秦始皇统一六国之后，对在政治、经济上实行的改革，然而这些改革并不是一帆风顺的。还在统一之初，就在要不要分封诸子为王的问题上发生了一场争论。以丞相王绾为首的一批官吏，请求秦始皇将诸子分封于占领不久的燕、齐、楚故地为王。认为这样有利于巩固秦的统治。但廷尉李斯则坚持反对态度。认为，春秋战国诸侯之所以纷争，完全是西周分封制造成的恶果。只有废除分封制，才可免除祸乱。
秦始皇采纳了李斯的意见，认为立封国 ，就是树敌兵。于是在全国确立了郡县制。
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事隔八年之后，公元前213年，在秦始皇于咸阳宫举行的宫廷大宴上，又发生了一场事故;还是“郡县制” 的争论。焚书之举正是由此引发的。在宴会上，仆射周青臣，面腴秦始皇，吹捧他自上古不及陛下威德.博士淳于越针对周青臣的腴词提出了恢复分封制的主张。他说： 臣闻殷周之王千余岁，封子弟功臣，自为辅枝。今陛下有海内，而子弟为匹夫，卒有田常、六卿之臣，无辅拂，何以相救哉?事不师古而能长久者，非所闻也。今青臣又面腴，以重陛下之过，非忠臣。秦始皇听后不动声色，把淳于越的建议交给群臣讨论。丞相李斯明确表示不同意淳于越的观点。他反驳说：三代之争，何可法也.儒生 不师今而学古， 道古以害今，如不加以禁止，则 主势降乎上，党与成乎下，统一可能遭到破坏。为了别黑白而定一尊，树立君权的绝对权威，他向秦始皇提出焚毁古书的三条建议：
(1)除《秦纪》、医药、卜筮、农家经典、诸子和其他历史古籍，一律限期交官府销毁。令下三十日后不交的，处以鲸刑并罚苦役四年;
(2)谈论《诗》、《书》者处死，以古非今者灭族，官吏见知不举者，与同罪;
(3)有愿习法令者， 以吏为师。秦始皇批准了李斯的建议。在宴会散后第二天，就在全国各地点燃了焚书之火。
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不到30天时间，中国秦代以前的古典文献，都化为灰烬。留下来的只有皇家图书馆内的一套藏书。
在焚书的第二年，又发生了坑儒事件。坑儒不是焚书的直接继续，而是由于一些方士、儒生诽谤秦始皇引起的。秦始皇在攫取到巨大权力和享受到荣华富贵之后，十分怕死。在统一中国之后，他异想天开地要寻求长生不死药。方士侯生、卢生等人迎合其需要，答应为秦始皇找到这种药。按照秦律谎言不能兑现，或者所献之药无效验者，要处以死刑。侯生、卢生自知弄不到长生不死药，不但逃之夭夭，而且诽谤秦始皇天性刚戾自用，专任狱吏 ，事情无论大小，都由他一人决断，贪于权势 等等。秦始皇听后，盛怒不可抑止，以妖言以乱黔首 的罪名，下令进行追查，并亲自圈定460余人活埋于咸阳。这即是所谓的“坑儒”事件。
“焚书坑儒”的实质其实是统一思想的运动。当年秦始皇统一六国之后，在政治结构上，废除了分封制，在全国范围内施行郡县制;在文化上，统一了文字，以小篆为标准的官用文字;在经济领域内，统一货币，统一度量衡。这些措施都是国家大一统的基本要素，是国家强暴力能够控制的要素。但有些东西是国家强力结构很难驾驭的，特别是在秦朝初年，战国时期刚结束，百家仍然在争鸣中，思想领域内极度混乱，而一个国家能在多大程度上统一，最主要的条件是能在多大程度上形成共同的价值观，而思想混乱是形成共同价值观的大敌。
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因此，光在政治、经济、文化等方面有大一统措施还不行，最关键最长远的统一要素是思想的统一，形成统一的核心价值观念，才能让政治、经济、文化等领域内的统一措施有效。
对于刚刚统一的秦朝来说，统一思想就是维护大一统的关键措施。因此，秦始皇在找到了几个儒生茬之后，一场统一思想的文化运动就开始了，手段是激烈了点，但客观效果明显的。虽然统一的秦朝只持续了十几年，但秦朝以后的所有统治者，无一不把统一思想看成维护统治的关键手段，到汉武帝罢黜百家，独尊儒术，中国大一统思想正式形成。此后所有的统治者，基本上都把儒家思想作为国家的核心思想。
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