隆熙三年(1909年)6月14日，伊藤博文辞去统监职务，副统监曾祢荒助升任统监。伊藤博文的去职，标志着朝鲜统监政治时期的结束，进入合并时期。在合并时期，主要是具体实施吞并朝鲜半岛的方案和取得国际上帝国主义的支持。隆熙三年(1909年)10月，伊藤博文到中国东北活动，计划与俄国财政部长科科夫佐夫密谈，一则密谋进一步掠夺中国东北权益，二则事先征得沙俄对日本吞并韩国谅解。同年10月26日，韩国爱国志士安重根在哈尔滨车站击毙了伊藤博文。12月22日，李在明伏击了卖国贼李完用，使李完用身负重伤，险些丧命。
伊藤博文被刺大大震惊了日本帝国主义。日本政府趁机煽动复仇情绪，为吞并韩国制造舆论。军政首脑山县有朋、大隈重信、寺内正毅等劝说桂太郎内阁立即吞并韩国，有的公开发表声明、谈话，敦促政府采取果断措施。御用报刊也推波助澜。“朝鲜问题同志会”、“偕乐园”等组织纷纷出笼，四处演说，鼓吹吞并韩国。隆熙四年(1910年)初，在日本第26届议会上，在野党议员组织“中央俱乐部”，向首相提出质询，要求追究“推动合并不力”的现任统监曾祢荒助的责任。隆熙四年(1910年)春，曾祢荒助回东京治病，日本政府遂将其解职。5月30日，任命陆军大将、前陆军大臣寺内正毅出任统监。6月3日，日本内阁通过了《对韩国施政方针》。按照这一方针，吞并韩国后，设立总督府，“总督直接隶属于天皇”，在朝鲜半岛“有统辖一切政务之权限”，“委总督以大权，有发布有关法律事项、命令之权限”等。
寺内正毅又据此拟订《日韩合并条约》，方案包括改“韩国”国号为“朝鲜”等22项条款。隆熙四年(1910年)8月22日，汉城的日本军、宪、警全部出动，警戒全城，城门、要冲、大臣住宅和皇宫更是戒备森严。下午1时，召开了御前会议，总理大臣李完用说明与统监府交涉经过，强调“韩日合邦”不可避免，并宣称全体大臣一致赞成合邦。下午4时，李完用和农商工部大臣赵重应到统监府，提交了纯宗皇帝授予签约的委任状。李完用和寺内正毅在《日韩合并条约》上正式签字。8月29日，《日韩合并条约》生效，韩国灭亡。
《日韩合并条约》共计八条，第一条规定：“韩国皇帝陛下将韩国之一切统治权，完全永久地让与日本皇帝陛下”。第二条规定，“日本皇帝陛下接受前条所举之让与，且允许将韩国全部合并于日本帝国”，等等。同年9月30日，日本公布朝鲜总督府官制，任命寺内正毅为第一任总督，10月1日起成立总督府。总督府在朝鲜半岛推行了以“皇化”(奴化)为目的的“日韩一体”的同化政策，以毁灭韩民族。在日本军人总督手下，对朝鲜半岛实行军人武断统治，由宪兵司令官担任警务总长，禁止朝鲜半岛结社、集会，取消了言论和新闻自由。此外还颁布《朝鲜教育令》，对朝鲜半岛进行奴化教育，强迫高丽人以日语为“国语”，强制各级学校用日语教学。日本对朝鲜半岛的经济命脉也进行全面的控制。在吞并朝鲜半岛后10年内，日本殖民者从朝鲜半岛农民手中夺取了一半以上的土地，仅东洋拓殖会社就霸占10多万公顷的土地。朝鲜半岛75%的农民由于失去土地而沦为佃农、半佃农。在吞并朝鲜的头4年中，殖民者将租税提高了4～5倍。日本殖民者还不断增加朝鲜半岛粮食和原料的输出。从1910年-1919年，按价值计算，大米输出增加了17倍，大豆增加了3倍多，棉花增加了26倍。为巩固其殖民统治，日本政府还不断向朝鲜半岛移民。从此，有数千年悠久历史的朝鲜半岛，沦为日本直接统治的殖民地。李坧则被降为“昌德宫李王”，太上皇李熙被降为“德寿宫李太王”，软禁在这座五百年历史的悠久宫苑中，成了自己国家土地上的异国囚徒。大韩帝国历时13年，传2帝。
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