上风暴来临的征兆。
面对如此光怪陆离的景象，元军将士陷入恐惧中，但由于蒙古籍统帅没有成熟的航海经验，也就没有采取果断措施应对，而江南军中的原水军士兵经历的水上战斗大多都是发生在内河即长江一带，元军中也有通晓天文海相的将领，其中江南军将领张禧在担心之余，果断率部弃舟登陆进驻平户岛，并且命令所部船只停泊距离要达到五十步之遥。
元军的悲剧就在这天夜里发生了。夜半，飓风四起，暴雨狂飙，巨浪如山倒。这场飓风一直持续到第二天。
部分元军船只顷刻间倾覆海底，其他船只经过飓风颠簸，或者因为泊位过近，在巨浪中相互撞击，或者因为本身就是内河船只，抗风暴能力差，电闪雷鸣之中，数千船只被巨型风浪撕开。溺死者不计其数，层层叠叠的尸体被海流带至港口。
范文虎，这位一直活动在长江流域的南宋降将，并无海上常识，他的船只同样被风暴撕毁，其本人侥幸抱得船板漂流海中，被部将张禧救起。
飓风过后，诸将紧急召开会议商讨对策，范文虎认为应该立即撤退，张禧劝阻说：“现在士卒已溺死大半，存活下来的都是经过风浪洗礼的壮士，何不乘其有不恋生死之心，在战斗中取粮于敌，以求绝地反击?”
张禧在风暴前的筹备工作中早已显示出了智谋，如今其置生死于度外敢打绝地反击战足见其勇武，不愧为一员优秀将领。
元军固然损失惨重，但是十四万大军真正在战争中被消耗的，查遍中国、朝鲜、日本三国史料，哪怕只是依赖日本一国史料(没有贬损日本之意，古往今来，对于战争中消灭敌人的数量，己方往往有夸大战果之嫌)，不过三千人左右。而在风暴之中遭难者即使占大半，幸存者最保守估计也有四五万人，这一数量比日本布置在整个太宰府的兵力还要多。
如果全军上下能够统驭有方，置之死地而后生，组织积极防御，即使对方以逸待劳，也绝不至于落得残军两三万人投降、多数枭首的悲惨命运。作为军人，死在战场上，也远远比投降后死在敌人的断头台上要幸运得多。况且，战争中充满变数，日本敢于以羸弱国力对抗威武大元，元军绝无道理在兵力并不占劣势的前提下就放弃战争主动权。
范文虎等人彻底丧失了继续战争的信心。他表示立即罢兵，各部自行突围，如果归朝之后元世祖问罪，由他一人负责。
张禧无奈，只好借船给范文虎，面对平户岛上四千余名兵卒无船可乘，范文虎打算弃之不管。张禧不忍，将船上的七十五匹战马以及所有辎重抛入海中，带领平户岛上四千军士撤退。
高级统帅的放弃，把最后一点生存的可能变成毫无可能，甚至给其他幸存者带来了灭顶之灾。
剩下的元军残部虽然议推张百户为主帅，号之曰张总管，听其约束，多方努力试图伐木造舟而还。本来只有百人统领权的张百户，只能将军令下达给近旁的士兵，根本无法有效指挥数万大军。
元军幸存者顿时群龙无首，军人面临随时降临的死亡威胁，这种情况下，只有两种可能性的选择，一种是拼死相搏，战至流光最后一滴血;一种是放弃抵抗，任人宰割。
很不幸，高级将领的逃亡造成指挥系统完全瘫痪，将他们中的至少一半人置入到后一种境地，而选择抵抗的一批官兵则在相互砍杀中结束了自己的生命。
数万残部没有一粒粮食，又经过一夜飓风颠簸，失去了作战的气力，一番抵抗之后，“尽死，余二三万为其虏去”。
这批战俘在一周之后被带到博多，其中的蒙古籍、高丽籍及中国北方各族出身的官兵 即“汉人”悉数被斩首。
关于滞留下来的江南军的命运，各国史料可以说众说纷纭。
公元1281年，是为中国元朝至元十八年，日本弘安四年。所以该次战争又被日本称为“弘安之役”。
丧师辱国的范文虎回去后无法交代，于是撒谎告诉忽必烈：“赴日之后，本欲进攻太宰府，不料暴风突袭，集结残部组织战斗之际，万户厉德彪、招讨王国佐、水手总管陆文政等不听节制，仓皇逃逸，臣不得已收拾残军回到高丽，尔后就地遣散。”
元世祖对海洋也是陌生的，但他清楚海洋的脾气与草原和陆地肯定是不同的，在没有证据的情况下，只有相信范文虎的谎言。
一年之后，即公元1282年，在日本沦为奴隶的一名江南军士兵历经劫难逃脱回国，向元世祖忽必烈说出了风暴之后的实情：“诸将各择坚好船乘之，弃军士十余万人于山下”。不久，又有两名士兵也逃回国内，所述与前者相差无几。
元世祖忽必烈震怒，下令将范文虎等征东诸将治罪，独赦张禧。
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