北京陷落，崇祯皇帝自杀，标志着以崇祯为首的明朝统治结束，但是大明还并没有完全亡。当时的江南各地还在朝廷委派的官员手中，他们还是尊奉朱明王朝的，当时不管是军队还是地盘，可以称为半壁江山。正是在江南这半壁江山下明朝遗臣继续以朱姓皇族为旗帜建立南明。当时李自成和清军在北京和山海关一代进展战争，李自成战败而逃，匆忙推出北京，将这个政治中心拱手让给了清朝，清军得以占据北方的地理和政治优势，开始统一中原的战争。
在起义军后期，李定国追随张献忠入川作战。后来张献忠在与清军的作战中战死，四川失守，李定国萌发了联合南明与清军作战的想法。当时的形式是清军正在蓄势南下，南明半壁江山岌岌可危，李定国在四川作战失利，实力大损。当时天下，起义军、南明、清军各自攻伐，终于起义军和南明发觉到清军已经成为三家中最强的了，剩下的两家不得不联手作战，彼此相依。当时的起义军将领除了李定国外还有孙可望二人都是起义军中能征善战的将领。在南明永历三年(1649年)，李定国等人到贵州拜见了永历帝，并被封为西宁王，并带领3万兵马回到云南，筹备力量东进抗击清军。
李定国在受封之前在贵阳和昆明一带同清军作战斩获颇丰，战绩就抗清处于一片低迷的当时而言是相当可观的。李定国当时的胜利虽然对全国的大趋势实际影响不大，但是对于稳定抗清的士气和鼓励抗清的勇气很有用，尤其稳定了云贵一带的抗清局势。在归顺南明之后，李定国获得了政治上优势，有了朱姓这张旗帜更加利于他的活动。虽然李定国一心为朱明王朝，但是迫于南明内部争斗，单凭李定国一己之力难以扶持朱明王朝继续维持，永历帝被迫从桂林转入昆明，李定国为其护卫迎驾，到了昆明之后李定国被封为晋王。
然而在清顺治十四年(1657年)，南明的支柱战将孙可望野心膨胀，企图篡位自立，被李定国将其击败。虽说李定国粉碎了孙可望的篡位，但是极大的消耗了本来就不多的南明兵力，孙可望在众叛亲离之际被迫投降清朝，使得贵州一带的防御被清军尽知，从而云贵门户大开，南明再次处于危难之中。
终于在吴三桂率军进入云南后，永历帝被迫逃亡到了缅甸。逃入缅甸的永历帝并没有得到缅甸的善待，在缅甸待了一年多。此时的李定国带领约五千人的军队在云南境内靠近中缅边境利用山地优势继续同吴三桂对抗，同时他也积极筹划救出流亡的缅甸的永历帝。很遗憾李定国没有从缅甸军手中救出流亡的永历帝，缅甸军在迫于清军的压力和考虑中国大势环境后，向清朝妥协，交出了流亡的永历帝。在1662年，永历帝和太子被俘杀死的消息传到了李定国的耳中，李定国自知复兴已然是虚无缥缈了。
随着永历帝的死，李定国彻底失去了与清军战斗的信心，在悲痛之中患了重病，不久也随永历帝而去。他死前曾嘱咐他的儿子不要投降清朝，不过在他死后没有多久，他的儿子便投降了清朝。大明最后的忠臣埋骨在了云南的崇山峻岭之中，他的一生金戈铁马，由反明到抗清，他在青史上留下了光辉的篇章。
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